• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

生物信息学软件文档编写的首要考虑因素。

Top considerations for creating bioinformatics software documentation.

机构信息

Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Toronto, Canada.

出版信息

Brief Bioinform. 2018 Jul 20;19(4):693-699. doi: 10.1093/bib/bbw134.

DOI:10.1093/bib/bbw134
PMID:28088754
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6054259/
Abstract

Investing in documenting your bioinformatics software well can increase its impact and save your time. To maximize the effectiveness of your documentation, we suggest following a few guidelines we propose here. We recommend providing multiple avenues for users to use your research software, including a navigable HTML interface with a quick start, useful help messages with detailed explanation and thorough examples for each feature of your software. By following these guidelines, you can assure that your hard work maximally benefits yourself and others.

摘要

投入时间做好生物信息学软件文档记录工作可以提高其影响力并节省时间。为了使文档发挥最大效果,我们建议遵循以下我们在此提出的一些准则。我们建议为用户提供多种使用研究软件的途径,包括带有快速入门功能的可导航 HTML 界面、带有详细解释和软件每个功能的透彻示例的有用帮助消息。遵循这些准则可以确保您的辛勤工作能够最大程度地使您自己和他人受益。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4950/6054259/548de0101ecc/bbw134f2p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4950/6054259/d3603e8a2764/bbw134f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4950/6054259/548de0101ecc/bbw134f2p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4950/6054259/d3603e8a2764/bbw134f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4950/6054259/548de0101ecc/bbw134f2p.jpg

相似文献

1
Top considerations for creating bioinformatics software documentation.生物信息学软件文档编写的首要考虑因素。
Brief Bioinform. 2018 Jul 20;19(4):693-699. doi: 10.1093/bib/bbw134.
2
Rule-based interface generation on mobile devices for structured documentation.用于结构化文档的移动设备上基于规则的界面生成。
Stud Health Technol Inform. 2014;205:313-7.
3
ZBIT Bioinformatics Toolbox: A Web-Platform for Systems Biology and Expression Data Analysis.ZBIT生物信息学工具箱:一个用于系统生物学和表达数据分析的网络平台。
PLoS One. 2016 Feb 16;11(2):e0149263. doi: 10.1371/journal.pone.0149263. eCollection 2016.
4
Version changes in medical software: proposing minimal requirements for release notes and a version number convention - an operators' point of view.医疗软件中的版本变更:对发布说明和版本编号规则提出最低要求——从操作人员的角度来看
Stud Health Technol Inform. 2015;210:210-4.
5
Biotool2Web: creating simple Web interfaces for bioinformatics applications.生物工具2网络:为生物信息学应用创建简单的网络界面。
Appl Bioinformatics. 2006;5(1):63-6. doi: 10.2165/00822942-200605010-00009.
6
Creating databases for biological information: an introduction.创建生物信息数据库:简介
Curr Protoc Bioinformatics. 2002 Aug;Chapter 9:Unit 9.1. doi: 10.1002/0471250953.bi0901s00.
7
Good enough practices in scientific computing.科学计算中的良好实践。
PLoS Comput Biol. 2017 Jun 22;13(6):e1005510. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005510. eCollection 2017 Jun.
8
A toolbox for developing bioinformatics software.生物信息学软件开发工具包。
Brief Bioinform. 2012 Mar;13(2):244-57. doi: 10.1093/bib/bbr035. Epub 2011 Jul 29.
9
Ten simple rules for documenting scientific software.记录科学软件的十条简单规则。
PLoS Comput Biol. 2018 Dec 20;14(12):e1006561. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006561. eCollection 2018 Dec.
10
Devil in the details.细节决定成败。
Nature. 2011 Feb 17;470(7334):305-6. doi: 10.1038/470305b.

引用本文的文献

1
Open-Source and FAIR Research Software for Proteomics.用于蛋白质组学的开源且符合 FAIR 原则的研究软件。
J Proteome Res. 2025 May 2;24(5):2222-2234. doi: 10.1021/acs.jproteome.4c01079. Epub 2025 Apr 23.
2
Assessment of the functionality and usability of open-source rare variant analysis pipelines.开源罕见变异分析流程的功能与可用性评估。
Brief Bioinform. 2025 Feb 5;26(1). doi: 10.1093/bib/bbaf044.
3
Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues.癌症研究的基因特征: 25 年的回顾与未来方向。

本文引用的文献

1
Top 10 metrics for life science software good practices.生命科学软件良好实践的十大指标。
F1000Res. 2016 Aug 16;5. doi: 10.12688/f1000research.9206.1. eCollection 2016.
2
Tools and techniques for computational reproducibility.计算可重复性的工具和技术。
Gigascience. 2016 Jul 11;5(1):30. doi: 10.1186/s13742-016-0135-4.
3
Ten recommendations for software engineering in research.研究中的软件工程的十项建议
PLoS Comput Biol. 2024 Oct 16;20(10):e1012512. doi: 10.1371/journal.pcbi.1012512. eCollection 2024 Oct.
4
Ten quick tips for clinical electroencephalographic (EEG) data acquisition and signal processing.临床脑电图(EEG)数据采集与信号处理的十条快速提示。
PeerJ Comput Sci. 2024 Sep 3;10:e2256. doi: 10.7717/peerj-cs.2256. eCollection 2024.
5
ENCORE: a practical implementation to improve reproducibility and transparency of computational research.ENCORE:一种提高计算研究可重复性和透明度的实际实施方案。
Nat Commun. 2024 Sep 16;15(1):8117. doi: 10.1038/s41467-024-52446-8.
6
Systematic evaluation with practical guidelines for single-cell and spatially resolved transcriptomics data simulation under multiple scenarios.系统评估及多种场景下单细胞和空间分辨转录组数据模拟的实用指南。
Genome Biol. 2024 Jun 3;25(1):145. doi: 10.1186/s13059-024-03290-y.
7
The good, the bad and the ugly of transposable elements annotation tools.转座元件注释工具的优劣与问题
Genet Mol Biol. 2024 Feb 19;46(3 Suppl 1):e20230138. doi: 10.1590/1678-4685-GMB-2023-0138. eCollection 2024.
8
Ten quick tips for fuzzy logic modeling of biomedical systems.生物医学系统模糊逻辑建模的十个快速技巧。
PLoS Comput Biol. 2023 Dec 21;19(12):e1011700. doi: 10.1371/journal.pcbi.1011700. eCollection 2023 Dec.
9
Ten quick tips for harnessing the power of ChatGPT in computational biology.利用ChatGPT在计算生物学中发挥作用的十条快速提示。
PLoS Comput Biol. 2023 Aug 10;19(8):e1011319. doi: 10.1371/journal.pcbi.1011319. eCollection 2023 Aug.
10
Ten quick tips for bioinformatics analyses using an Apache Spark distributed computing environment.使用 Apache Spark 分布式计算环境进行生物信息学分析的十个快速技巧。
PLoS Comput Biol. 2023 Jul 20;19(7):e1011272. doi: 10.1371/journal.pcbi.1011272. eCollection 2023 Jul.
Gigascience. 2014 Dec 4;3(1):31. doi: 10.1186/2047-217X-3-31. eCollection 2014.
4
Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor.使用Bioconductor编排高通量基因组分析。
Nat Methods. 2015 Feb;12(2):115-21. doi: 10.1038/nmeth.3252.
5
Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.Trimmomatic:一款适用于 Illumina 测序数据的灵活修剪工具。
Bioinformatics. 2014 Aug 1;30(15):2114-20. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170. Epub 2014 Apr 1.
6
Ten recommendations for creating usable bioinformatics command line software.创建可用的生物信息学命令行软件的 10 项建议。
Gigascience. 2013 Nov 13;2(1):15. doi: 10.1186/2047-217X-2-15.
7
Ten simple rules for reproducible computational research.可重复计算研究的十条简单规则。
PLoS Comput Biol. 2013 Oct;9(10):e1003285. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003285. Epub 2013 Oct 24.
8
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.STAR:超快通用 RNA-seq 对齐工具。
Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):15-21. doi: 10.1093/bioinformatics/bts635. Epub 2012 Oct 25.
9
Unsupervised pattern discovery in human chromatin structure through genomic segmentation.通过基因组分割实现人类染色质结构的无监督模式发现。
Nat Methods. 2012 Mar 18;9(5):473-6. doi: 10.1038/nmeth.1937.
10
Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.快速缺口读对准与 Bowtie 2。
Nat Methods. 2012 Mar 4;9(4):357-9. doi: 10.1038/nmeth.1923.