• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

极化嵌入方案的通用线性缩放实现

General Linear Scaling Implementation of Polarizable Embedding Schemes.

作者信息

Lipparini Filippo

机构信息

Dipartimento di Chimica e Chimica Industriale , Università di Pisa , Via G. Moruzzi 13 , 56124 Pisa , Italy.

出版信息

J Chem Theory Comput. 2019 Aug 13;15(8):4312-4317. doi: 10.1021/acs.jctc.9b00585. Epub 2019 Jul 30.

DOI:10.1021/acs.jctc.9b00585
PMID:31348655
Abstract

A general framework to treat polarizable embedding schemes in the context of QM/MM calculations is presented. Such a framework is completely general, as it allows in principle one to treat any electrostatic distribution and polarization model with minimal modifications and achieves linear scaling in computational cost and memory requirements. The performances and scaling of the new implementation are demonstrated with benchmark calculations on water clusters including up to 1146240 atoms.

摘要

本文提出了一种在量子力学/分子力学(QM/MM)计算中处理可极化嵌入方案的通用框架。这样的框架是完全通用的,因为原则上它允许人们以最少的修改来处理任何静电分布和极化模型,并在计算成本和内存需求方面实现线性缩放。通过对包含多达1146240个原子的水团簇进行基准计算,展示了新实现方法的性能和缩放比例。

相似文献

1
General Linear Scaling Implementation of Polarizable Embedding Schemes.极化嵌入方案的通用线性缩放实现
J Chem Theory Comput. 2019 Aug 13;15(8):4312-4317. doi: 10.1021/acs.jctc.9b00585. Epub 2019 Jul 30.
2
Achieving linear scaling in computational cost for a fully polarizable MM/continuum embedding.在完全可极化的分子力学/连续介质嵌入方法中实现计算成本的线性缩放。
J Chem Theory Comput. 2015 Feb 10;11(2):694-704. doi: 10.1021/ct501087m.
3
Energy, Structures, and Response Properties with a Fully Coupled QM/AMOEBA/ddCOSMO Implementation.采用完全耦合的 QM/AMOEBA/ddCOSMO 实现的能量、结构和响应性质。
J Chem Theory Comput. 2021 Sep 14;17(9):5661-5672. doi: 10.1021/acs.jctc.1c00555. Epub 2021 Sep 3.
4
Analytic QM/MM atomic charge derivatives avoiding the scaling of coupled perturbed equations with the MM subsystem size.解析量子力学/分子力学原子电荷导数,避免耦合微扰方程随分子力学子系统大小的缩放。
J Chem Phys. 2019 Jul 28;151(4):041102. doi: 10.1063/1.5115125.
5
The polarizable embedding coupled cluster method.极化嵌入耦合簇方法。
J Chem Phys. 2011 Mar 14;134(10):104108. doi: 10.1063/1.3560034.
6
Effect of protein environment within cytochrome P450cam evaluated using a polarizable-embedding QM/MM method.使用极化嵌入 QM/MM 方法评估细胞色素 P450cam 中蛋白质环境的影响。
J Phys Chem B. 2014 Feb 27;118(8):2084-92. doi: 10.1021/jp412538n. Epub 2014 Feb 14.
7
Self-Consistent Polarization of the Boundary in the Redistributed Charge and Dipole Scheme for Combined Quantum-Mechanical and Molecular-Mechanical Calculations.在用于组合量子力学和分子力学计算的重新分布电荷和偶极子方案中,边界的自洽极化。
J Chem Theory Comput. 2007 Jul;3(4):1378-98. doi: 10.1021/ct7000107.
8
Optimization and transferability of non-electrostatic repulsion in the polarizable density embedding model.极化密度嵌入模型中非静电排斥的优化与可转移性
J Comput Chem. 2017 Sep 15;38(24):2108-2117. doi: 10.1002/jcc.24859. Epub 2017 Jun 22.
9
Solvent Boundary Potentials for Hybrid QM/MM Computations Using Classical Drude Oscillators: A Fully Polarizable Model.使用经典德鲁德振子进行混合量子力学/分子力学计算的溶剂边界电位:一个完全可极化模型。
J Chem Theory Comput. 2012 Nov 13;8(11):4527-38. doi: 10.1021/ct300722e. Epub 2012 Oct 24.
10
Geometry Optimization in Polarizable QM/MM Models: The Induced Dipole Formulation.可极化量子力学/分子力学模型中的几何优化:诱导偶极子公式
J Chem Theory Comput. 2014 Apr 8;10(4):1588-98. doi: 10.1021/ct500021d.

引用本文的文献

1
Improving the Efficiency of Electrostatic Embedding Using the Fast Multipole Method.使用快速多极子方法提高静电嵌入效率。
J Comput Chem. 2025 Jan 5;46(1):e27532. doi: 10.1002/jcc.27532.
2
Origin of Low-Lying Red States in the Lhca4 Light-Harvesting Complex of Photosystem I.光系统I的Lhca4捕光复合物中低位红色态的起源
J Phys Chem Lett. 2023 Sep 21;14(37):8345-8352. doi: 10.1021/acs.jpclett.3c02091. Epub 2023 Sep 13.
3
Integrated Computational Study of the Light-Activated Structure of the AppA BLUF Domain and Its Spectral Signatures.
APP 家族 BLUF 结构域的光激活结构及其光谱特征的综合计算研究。
J Phys Chem A. 2023 Jun 15;127(23):5065-5074. doi: 10.1021/acs.jpca.3c02385. Epub 2023 Jun 6.
4
Fast Method for Excited-State Dynamics in Complex Systems and Its Application to the Photoactivation of a Blue Light Using Flavin Photoreceptor.快速方法研究复杂体系中的激发态动力学及其在利用黄素光受体进行蓝光光解中的应用。
J Phys Chem Lett. 2023 Feb 9;14(5):1222-1229. doi: 10.1021/acs.jpclett.2c03797. Epub 2023 Jan 30.
5
Trajectory Surface Hopping for a Polarizable Embedding QM/MM Formulation.极化嵌入QM/MM 公式的弹道表面跳跃。
J Phys Chem A. 2022 Sep 29;126(38):6780-6789. doi: 10.1021/acs.jpca.2c04756. Epub 2022 Sep 15.
6
Evaluation of molecular photophysical and photochemical properties using linear response time-dependent density functional theory with classical embedding: Successes and challenges.使用带有经典嵌入的线性响应含时密度泛函理论评估分子光物理和光化学性质:成功与挑战。
J Chem Phys. 2022 Jun 7;156(21):210901. doi: 10.1063/5.0088271.
7
Probing aqueous ions with non-local Auger relaxation.利用非局域俄歇弛豫探测水合离子。
Phys Chem Chem Phys. 2022 Apr 13;24(15):8661-8671. doi: 10.1039/d2cp00227b.
8
Molecular Dynamics Simulations Enforcing Nonperiodic Boundary Conditions: New Developments and Application to the Solvent Shifts of Nitroxide Magnetic Parameters.分子动力学模拟强制非周期性边界条件:新发展及其在氮氧自由基磁参数溶剂位移中的应用。
J Chem Theory Comput. 2022 Apr 12;18(4):2479-2493. doi: 10.1021/acs.jctc.2c00046. Epub 2022 Mar 8.
9
Structure of the stress-related LHCSR1 complex determined by an integrated computational strategy.应激相关 LHCSR1 复合物的结构由综合计算策略确定。
Commun Biol. 2022 Feb 17;5(1):145. doi: 10.1038/s42003-022-03083-8.
10
From crystallographic data to the solution structure of photoreceptors: the case of the AppA BLUF domain.从晶体学数据到光感受器的溶液结构:以AppA蓝光感应结构域为例
Chem Sci. 2021 Sep 9;12(40):13331-13342. doi: 10.1039/d1sc03000k. eCollection 2021 Oct 20.