• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

细菌中 RNA 3'-核苷酸转移酶的系统发育和进化。

Phylogeny and Evolution of RNA 3'-Nucleotidyltransferases in Bacteria.

机构信息

Department of Biology, Emory University, Atlanta, GA, 30322, USA.

出版信息

J Mol Evol. 2019 Sep;87(7-8):254-270. doi: 10.1007/s00239-019-09907-2. Epub 2019 Aug 21.

DOI:10.1007/s00239-019-09907-2
PMID:31435688
Abstract

The tRNA nucleotidyltransferases and poly(A) polymerases belong to a superfamily of nucleotidyltransferases. The amino acid sequences of a number of bacterial tRNA nucleotidyltransferases and poly(A) polymerases have been used to construct a rooted, neighbor-joining phylogenetic tree. Using information gleaned from that analysis, along with data from the rRNA-based phylogenetic tree, structural data available on a number of members of the superfamily and other biochemical information on the superfamily, it is possible to suggest a scheme for the evolution of the bacterial tRNA nucleotidyltransferases and poly(A) polymerases from ancestral species. Elements of that scheme are discussed along with questions arising from the scheme which can be explored experimentally.

摘要

tRNA 核苷酸转移酶和多(A)聚合酶属于核苷酸转移酶的超家族。许多细菌 tRNA 核苷酸转移酶和多(A)聚合酶的氨基酸序列已被用于构建一个基于根的、邻接法系统发育树。利用该分析获得的信息,以及基于 rRNA 的系统发育树、该超家族一些成员的结构数据以及该超家族的其他生化信息,我们可以提出一个从原始物种进化而来的细菌 tRNA 核苷酸转移酶和多(A)聚合酶的方案。本文讨论了该方案的一些要素,以及可以通过实验探索的方案中出现的问题。

相似文献

1
Phylogeny and Evolution of RNA 3'-Nucleotidyltransferases in Bacteria.细菌中 RNA 3'-核苷酸转移酶的系统发育和进化。
J Mol Evol. 2019 Sep;87(7-8):254-270. doi: 10.1007/s00239-019-09907-2. Epub 2019 Aug 21.
2
Geobacter sulfurreducens contains separate C- and A-adding tRNA nucleotidyltransferases and a poly(A) polymerase.硫还原地杆菌含有单独的添加C和添加A的tRNA核苷酸转移酶以及一种聚腺苷酸聚合酶。
J Bacteriol. 2009 Jan;191(1):109-14. doi: 10.1128/JB.01166-08. Epub 2008 Oct 24.
3
The Bacillus subtilis nucleotidyltransferase is a tRNA CCA-adding enzyme.枯草芽孢杆菌核苷酸转移酶是一种添加tRNA CCA的酶。
J Bacteriol. 1998 Dec;180(23):6276-82. doi: 10.1128/JB.180.23.6276-6282.1998.
4
Acquisition of [poly(A) polymerase I] genes via horizontal transfer from the β, γ-.通过水平基因转移从β、γ- 获得 [多聚(A)聚合酶 I] 基因。
Microb Genom. 2021 Feb;7(2). doi: 10.1099/mgen.0.000508.
5
A phylogeny of bacterial RNA nucleotidyltransferases: Bacillus halodurans contains two tRNA nucleotidyltransferases.细菌RNA核苷酸转移酶的系统发育:嗜碱芽孢杆菌含有两种tRNA核苷酸转移酶。
J Bacteriol. 2005 Sep;187(17):5927-36. doi: 10.1128/JB.187.17.5927-5936.2005.
6
Sequence motifs that distinguish ATP(CTP):tRNA nucleotidyl transferases from eubacterial poly(A) polymerases.区分真细菌聚腺苷酸聚合酶与ATP(CTP):tRNA核苷酸转移酶的序列基序。
RNA. 2004 Jun;10(6):899-906. doi: 10.1261/rna.5242304.
7
CCA-adding enzymes and poly(A) polymerases are all members of the same nucleotidyltransferase superfamily: characterization of the CCA-adding enzyme from the archaeal hyperthermophile Sulfolobus shibatae.添加CCA的酶和聚腺苷酸聚合酶都是同一核苷酸转移酶超家族的成员:来自嗜热古菌柴田硫化叶菌的添加CCA的酶的特性
RNA. 1996 Sep;2(9):895-908.
8
Functional overlap of tRNA nucleotidyltransferase, poly(A) polymerase I, and polynucleotide phosphorylase.转运RNA核苷酸转移酶、聚腺苷酸聚合酶I和多核苷酸磷酸化酶的功能重叠。
J Biol Chem. 1997 Dec 26;272(52):33255-9. doi: 10.1074/jbc.272.52.33255.
9
Exchange of regions between bacterial poly(A) polymerase and the CCA-adding enzyme generates altered specificities.细菌聚腺苷酸聚合酶与添加CCA酶之间区域的交换产生了改变的特异性。
Mol Cell. 2004 Aug 13;15(3):389-98. doi: 10.1016/j.molcel.2004.06.026.
10
The Streptomyces coelicolor polynucleotide phosphorylase homologue, and not the putative poly(A) polymerase, can polyadenylate RNA.天蓝色链霉菌多核苷酸磷酸化酶同源物而非假定的聚腺苷酸聚合酶能够使RNA聚腺苷酸化。
J Bacteriol. 2003 Dec;185(24):7273-8. doi: 10.1128/JB.185.24.7273-7278.2003.

引用本文的文献

1
Crystal structure of the CCA-adding enzyme from .来自……的CCA添加酶的晶体结构。 (注:原文中“from”后面缺少具体内容)
J Struct Biol X. 2025 May 23;11:100127. doi: 10.1016/j.yjsbx.2025.100127. eCollection 2025 Jun.
2
Optimization of Conditions for Production of Soluble Poly(A)-Polymerase for Biotechnological Applications.用于生物技术应用的可溶性聚腺苷酸聚合酶生产条件的优化。
Biology (Basel). 2025 Jan 9;14(1):48. doi: 10.3390/biology14010048.
3
Structural and Evolutionary Analysis of Proteins Endowed with a Nucleotidyltransferase, or Non-canonical Palm, Catalytic Domain.

本文引用的文献

1
Schizosaccharomyces pombe contains separate CC- and A-adding tRNA nucleotidyltransferases.裂殖酵母含有独立的 CC-和 A-添加 tRNA 核苷酸转移酶。
Biochem Biophys Res Commun. 2019 Jan 15;508(3):785-790. doi: 10.1016/j.bbrc.2018.11.131. Epub 2018 Dec 6.
2
SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes.SWISS-MODEL:蛋白质结构和复合物的同源建模。
Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W296-W303. doi: 10.1093/nar/gky427.
3
The special existences: nanoRNA and nanoRNase.特殊存在:nanoRNA 和 nanoRNase。
具有核苷酸转移酶或非典型棕榈催化结构域的蛋白质的结构与进化分析
J Mol Evol. 2024 Dec;92(6):799-814. doi: 10.1007/s00239-024-10207-7. Epub 2024 Sep 19.
4
Acquisition of [poly(A) polymerase I] genes via horizontal transfer from the β, γ-.通过水平基因转移从β、γ- 获得 [多聚(A)聚合酶 I] 基因。
Microb Genom. 2021 Feb;7(2). doi: 10.1099/mgen.0.000508.
5
CCA-Addition Gone Wild: Unusual Occurrence and Phylogeny of Four Different tRNA Nucleotidyltransferases in Acanthamoeba castellanii.CCA 添加失控:秀丽隐杆线虫中四种不同 tRNA 核苷酸转移酶的异常发生和系统发育。
Mol Biol Evol. 2021 Mar 9;38(3):1006-1017. doi: 10.1093/molbev/msaa270.
6
The Bacterial Ro60 Protein and Its Noncoding Y RNA Regulators.细菌 Ro60 蛋白及其非编码 Y RNA 调控因子。
Annu Rev Microbiol. 2020 Sep 8;74:387-407. doi: 10.1146/annurev-micro-020620-062812. Epub 2020 Jul 13.
7
Divergent Evolution of Eukaryotic CC- and A-Adding Enzymes.真核生物 CC 和 A-添加酶的趋异进化。
Int J Mol Sci. 2020 Jan 10;21(2):462. doi: 10.3390/ijms21020462.
Microbiol Res. 2018 Mar;207:134-139. doi: 10.1016/j.micres.2017.11.014. Epub 2017 Nov 29.
4
Enzymes Regulated via Cystathionine β-Synthase Domains.通过胱硫醚β-合酶结构域调控的酶
Biochemistry (Mosc). 2017 Oct;82(10):1079-1087. doi: 10.1134/S0006297917100017.
5
Alienness: Rapid Detection of Candidate Horizontal Gene Transfers across the Tree of Life.异源性:快速检测生命之树上候选水平基因转移
Genes (Basel). 2017 Sep 29;8(10):248. doi: 10.3390/genes8100248.
6
A natural barrier to lateral gene transfer from prokaryotes to eukaryotes revealed from genomes: the 70 % rule.基因组揭示的原核生物向真核生物横向基因转移的天然屏障:70%规则
BMC Biol. 2016 Oct 17;14(1):89. doi: 10.1186/s12915-016-0315-9.
7
Repairing tRNA termini: News from the 3' end.修复tRNA末端:来自3'端的消息。
RNA Biol. 2016 Dec;13(12):1182-1188. doi: 10.1080/15476286.2016.1239007. Epub 2016 Sep 23.
8
Horizontal gene transfer: essentiality and evolvability in prokaryotes, and roles in evolutionary transitions.水平基因转移:原核生物中的必要性与进化能力,以及在进化转变中的作用
F1000Res. 2016 Jul 25;5. doi: 10.12688/f1000research.8737.1. eCollection 2016.
9
Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification.基因组学对微生物进化和分类理解的影响:达尔文对分类的看法的重要性。
FEMS Microbiol Rev. 2016 Jul;40(4):520-53. doi: 10.1093/femsre/fuw011. Epub 2016 Jun 8.
10
Horizontal gene transfer: building the web of life.水平基因转移:构建生命之网。
Nat Rev Genet. 2015 Aug;16(8):472-82. doi: 10.1038/nrg3962.