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利用长读测序生成高质量基因组资源。

High-Quality Genome Resource of Generated via Long-Read Sequencing.

机构信息

Department of Plant Pathology, The Ohio State University, Columbus, OH 43210, U.S.A.

Department of Bioagricultural Sciences and Pest Management, Colorado State University, Fort Collins, CO 80523, U.S.A.

出版信息

Plant Dis. 2020 Apr;104(4):1011-1012. doi: 10.1094/PDIS-11-19-2393-A. Epub 2020 Feb 17.

DOI:10.1094/PDIS-11-19-2393-A
PMID:32065568
Abstract

The bacterial plant pathogen is the causal agent of yellow disease of and other ornamental plant genera. There is no available complete genome for , limiting basic research for this pathogen. Here, we release a high-quality complete genome sequence for the type strain, CFBP 1156. Single-molecule real-time (SMRT) sequencing with a mean coverage of 306× revealed two contigs of 4,918,645 and 44,381 bp in size. This was the first characterized plant-disease-causing species of and this genome provides a resource to better understand the biology of yellow disease of hyacinth.

摘要

细菌植物病原体 是 和其他观赏植物属的黄花病的病原体。目前还没有可供使用的 完整基因组,这限制了对该病原体的基础研究。在这里,我们发布了 模式菌株 CFBP 1156 的高质量完整基因组序列。平均覆盖率为 306×的单分子实时 (SMRT) 测序揭示了两个大小分别为 4,918,645 和 44,381 bp 的连续序列。这是第一个被描述的引起风信子黄花病的 属种,该基因组为更好地了解风信子黄花病的生物学提供了资源。

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