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IMEx 冠状病毒相互作用组：冠状病毒科-宿主分子相互作用的动态图谱。

The IMEx coronavirus interactome: an evolving map of Coronaviridae-host molecular interactions.

机构信息

European Molecular Biology Laboratory, Wellcome Genome Campus, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Hinxton, CB10 1SD, UK.

Krembil Research Institute, Data Science Discovery Centre for Chronic Diseases, University Health Network, 5KD-407, 60 Leonard Avenue, Toronto, ON, M5T 0S8, Canada.

出版信息

Database (Oxford). 2020 Jan 1;2020. doi: 10.1093/database/baaa096.

DOI:10.1093/database/baaa096
PMID:33206959
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7673336/
Abstract

The current coronavirus disease of 2019 (COVID-19) pandemic, caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV)-2, has spurred a wave of research of nearly unprecedented scale. Among the different strategies that are being used to understand the disease and develop effective treatments, the study of physical molecular interactions can provide fine-grained resolution of the mechanisms behind the virus biology and the human organism response. We present a curated dataset of physical molecular interactions focused on proteins from SARS-CoV-2, SARS-CoV-1 and other members of the Coronaviridae family that has been manually extracted by International Molecular Exchange (IMEx) Consortium curators. Currently, the dataset comprises over 4400 binarized interactions extracted from 151 publications. The dataset can be accessed in the standard formats recommended by the Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) at the IntAct database website (https://www.ebi.ac.uk/intact) and will be continuously updated as research on COVID-19 progresses.

摘要

当前由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 型（SARS-CoV-2）引起的 2019 年冠状病毒病（COVID-19）大流行，引发了一波几乎前所未有的规模的研究浪潮。在用于了解疾病和开发有效治疗方法的不同策略中，对物理分子相互作用的研究可以提供有关病毒生物学和人体反应背后机制的精细分辨率。我们展示了一个经过精心整理的数据集，其中包含了 SARS-CoV-2、SARS-CoV-1 和冠状病毒科其他成员的蛋白质的物理分子相互作用，这些相互作用是由国际分子交换（IMEx）联盟的策展人手动从 151 篇文献中提取出来的。目前，该数据集包括从 151 篇文献中提取的超过 4400 个二值化相互作用。该数据集可在 IntAct 数据库网站（https://www.ebi.ac.uk/intact）上按照蛋白质组学标准倡议（HUPO-PSI）推荐的标准格式访问，并将随着 COVID-19 研究的进展不断更新。

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