• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

使用200keV束流图像偏移的高分辨率冷冻电镜。

High-resolution cryo-EM using beam-image shift at 200 keV.

作者信息

Cash Jennifer N, Kearns Sarah, Li Yilai, Cianfrocco Michael A

机构信息

Life Sciences Institute, Department of Biological Chemistry, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, USA.

出版信息

IUCrJ. 2020 Oct 29;7(Pt 6):1179-1187. doi: 10.1107/S2052252520013482. eCollection 2020 Nov 1.

DOI:10.1107/S2052252520013482
PMID:33209328
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7642776/
Abstract

Recent advances in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) data collection utilize beam-image shift to improve throughput. Despite implementation on 300 keV cryo-EM instruments, it remains unknown how well beam-image-shift data collection affects data quality on 200 keV instruments and the extent to which aberrations can be computationally corrected. To test this, a cryo-EM data set for aldolase was collected at 200 keV using beam-image shift and analyzed. This analysis shows that the instrument beam tilt and particle motion initially limited the resolution to 4.9 Å. After particle polishing and iterative rounds of aberration correction in , a 2.8 Å resolution structure could be obtained. This analysis demonstrates that software correction of microscope aberrations can provide a significant improvement in resolution at 200 keV.

摘要

单颗粒冷冻电子显微镜(cryo-EM)数据采集的最新进展利用束流图像偏移来提高通量。尽管已在300 keV冷冻电子显微镜仪器上实施,但尚不清楚束流图像偏移数据采集对200 keV仪器上的数据质量有何影响,以及像差在多大程度上可以通过计算进行校正。为了测试这一点,使用束流图像偏移在200 keV下收集了醛缩酶的冷冻电子显微镜数据集并进行分析。该分析表明,仪器束流倾斜和颗粒运动最初将分辨率限制在4.9 Å。在进行颗粒抛光和多轮像差校正后,可以获得2.8 Å分辨率的结构。该分析表明,在200 keV下,显微镜像差的软件校正可以显著提高分辨率。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/0fa03dcc8242/m-07-01179-fig5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/1c1462aa8cc8/m-07-01179-fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/94ae00399ec6/m-07-01179-fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/3768eb50567c/m-07-01179-fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/d8a674d9d5b4/m-07-01179-fig4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/0fa03dcc8242/m-07-01179-fig5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/1c1462aa8cc8/m-07-01179-fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/94ae00399ec6/m-07-01179-fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/3768eb50567c/m-07-01179-fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/d8a674d9d5b4/m-07-01179-fig4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/17b2/7642776/0fa03dcc8242/m-07-01179-fig5.jpg

相似文献

1
High-resolution cryo-EM using beam-image shift at 200 keV.使用200keV束流图像偏移的高分辨率冷冻电镜。
IUCrJ. 2020 Oct 29;7(Pt 6):1179-1187. doi: 10.1107/S2052252520013482. eCollection 2020 Nov 1.
2
High-quality, high-throughput cryo-electron microscopy data collection via beam tilt and astigmatism-free beam-image shift.通过倾斜束和无像散束像移实现高质量、高通量的冷冻电子显微镜数据收集。
J Struct Biol. 2019 Dec 1;208(3):107396. doi: 10.1016/j.jsb.2019.09.013. Epub 2019 Sep 25.
3
High-speed high-resolution data collection on a 200 keV cryo-TEM.在200 keV低温透射电子显微镜上进行高速高分辨率数据采集。
IUCrJ. 2022 Jan 29;9(Pt 2):243-252. doi: 10.1107/S2052252522000069. eCollection 2022 Mar 1.
4
A Robust Single-Particle Cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) Processing Workflow with cryoSPARC, RELION, and Scipion.使用 cryoSPARC、RELION 和 Scipion 的稳健单颗粒冷冻电子显微镜(cryo-EM)处理工作流程。
J Vis Exp. 2022 Jan 31(179). doi: 10.3791/63387.
5
User-friendly, High-throughput, and Fully Automated Data Acquisition Software for Single-particle Cryo-electron Microscopy.用于单颗粒冷冻电子显微镜的用户友好、高通量且全自动的数据采集软件。
J Vis Exp. 2021 Jul 29(173). doi: 10.3791/62832.
6
Cryo-EM performance testing of hardware and data acquisition strategies.硬件和数据采集策略的冷冻电镜性能测试
Microscopy (Oxf). 2021 Nov 24;70(6):487-497. doi: 10.1093/jmicro/dfab016.
7
Coma-corrected rapid single-particle cryo-EM data collection on the CRYO ARM 300.在 CRYO ARM 300 上进行校正昏迷的快速单颗粒冷冻电镜数据收集。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2021 May 1;77(Pt 5):555-564. doi: 10.1107/S2059798321002151. Epub 2021 Apr 14.
8
Sub-2 Angstrom resolution structure determination using single-particle cryo-EM at 200 keV.在200 keV下使用单颗粒冷冻电镜进行亚2埃分辨率结构测定。
J Struct Biol X. 2020 Feb 28;4:100020. doi: 10.1016/j.yjsbx.2020.100020. eCollection 2020.
9
High-resolution single-particle imaging at 100-200 keV with the Gatan Alpine direct electron detector.使用 Gatan Alpine 直接电子探测器在 100-200keV 下进行高分辨率单颗粒成像。
J Struct Biol. 2024 Sep;216(3):108108. doi: 10.1016/j.jsb.2024.108108. Epub 2024 Jun 27.
10
A Bayesian approach to beam-induced motion correction in cryo-EM single-particle analysis.一种用于冷冻电镜单颗粒分析中束流诱导运动校正的贝叶斯方法。
IUCrJ. 2019 Jan 1;6(Pt 1):5-17. doi: 10.1107/S205225251801463X.

引用本文的文献

1
Characterizing the resolution and throughput of the Apollo direct electron detector.表征阿波罗直接电子探测器的分辨率和通量。
J Struct Biol X. 2022 Dec 5;7:100080. doi: 10.1016/j.yjsbx.2022.100080. eCollection 2023.
2
Defocus Corrected Large Area Cryo-EM (DeCo-LACE) for label-free detection of molecules across entire cell sections.无标记全细胞切片分子检测的离焦校正大区域冷冻电镜(DeCo-LACE)。
Elife. 2022 Nov 16;11:e80980. doi: 10.7554/eLife.80980.
3
Transient Prenyltransferase-Cyclase Association in Fusicoccadiene Synthase, an Assembly-Line Terpene Synthase.

本文引用的文献

1
Sub-2 Angstrom resolution structure determination using single-particle cryo-EM at 200 keV.在200 keV下使用单颗粒冷冻电镜进行亚2埃分辨率结构测定。
J Struct Biol X. 2020 Feb 28;4:100020. doi: 10.1016/j.yjsbx.2020.100020. eCollection 2020.
2
High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations.在存在大量像差的情况下进行高分辨率冷冻电镜重建。
IUCrJ. 2020 Mar 26;7(Pt 3):445-452. doi: 10.1107/S2052252520002444. eCollection 2020 May 1.
3
High-Throughput Cryo-EM Enabled by User-Free Preprocessing Routines.
瞬时 prenyltransferase-cyclase 缔合在呋甾烯合酶中,一种装配线萜烯合酶。
Biochemistry. 2022 Nov 1;61(21):2417-2430. doi: 10.1021/acs.biochem.2c00509. Epub 2022 Oct 13.
4
Cryo-EM Analysis of the Lipopolysaccharide Flippase MsbA.冷冻电镜分析脂多糖翻转酶 MsbA。
Methods Mol Biol. 2022;2548:233-247. doi: 10.1007/978-1-0716-2581-1_14.
5
Single-Particle Cryo-EM Data Collection with Stage Tilt using Leginon.使用 Leginon 进行带倾转台的单颗粒冷冻电镜数据收集。
J Vis Exp. 2022 Jul 1(185). doi: 10.3791/64136.
6
The Plant V-ATPase.植物液泡膜H⁺-ATP酶
Front Plant Sci. 2022 Jun 30;13:931777. doi: 10.3389/fpls.2022.931777. eCollection 2022.
7
High-speed high-resolution data collection on a 200 keV cryo-TEM.在200 keV低温透射电子显微镜上进行高速高分辨率数据采集。
IUCrJ. 2022 Jan 29;9(Pt 2):243-252. doi: 10.1107/S2052252522000069. eCollection 2022 Mar 1.
8
Sub-3 Å Cryo-EM Structures of Necrosis Virus Particles via the Use of Multipurpose TEM with Electron Counting Camera.通过使用带有电子计数相机的多功能透射电子显微镜获得小于 3 Å 的坏死病毒颗粒的冷冻电镜结构。
Int J Mol Sci. 2021 Jun 25;22(13):6859. doi: 10.3390/ijms22136859.
9
Optimized cryo-EM data-acquisition workflow by sample-thickness determination.通过确定样品厚度来优化冷冻电镜数据采集工作流程。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2021 May 1;77(Pt 5):565-571. doi: 10.1107/S205979832100334X. Epub 2021 Apr 27.
10
Present and Emerging Methodologies in Cryo-EM Single-Particle Analysis.当前和新兴的冷冻电镜单颗粒分析方法。
Biophys J. 2020 Oct 6;119(7):1281-1289. doi: 10.1016/j.bpj.2020.08.027. Epub 2020 Sep 1.
通过无需用户操作的预处理程序实现的高通量冷冻电镜技术。
Structure. 2020 Jul 7;28(7):858-869.e3. doi: 10.1016/j.str.2020.03.008. Epub 2020 Apr 14.
4
Estimation of high-order aberrations and anisotropic magnification from cryo-EM data sets in -3.1.从-3.1中的冷冻电镜数据集估计高阶像差和各向异性放大率。
IUCrJ. 2020 Feb 11;7(Pt 2):253-267. doi: 10.1107/S2052252520000081. eCollection 2020 Mar 1.
5
SPHIRE-crYOLO is a fast and accurate fully automated particle picker for cryo-EM.SPHIRE-crYOLO 是一款快速、准确的全自动 cryo-EM 粒子挑选器。
Commun Biol. 2019 Jun 19;2:218. doi: 10.1038/s42003-019-0437-z. eCollection 2019.
6
A Bayesian approach to beam-induced motion correction in cryo-EM single-particle analysis.一种用于冷冻电镜单颗粒分析中束流诱导运动校正的贝叶斯方法。
IUCrJ. 2019 Jan 1;6(Pt 1):5-17. doi: 10.1107/S205225251801463X.
7
New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3.用于 RELION-3 中自动化高分辨率冷冻电镜结构测定的新工具。
Elife. 2018 Nov 9;7:e42166. doi: 10.7554/eLife.42166.
8
High resolution single particle cryo-electron microscopy using beam-image shift.使用束流像移的高分辨率单颗粒冷冻电子显微镜技术。
J Struct Biol. 2018 Nov;204(2):270-275. doi: 10.1016/j.jsb.2018.07.015. Epub 2018 Jul 25.
9
Benchmarking cryo-EM Single Particle Analysis Workflow.冷冻电镜单颗粒分析工作流程的基准测试
Front Mol Biosci. 2018 Jun 4;5:50. doi: 10.3389/fmolb.2018.00050. eCollection 2018.
10
Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.真空间 refinement 在 PHENIX 用于 cryo-EM 和结晶学。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2018 Jun 1;74(Pt 6):531-544. doi: 10.1107/S2059798318006551. Epub 2018 May 30.