• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

主客体系统中相对结合亲和力的理论计算。

Theoretical calculation of relative binding affinity in host-guest systems.

作者信息

Lybrand T P, McCammon J A, Wipff G

出版信息

Proc Natl Acad Sci U S A. 1986 Feb;83(4):833-5. doi: 10.1073/pnas.83.4.833.

DOI:10.1073/pnas.83.4.833
PMID:3456569
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC322963/
Abstract

The relative free energy of binding the anions Cl- and Br- to the macrotricyclic receptor SC24 in water has been computed by a computer simulation technique. This result and an incidental result for the relative free energy of hydration of the anions are in excellent agreement with experimental data. The simulation approach to ligand-receptor interactions that is described here has significant potential as a predictive tool in chemistry, biochemistry, and pharmacology.

摘要

通过计算机模拟技术计算了阴离子Cl-和Br-在水中与大环三环受体SC24结合的相对自由能。该结果以及阴离子水合相对自由能的一个附带结果与实验数据高度吻合。本文所描述的配体-受体相互作用的模拟方法在化学、生物化学和药理学中作为一种预测工具具有巨大潜力。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/02f0/322963/3fdecdb25b52/pnas00308-0009-a.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/02f0/322963/3fdecdb25b52/pnas00308-0009-a.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/02f0/322963/3fdecdb25b52/pnas00308-0009-a.jpg

相似文献

1
Theoretical calculation of relative binding affinity in host-guest systems.主客体系统中相对结合亲和力的理论计算。
Proc Natl Acad Sci U S A. 1986 Feb;83(4):833-5. doi: 10.1073/pnas.83.4.833.
2
A molecular dynamics study of chloride binding by the cryptand SC24.穴状配体SC24与氯离子结合的分子动力学研究
J Mol Struct. 1988;179:467-84. doi: 10.1016/0166-1280(88)80142-8.
3
Molecular dynamics study of ion capture from water by a model ionophore, tetraprotonated cryptand SC24.通过模型离子载体四质子化穴状配体SC24从水中捕获离子的分子动力学研究
J Am Chem Soc. 1988;110(21):6992-7000. doi: 10.1021/ja00229a010.
4
Multiple hydrogen-bonding interactions between macrocyclic triurea and F-, Cl-, Br-, I- and NO3(-): a theoretical investigation.大环三脲与 F-、Cl-、Br-、I-和 NO3(-)之间的多重氢键相互作用:理论研究。
Phys Chem Chem Phys. 2011 Apr 28;13(16):7384-95. doi: 10.1039/c0cp02749a. Epub 2011 Mar 21.
5
Host-guest interaction between cyclen based macrotricyclic ligands and phosphate anions. A potentiometric investigation.
Dalton Trans. 2006 Jul 28(28):3418-26. doi: 10.1039/b517695f. Epub 2006 Apr 6.
6
Cooperative AND receptor for ion-pairs.离子对的协同作用及受体。
Chem Commun (Camb). 2006 Feb 14(6):612-4. doi: 10.1039/b515634c. Epub 2006 Jan 11.
7
Quasichemical and structural analysis of polarizable anion hydration.可极化阴离子水合的准化学和结构分析。
J Chem Phys. 2010 Jan 7;132(1):014505. doi: 10.1063/1.3280816.
8
Free energy simulations: the meaning of the individual contributions from a component analysis.自由能模拟:成分分析中各个贡献的意义。
Proteins. 1994 Sep;20(1):25-33. doi: 10.1002/prot.340200105.
9
Prediction of ligand binding affinity and orientation of xenoestrogens to the estrogen receptor by molecular dynamics simulations and the linear interaction energy method.通过分子动力学模拟和线性相互作用能方法预测异种雌激素与雌激素受体的配体结合亲和力和取向
J Med Chem. 2004 Feb 12;47(4):1018-30. doi: 10.1021/jm0309607.
10
Density functional theory study of the free and tetraprotonated spheroidal macrotricyclic ligands and the complexes with halide anions: F(-), Cl(-), Br(-).密度泛函理论研究游离态和四质子化的类球大环配体以及与卤化物阴离子(F(-)、Cl(-)、Br(-))的配合物。
J Comput Chem. 2010 Mar;31(4):871-81. doi: 10.1002/jcc.21352.

引用本文的文献

1
Machine Learning Force Fields in Electrochemistry: From Fundamentals to Applications.电化学中的机器学习力场:从基础到应用
ACS Nano. 2025 Jul 1;19(25):22600-22644. doi: 10.1021/acsnano.5c05553. Epub 2025 Jun 18.
2
A λ-Dynamics Investigation of Insulin and Other A3 Variant Binding Affinities to the Insulin Receptor.胰岛素及其它 A3 变体与胰岛素受体结合亲和力的 λ-动力学研究。
J Chem Inf Model. 2024 Jul 22;64(14):5657-5670. doi: 10.1021/acs.jcim.4c00662. Epub 2024 Jul 4.
3
A λ-dynamics investigation of insulin and other A3 variant binding affinities to the insulin receptor.

本文引用的文献

1
Supramolecular chemistry: receptors, catalysts, and carriers.超分子化学:受体、催化剂和载体。
Science. 1985 Feb 22;227(4689):849-56. doi: 10.1126/science.227.4689.849.
2
Structural basis of antibody function.抗体功能的结构基础。
Annu Rev Immunol. 1983;1:87-117. doi: 10.1146/annurev.iy.01.040183.000511.
胰岛素及其他A3变体与胰岛素受体结合亲和力的λ动力学研究。
bioRxiv. 2024 Mar 17:2024.03.15.585233. doi: 10.1101/2024.03.15.585233.
4
Ion selectivity and rotor coupling of the Vibrio flagellar sodium-driven stator unit.离子选择性和转子偶联的弧菌鞭毛钠驱动定子单元。
Nat Commun. 2023 Jul 27;14(1):4411. doi: 10.1038/s41467-023-39899-z.
5
Broadening the Scope of Binding Free Energy Calculations Using a Separated Topologies Approach.使用分离拓扑方法拓宽结合自由能计算的范围
J Chem Theory Comput. 2023 Aug 8;19(15):5058-5076. doi: 10.1021/acs.jctc.3c00282. Epub 2023 Jul 24.
6
Best practices for constructing, preparing, and evaluating protein-ligand binding affinity benchmarks [Article v0.1].构建、准备和评估蛋白质-配体结合亲和力基准的最佳实践[文章v0.1]
Living J Comput Mol Sci. 2022;4(1). doi: 10.33011/livecoms.4.1.1497. Epub 2022 Aug 30.
7
Mechanism of reaction of RNA-dependent RNA polymerase from SARS-CoV-2.严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的RNA依赖性RNA聚合酶的反应机制
Chem Catal. 2022 May 19;2(5):1084-1099. doi: 10.1016/j.checat.2022.03.019. Epub 2022 Apr 19.
8
Alchemical Binding Free Energy Calculations in AMBER20: Advances and Best Practices for Drug Discovery.在 AMBER20 中进行的炼金术结合自由能计算:药物发现的进展和最佳实践。
J Chem Inf Model. 2020 Nov 23;60(11):5595-5623. doi: 10.1021/acs.jcim.0c00613. Epub 2020 Sep 16.
9
Advances in Molecular Dynamics Simulations and Enhanced Sampling Methods for the Study of Protein Systems.分子动力学模拟的进展和增强采样方法在蛋白质体系研究中的应用。
Int J Mol Sci. 2020 Sep 1;21(17):6339. doi: 10.3390/ijms21176339.
10
Boosting Free-Energy Perturbation Calculations with GPU-Accelerated NAMD.利用GPU加速的NAMD增强自由能微扰计算
J Chem Inf Model. 2020 Nov 23;60(11):5301-5307. doi: 10.1021/acs.jcim.0c00745. Epub 2020 Sep 1.