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幻影 2.0：考虑基因家族之间异质进化模式的快速且节省内存的基因内容进化重建。

Mirage 2.0: fast and memory-efficient reconstruction of gene-content evolution considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families.

机构信息

Waseda Institute for Advanced Study, Waseda University, Tokyo 1690051, Japan.

Department of Integrated Biosciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba 2770882, Japan.

出版信息

Bioinformatics. 2022 Aug 10;38(16):4039-4041. doi: 10.1093/bioinformatics/btac433.

DOI:10.1093/bioinformatics/btac433
PMID:35771653
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9364385/
Abstract

SUMMARY

We present Mirage 2.0, which accurately estimates gene-content evolutionary history by considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families. Notably, we introduce a deterministic pattern mixture model, which makes Mirage substantially faster and more memory-efficient to be applicable to large datasets with thousands of genomes.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

The source code is freely available at https://github.com/fukunagatsu/Mirage.

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

摘要

我们提出了 Mirage 2.0，它通过考虑基因家族之间的异构进化模式，准确地估计基因内容的进化历史。值得注意的是，我们引入了一个确定性模式混合模型，这使得 Mirage 在速度和内存效率方面有了显著的提升，使其能够适用于包含数千个基因组的大型数据集。

可用性和实现

源代码可在 https://github.com/fukunagatsu/Mirage 上免费获取。

补充信息

补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d849/9364385/0b35394637df/btac433f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d849/9364385/0b35394637df/btac433f1.jpg
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