• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

来自固氮桤木根瘤的宏基因组和宏基因组组装基因组序列

Metagenomes and Metagenome-Assembled Genome Sequences from Nitrogen-Fixing Alder Nodules.

作者信息

Taş Neslihan, Conejo Nancy, Salmon Verity G

机构信息

Earth and Environmental Sciences Area, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, USA.

Biosciences Area, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, USA.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2023 May 17;12(5):e0126622. doi: 10.1128/mra.01266-22. Epub 2023 Apr 4.

DOI:10.1128/mra.01266-22
PMID:37014227
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10190285/
Abstract

Bacterial nitrogen (N) fixation in alder nodules is a key process providing nitrogen to nutrient-limited arctic biomes. Here, 45 prokaryotic metagenome-assembled genome (MAG) sequences from root nodules of arctic alder are reported.

摘要

桤木根瘤中的细菌固氮作用是为营养有限的北极生物群落提供氮的关键过程。在此，报道了来自北极桤木根瘤的45个原核生物宏基因组组装基因组（MAG）序列。

相似文献

1
Metagenomes and Metagenome-Assembled Genome Sequences from Nitrogen-Fixing Alder Nodules.来自固氮桤木根瘤的宏基因组和宏基因组组装基因组序列
Microbiol Resour Announc. 2023 May 17;12(5):e0126622. doi: 10.1128/mra.01266-22. Epub 2023 Apr 4.
2
Comparative analysis of nitrogen content and its influence on actinorhizal nodule and rhizospheric microorganism diversity in three species.三种植物中氮含量的比较分析及其对放线菌根瘤和根际微生物多样性的影响
Front Microbiol. 2023 Dec 15;14:1230170. doi: 10.3389/fmicb.2023.1230170. eCollection 2023.
3
Metagenome-assembled-genomes recovered from the Arctic drift expedition MOSAiC.从北极漂移考察“马赛克”（MOSAiC）中获得的宏基因组组装基因组。
Sci Data. 2025 Feb 4;12(1):204. doi: 10.1038/s41597-025-04525-8.
4
Frankia-Enriched Metagenomes from the Earliest Diverging Symbiotic Frankia Cluster: They Come in Teams.富含弗兰克氏菌的宏基因组来自最早分化的共生弗兰克氏菌群：它们成群出现。
Genome Biol Evol. 2019 Aug 1;11(8):2273-2291. doi: 10.1093/gbe/evz153.
5
Tunturi virus isolates and metagenome-assembled viral genomes provide insights into the virome of Acidobacteriota in Arctic tundra soils.通图里病毒分离株和宏基因组组装病毒基因组为了解北极冻原土壤中酸杆菌门的病毒群落提供了见解。
Microbiome. 2025 Mar 20;13(1):79. doi: 10.1186/s40168-025-02053-6.
6
ACR: metagenome-assembled prokaryotic and eukaryotic genome refinement tool.ACR：宏基因组组装原核生物和真核生物基因组精修工具。
Brief Bioinform. 2023 Sep 22;24(6). doi: 10.1093/bib/bbad381.
7
Undervalued Pseudo- Sequences in Public Databases Distort Metagenomic Insights into Biological Nitrogen Fixers.公共数据库中被低估的伪序列扭曲了生物固氮菌的宏基因组研究结果。
mSphere. 2021 Dec 22;6(6):e0078521. doi: 10.1128/msphere.00785-21. Epub 2021 Nov 17.
8
Metagenome-assembled genomes from High Arctic glaciers highlight the vulnerability of glacier-associated microbiota and their activities to habitat loss.高纬度冰川宏基因组组装基因组研究提示冰川相关微生物组及其活性对生境丧失的脆弱性。
Microb Genom. 2023 Nov;9(11). doi: 10.1099/mgen.0.001131.
9
Alder Distribution and Expansion Across a Tundra Hillslope: Implications for Local N Cycling.桤木在苔原山坡上的分布与扩张：对当地氮循环的影响
Front Plant Sci. 2019 Oct 16;10:1099. doi: 10.3389/fpls.2019.01099. eCollection 2019.
10
Seasonal patterns in Arctic prasinophytes and inferred ecology of Bathycoccus unveiled in an Arctic winter metagenome.北极冬季宏基因组揭示的北极绿藻季节性模式及对巴蒂球菌生态的推断
ISME J. 2017 Jun;11(6):1372-1385. doi: 10.1038/ismej.2017.7. Epub 2017 Mar 7.

引用本文的文献

1
Boreal moss-microbe interactions are revealed through metagenome assembly of novel bacterial species.北方苔藓-微生物相互作用是通过新型细菌物种的宏基因组组装揭示的。
Sci Rep. 2024 Sep 27;14(1):22168. doi: 10.1038/s41598-024-73045-z.
2
Root nodules of red alder (Alnus rubra) and sitka alder (Alnus viridis ssp. sinuata) are inhabited by taxonomically diverse cultivable microbial endophytes.红桤木（Alnus rubra）和西特卡桤木（Alnus viridis ssp. sinuata）的根瘤中栖息着分类上多样化的可培养微生物内生菌。
Microbiologyopen. 2024 Jun;13(3):e1422. doi: 10.1002/mbo3.1422.

本文引用的文献

1
Metabolic capabilities mute positive response to direct and indirect impacts of warming throughout the soil profile.新陈代谢能力使整个土壤剖面对变暖的直接和间接影响的积极响应减弱。
Nat Commun. 2021 Apr 7;12(1):2089. doi: 10.1038/s41467-021-22408-5.
2
A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea.细菌和古菌的完整域到种分类 taxonomy。
Nat Biotechnol. 2020 Sep;38(9):1079-1086. doi: 10.1038/s41587-020-0501-8. Epub 2020 Apr 27.
3
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.GTDB-Tk：一个使用基因组分类数据库对基因组进行分类的工具包。
Bioinformatics. 2019 Nov 15;36(6):1925-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btz848.
4
Alder Distribution and Expansion Across a Tundra Hillslope: Implications for Local N Cycling.桤木在苔原山坡上的分布与扩张：对当地氮循环的影响
Front Plant Sci. 2019 Oct 16;10:1099. doi: 10.3389/fpls.2019.01099. eCollection 2019.
5
MetaBAT 2: an adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies.MetaBAT 2：一种用于从宏基因组组装中进行稳健且高效的基因组重建的自适应分箱算法。
PeerJ. 2019 Jul 26;7:e7359. doi: 10.7717/peerj.7359. eCollection 2019.
6
Unprecedented bacterial community richness in soybean nodules vary with cultivar and water status.大豆根瘤中的细菌群落丰富度前所未有，其变化与品种和水分状况有关。
Microbiome. 2019 Apr 16;7(1):63. doi: 10.1186/s40168-019-0676-8.
7
MetaWRAP-a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis.MetaWRAP-一个用于基因组解析宏基因组数据分析的灵活管道。
Microbiome. 2018 Sep 15;6(1):158. doi: 10.1186/s40168-018-0541-1.
8
Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea.细菌和古菌单扩增基因组（MISAG）及宏基因组组装基因组（MIMAG）的最低信息要求
Nat Biotechnol. 2017 Aug 8;35(8):725-731. doi: 10.1038/nbt.3893.
9
MaxBin 2.0: an automated binning algorithm to recover genomes from multiple metagenomic datasets.MaxBin 2.0：一种从多个宏基因组数据集中恢复基因组的自动分箱算法。
Bioinformatics. 2016 Feb 15;32(4):605-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btv638. Epub 2015 Oct 29.
10
CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes.CheckM：评估从分离株、单细胞和宏基因组中获得的微生物基因组质量。
Genome Res. 2015 Jul;25(7):1043-55. doi: 10.1101/gr.186072.114. Epub 2015 May 14.