• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

来自巴塔哥尼亚科莫乌峡湾（南纬42°）的时空明确宏基因组和宏基因组组装基因组

Spatially and Temporally Explicit Metagenomes and Metagenome-Assembled Genomes from the Comau Fjord (42°S), Patagonia.

作者信息

Castro-Nallar Eduardo, Berríos-Farías Valentín, Díez Beatriz, Guajardo-Leiva Sergio

机构信息

Departamento de Microbiología, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad de Talca, Talca, Chile.

Centro de Ecología Integrativa, Universidad de Talca, Talca, Chile.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2023 Jun 20;12(6):e0005923. doi: 10.1128/mra.00059-23. Epub 2023 May 15.

DOI:10.1128/mra.00059-23
PMID:37184380
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10281141/
Abstract

Microbes play an important role in coastal and estuarine waters. We present 93 metagenomes and 677 metagenome-assembled genomes (MAGs) from Comau Fjord, Patagonia (42°S), to further understand the microbial dynamics and their response to anthropogenic disturbances. These data represent a spatially (35-km transect) and temporally (2016 to 2019) explicit data set.

摘要

微生物在沿海和河口水域中发挥着重要作用。我们展示了来自巴塔哥尼亚科莫乌峡湾（南纬42°）的93个宏基因组和677个宏基因组组装基因组（MAG），以进一步了解微生物动态及其对人为干扰的响应。这些数据代表了一个空间上（35公里断面）和时间上（2016年至2019年）明确的数据集。

相似文献

1
Spatially and Temporally Explicit Metagenomes and Metagenome-Assembled Genomes from the Comau Fjord (42°S), Patagonia.来自巴塔哥尼亚科莫乌峡湾（南纬42°）的时空明确宏基因组和宏基因组组装基因组
Microbiol Resour Announc. 2023 Jun 20;12(6):e0005923. doi: 10.1128/mra.00059-23. Epub 2023 May 15.
2
Fecal Metagenomes and Metagenome-Assembled Genomes from the South American Sea Lion (Otaria flavescens) from the Comau Fjord (42°S), Patagonia.来自巴塔哥尼亚科莫乌峡湾（南纬42°）南美海狮（南美海狗）的粪便宏基因组和宏基因组组装基因组
Microbiol Resour Announc. 2023 May 17;12(5):e0018323. doi: 10.1128/mra.00183-23. Epub 2023 Apr 17.
3
Seasonal and Spatially Distributed Viral Metagenomes from Comau Fjord (42°S), Patagonia.来自巴塔哥尼亚科莫乌峡湾（南纬42°）的季节性和空间分布病毒宏基因组
Microbiol Resour Announc. 2023 Apr 18;12(4):e0008223. doi: 10.1128/mra.00082-23. Epub 2023 Mar 22.
4
A First Insight into the Microbial and Viral Communities of Comau Fjord-A Unique Human-Impacted Ecosystem in Patagonia (42 S).首次洞察科莫乌峡湾的微生物和病毒群落——巴塔哥尼亚（南纬42度）一个受人类影响的独特生态系统
Microorganisms. 2023 Mar 30;11(4):904. doi: 10.3390/microorganisms11040904.
5
Coastal Ocean Metagenomes and Curated Metagenome-Assembled Genomes from Marsh Landing, Sapelo Island (Georgia, USA).来自美国佐治亚州萨佩洛岛沼泽登陆点的沿海海洋宏基因组和精选宏基因组组装基因组
Microbiol Resour Announc. 2019 Oct 3;8(40):e00934-19. doi: 10.1128/MRA.00934-19.
6
Microbial life in a fjord: metagenomic analysis of a microbial mat in Chilean patagonia.峡湾中的微生物生命：智利巴塔哥尼亚微生物垫的宏基因组分析。
PLoS One. 2013 Aug 28;8(8):e71952. doi: 10.1371/journal.pone.0071952. eCollection 2013.
7
Assessing the micro-phytoplankton response to nitrate in Comau Fjord (42°S) in Patagonia (Chile), using a microcosms approach.采用微宇宙方法评估巴塔哥尼亚（智利）科马乌峡湾（南纬 42°）中硝酸盐对微型浮游植物的响应。
Environ Monit Assess. 2013 Jun;185(6):5055-70. doi: 10.1007/s10661-012-2925-1. Epub 2012 Oct 11.
8
The Reliability of Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) in Representing Natural Populations: Insights from Comparing MAGs against Isolate Genomes Derived from the Same Fecal Sample.宏基因组组装基因组（MAGs）在代表自然种群方面的可靠性：来自比较源自同一粪便样本的分离基因组的 MAGs 的见解。
Appl Environ Microbiol. 2021 Feb 26;87(6). doi: 10.1128/AEM.02593-20.
9
Genome-Resolved Metagenomic Insights into Massive Seasonal Ammonia-Oxidizing Archaea Blooms in San Francisco Bay.基因组解析宏基因组洞察旧金山湾大规模季节性氨氧化古菌的爆发。
mSystems. 2022 Feb 22;7(1):e0127021. doi: 10.1128/msystems.01270-21. Epub 2022 Jan 25.
10
Seasonal and diel variations in the vertical distribution, composition, abundance and biomass of zooplankton in a deep Chilean Patagonian Fjord.智利巴塔哥尼亚一个深邃峡湾中浮游动物的垂直分布、组成、丰度和生物量的季节性及昼夜变化。
PeerJ. 2022 Jan 25;10:e12823. doi: 10.7717/peerj.12823. eCollection 2022.

引用本文的文献

1
Metagenome-assembled genomes from mineral tundra soils in Rásttigáisá, northern Norway.来自挪威北部拉斯蒂加伊萨矿质苔原土壤的宏基因组组装基因组。
Access Microbiol. 2024 Jan 23;6(1). doi: 10.1099/acmi.0.000655.v3. eCollection 2024.

本文引用的文献

1
A First Insight into the Microbial and Viral Communities of Comau Fjord-A Unique Human-Impacted Ecosystem in Patagonia (42 S).首次洞察科莫乌峡湾的微生物和病毒群落——巴塔哥尼亚（南纬42度）一个受人类影响的独特生态系统
Microorganisms. 2023 Mar 30;11(4):904. doi: 10.3390/microorganisms11040904.
2
Metagenomic analysis reveals microbiome and resistome in the seawater and sediments of Kongsfjorden (Svalbard, High Arctic).宏基因组分析揭示了康斯峡湾（斯瓦尔巴特群岛，高北极）海水和沉积物中的微生物组和抗药组。
Sci Total Environ. 2022 Feb 25;809:151937. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.151937. Epub 2021 Nov 26.
3
Trophic structure of benthic communities in a Chilean fjord (45°S) influenced by salmon aquaculture: Insights from stable isotopic signatures.智利峡湾（南纬 45°）中受鲑鱼养殖影响的底栖群落的营养结构：稳定同位素特征的见解。
Mar Pollut Bull. 2021 Dec;173(Pt B):113149. doi: 10.1016/j.marpolbul.2021.113149. Epub 2021 Nov 20.
4
Monitoring the occurrence of microplastic ingestion in Otariids along the Peruvian and Chilean coasts.监测秘鲁和智利沿海的毛皮海狮摄入微塑料的情况。
Mar Pollut Bull. 2020 Apr;153:110966. doi: 10.1016/j.marpolbul.2020.110966. Epub 2020 Feb 29.
5
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.GTDB-Tk：一个使用基因组分类数据库对基因组进行分类的工具包。
Bioinformatics. 2019 Nov 15;36(6):1925-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btz848.
6
MetaBAT 2: an adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies.MetaBAT 2：一种用于从宏基因组组装中进行稳健且高效的基因组重建的自适应分箱算法。
PeerJ. 2019 Jul 26;7:e7359. doi: 10.7717/peerj.7359. eCollection 2019.
7
fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.fastp：一个超快速的一体化 FASTQ 预处理程序。
Bioinformatics. 2018 Sep 1;34(17):i884-i890. doi: 10.1093/bioinformatics/bty560.
8
Effects of pharmaceuticals used to treat salmon lice on non-target species: Evidence from a systematic review.用于治疗鲑鱼虱的药物对非目标物种的影响：系统评价的证据。
Sci Total Environ. 2019 Feb 1;649:1124-1136. doi: 10.1016/j.scitotenv.2018.08.334. Epub 2018 Aug 28.
9
MetaWRAP-a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis.MetaWRAP-一个用于基因组解析宏基因组数据分析的灵活管道。
Microbiome. 2018 Sep 15;6(1):158. doi: 10.1186/s40168-018-0541-1.
10
Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea.细菌和古菌单扩增基因组（MISAG）及宏基因组组装基因组（MIMAG）的最低信息要求
Nat Biotechnol. 2017 Aug 8;35(8):725-731. doi: 10.1038/nbt.3893.