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作者信息
Abad Z G, Burgess T I, Bourret T, Bensch K, Cacciola S O, Scanu B, Mathew R, Kasiborski B, Srivastava S, Kageyama K, Bienapfl J C, Verkleij G, Broders K, Schena L, Redford A J
机构信息
USDA APHIS PPQ S&T Plant Pathogen Confirmatory Diagnostics Laboratory, USA.
Phytophthora Science and Management, Harry Butler Institute, Murdoch University, Perth, WA, Australia.
出版信息
Stud Mycol. 2023 Nov;106:259-348. doi: 10.3114/sim.2023.106.05. Epub 2023 Oct 6.
Many members of the genus cause economic and environmental impact diseases in nurseries, horticulture, forest, and natural ecosystems and many are of regulatory concern around the world. At present, there are 223 described species, including eight unculturable and three lost species. Twenty-eight species need to be redescribed or validated. A lectotype, epitype or neotype was selected for 20 species, and a redescription based on the morphological/molecular characters and phylogenetic placement is provided. In addition, the names of five species are validated: , (Synonym: ), , and for which morphology and phylogeny are given. Two species, and are presented as new combinations. is treated with a representative strain as both lecto- and epitypification are pending. This manuscript provides the updated multigene phylogeny and molecular toolbox with seven genes (ITS rDNA, , , , , , and ) generated from the type specimens of 212 validly published, and culturable species (including nine hybrid taxa). The genome information of 23 types published to date is also included. Several aspects of the taxonomic revision and phylogenetic re-evaluation of the genus including species concepts, concept and position of the phylogenetic clades recognized within are discussed. Some of the contents of this manuscript, including factsheets for the 212 species, are associated with the ": molecular and morphological identification of based on the types" online resource (https://idtools.org/tools/1056/index.cfm). The first version of the online resource released to the public in September 2019 contained 161 species. In conjunction with this publication, we are updating the online resource to version 2 to include the 51 species recently described. The current status of the 223 described species is provided along with information on type specimens with details of the host (substrate), location, year of collection and publications. Additional information is provided regarding the ex-type culture(s) for the 212 valid culturable species and the diagnostic molecular toolbox with seven genes that includes the two metabarcoding genes (ITS and ) that are important for Sanger sequencing and also very valuable Molecular Operational Taxonomic Units (MOTU) for second and third generation metabarcoding High-throughput sequencing (HTS) technologies. The online resource will continue to be updated annually to include new descriptions. This manuscript in conjunction with represents a monographic study and the most updated revision of the taxonomy and phylogeny of widely considered one of the most important genera of plant pathogens. K.S. Amin, Baldev & F.J. Williams Abad, Abad, Brasier & M.J. Griffin Heyman Abad, W.W. Li, W.X. Huai & W.X. Zhao Abad & Kasiborski; (Brasier & S.A. Kirk) Abad, (Brasier & S.A. Kirk) Abad; Lebert & Cohn, R.E. Sm. & E.H. Sm., , , Brasier , , Hotson & Hartge, Foister, Kaufm. & Gerd., Purss, H.E. Petersen; Lebert & Cohn, R.E. Sm. & E.H. Sm., , , , Hotson & Hartge, Foister, Kaufm. & Gerd., Purss, H.E. Petersen; Kleb., Abad ZG, Burgess TI, Bourret T, Bensch K, Cacciola S, Scanu B, Mathew R, Kasiborski B, Srivastava S, Kageyama K, Bienapfl JC, Verkleij G, Broders K, Schena L, Redford AJ (2023). : taxonomic and phylogenetic revision of the genus. : 259-348. doi: 10.3114/sim.2023.106.05.
该属的许多成员在苗圃、园艺、森林和自然生态系统中引发具有经济和环境影响的疾病，并且在全球范围内受到许多监管关注。目前，已描述的物种有223种，包括8种不可培养物种和3种已消失物种。28个物种需要重新描述或验证。已为20个物种选定了模式标本、后选模式标本或新模标本，并基于形态学/分子特征和系统发育位置进行了重新描述。此外，5个物种的名称得到了验证： 、 （同义词： ）、 、 和 ，并给出了它们的形态学和系统发育信息。两个物种， 和 ，作为新组合呈现。 因模式标本和后选模式标本待定，故用一个代表性菌株进行处理。本手稿提供了更新后的多基因系统发育和分子工具箱，其中包含从212个有效发表且可培养的物种（包括9个杂交类群）的模式标本中生成的7个基因（ITS rDNA、 、 、 、 、 和 ）。还包括了迄今为止已发表的23个类型的基因组信息。讨论了该属分类修订和系统发育重新评估的几个方面，包括物种概念、在 内所识别的系统发育分支的概念和位置。本手稿的一些内容，包括212个物种的情况说明书，与在线资源“:基于模式标本的 的分子和形态鉴定”（https://idtools.org/tools/1056/index.cfm）相关。2019年9月向公众发布的在线资源的第一版包含161个物种。结合本出版物，我们正在将在线资源更新到第2版，以纳入最近描述的51个物种。提供了223个已描述物种的当前状态，以及模式标本的信息，包括寄主（基质）、地点、采集年份和出版物的详细信息。还提供了关于212个有效可培养物种的模式培养物的其他信息，以及包含7个基因的诊断分子工具箱，其中包括两个对桑格测序很重要的元条形码基因（ITS和 ），也是第二代和第三代元条形码高通量测序（HTS）技术非常有价值的分子操作分类单元（MOTU）。在线资源将继续每年更新以纳入新的描述。本手稿与 一起代表了一项专论研究，也是对 分类学和系统发育的最新修订， 被广泛认为是最重要的植物病原体属之一。
K.S. 阿明、巴尔代夫 & F.J. 威廉姆斯 阿巴德、 阿巴德、 布拉西尔 & M.J. 格里芬
海曼 阿巴德、 李WW、 怀WX & 赵WX 阿巴德 & 卡西博尔斯基； （布拉西尔 & S.A. 柯克）阿巴德； （布拉西尔 & S.A. 柯克）阿巴德； 莱伯特 & 科恩、 雷蒙德 & 伊迪丝·斯迈思、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、
阿巴德ZG、 伯吉斯TI、 布雷特T、 本施K、 卡乔拉S、 斯坎努B、 马修R、 卡西博尔斯基B、 斯里瓦斯塔瓦S、 影山K、 比纳普夫JC、 韦克莱伊G、 布罗德斯K、 谢纳L、 雷德福AJ（2023年）。 : 属的分类和系统发育修订。 : 259 - 348。doi: 10.3114/sim.2023.106.05。
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