• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

光滑砗磲（Röding，1798年）的基因组序列。

The genome sequence of the smooth giant clam, Röding, 1798.

作者信息

Li Ruiqi, Li Jingchun, Lopez Jose Victor, Oatley Graeme, Clayton-Lucey Isabelle Ailish, Sinclair Elizabeth, Aunin Eerik, Gettle Noah, Santos Camilla, Paulini Michael, Niu Haoyu, McKenna Victoria, O'Brien Rebecca

机构信息

Ecology & Evolutionary Biology, University of Colorado Boulder, Boulder, Colorado, USA.

University of Colorado Boulder Museum of Natural History, Boulder, Colorado, USA.

出版信息

Wellcome Open Res. 2024 Jul 16;9:375. doi: 10.12688/wellcomeopenres.22618.1. eCollection 2024.

DOI:10.12688/wellcomeopenres.22618.1
PMID:39429632
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11490831/
Abstract

We present a genome assembly from an individual (the smooth giant clam; Mollusca; Bivalvia;Cardiida; Cardiidae). The genome sequence is 1,060.2 megabases in span. Most of the assembly is scaffolded into 18 chromosomal pseudomolecules. The mitochondrial genome has also been assembled and is 24.95 kilobases in length. Gene annotation of this assembly on Ensembl identified 19,638 protein coding genes.

摘要

我们展示了一个个体（光滑巨蛤；软体动物门；双壳纲；鸟蛤目；鸟蛤科）的基因组组装结果。基因组序列跨度为1060.2兆碱基。大部分组装序列被构建成18条染色体假分子。线粒体基因组也已组装完成，长度为24.95千碱基。在Ensembl上对该组装序列进行的基因注释识别出19638个蛋白质编码基因。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/890a4770319c/wellcomeopenres-9-24918-g0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/219865bf9b5f/wellcomeopenres-9-24918-g0000.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/cfa72db166d9/wellcomeopenres-9-24918-g0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/929eaf8a89b2/wellcomeopenres-9-24918-g0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/dd3a59154997/wellcomeopenres-9-24918-g0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/890a4770319c/wellcomeopenres-9-24918-g0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/219865bf9b5f/wellcomeopenres-9-24918-g0000.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/cfa72db166d9/wellcomeopenres-9-24918-g0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/929eaf8a89b2/wellcomeopenres-9-24918-g0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/dd3a59154997/wellcomeopenres-9-24918-g0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8d57/11490831/890a4770319c/wellcomeopenres-9-24918-g0004.jpg

相似文献

1
The genome sequence of the smooth giant clam, Röding, 1798.光滑砗磲（Röding，1798年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Jul 16;9:375. doi: 10.12688/wellcomeopenres.22618.1. eCollection 2024.
2
The genome sequence of the giant clam, (Linnaeus, 1758).大砗磲（林奈，1758年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 19;9:145. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21136.1. eCollection 2024.
3
The genome sequence of the heart cockle, (Issel, 1869).心形鸟蛤（伊塞尔，1869年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Jul 10;9:366. doi: 10.12688/wellcomeopenres.22585.1. eCollection 2024.
4
The complete mitochondrial genome sequence of the giant clam (Tridacnidae: Tridacna).巨蛤（双壳纲：砗磲科）的线粒体全基因组序列
Mitochondrial DNA B Resour. 2018 Aug 13;3(2):911-912. doi: 10.1080/23802359.2018.1501290.
5
The genome sequence of the surf clam, (Linnaeus, 1758).海螂（林奈，1758年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2023 May 24;8:227. doi: 10.12688/wellcomeopenres.19486.1. eCollection 2023.
6
The genome sequence of (Lamarck, 1818), a sunset clam.（拉马克，1818年）的基因组序列，一种日落蛤。
Wellcome Open Res. 2022 Mar 29;7:116. doi: 10.12688/wellcomeopenres.17805.1. eCollection 2022.
7
The genome sequence of a heart cockle, (Linnaeus, 1758).一种心脏蚶（林奈，1758年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 7;9:129. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21134.1. eCollection 2024.
8
First report of the mitochondrial DNA sequences of the giant clam, (Tridacnidae Tridacna).巨蛤（Tridacnidae Tridacna）线粒体DNA序列的首次报告。
Mitochondrial DNA B Resour. 2020 Oct 23;5(3):3614-3615. doi: 10.1080/23802359.2020.1830729.
9
The complete mitogenome of the giant clam Tridacna squamosa (Heterodonta: Bivalvia: Tridacnidae).大砗磲（Tridacna squamosa）（异齿亚纲：双壳纲：砗磲科）的完整线粒体基因组。
Mitochondrial DNA A DNA Mapp Seq Anal. 2016 Sep;27(5):3220-1. doi: 10.3109/19401736.2015.1007355. Epub 2015 Feb 4.
10
The genome sequence of the common limpet, (Linnaeus, 1758).帽贝（林奈，1758年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2023 Sep 21;8:418. doi: 10.12688/wellcomeopenres.20008.1. eCollection 2023.

引用本文的文献

1
Genetic Population Structure and Distribution of the Small Giant Clam in Indo-Pacific Coral Reefs: History Dynamics, Present Status and Future Trends.印度洋-太平洋珊瑚礁地区小砗磲的遗传种群结构与分布：历史动态、现状及未来趋势
Ecol Evol. 2025 Aug 8;15(8):e71965. doi: 10.1002/ece3.71965. eCollection 2025 Aug.
2
The genome sequence of the click beetle, (Schrank, 1776).叩头虫的基因组序列，（施兰克，1776年） 。
Wellcome Open Res. 2025 Feb 24;10:96. doi: 10.12688/wellcomeopenres.23712.1. eCollection 2025.
3
The genome sequence of the butterfly blenny, Linnaeus, 1758.

本文引用的文献

1
The genome sequence of the giant clam, (Linnaeus, 1758).大砗磲（林奈，1758年）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 19;9:145. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21136.1. eCollection 2024.
2
MitoHiFi: a python pipeline for mitochondrial genome assembly from PacBio high fidelity reads.MitoHiFi：一个从 PacBio 高保真reads 组装线粒体基因组的 Python 分析流程
BMC Bioinformatics. 2023 Jul 18;24(1):288. doi: 10.1186/s12859-023-05385-y.
3
YaHS: yet another Hi-C scaffolding tool.YaHS：另一个 Hi-C 支架工具。
1758年林奈命名的蝴蝶鳚的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2025 Feb 19;10:87. doi: 10.12688/wellcomeopenres.23748.1. eCollection 2025.
Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1). doi: 10.1093/bioinformatics/btac808.
4
BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.BUSCO 更新：用于真核生物、原核生物和病毒基因组评分的新颖且简化的工作流程以及更广泛和更深的系统发育覆盖范围。
Mol Biol Evol. 2021 Sep 27;38(10):4647-4654. doi: 10.1093/molbev/msab199.
5
Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species.致力于完成所有脊椎动物物种的完整且无错误的基因组组装。
Nature. 2021 Apr;592(7856):737-746. doi: 10.1038/s41586-021-03451-0. Epub 2021 Apr 28.
6
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm.使用带有 hifiasm 的相定装配图进行单体型解析从头组装。
Nat Methods. 2021 Feb;18(2):170-175. doi: 10.1038/s41592-020-01056-5. Epub 2021 Feb 1.
7
Significantly improving the quality of genome assemblies through curation.通过编辑显著提高基因组组装的质量。
Gigascience. 2021 Jan 9;10(1). doi: 10.1093/gigascience/giaa153.
8
Merqury: reference-free quality, completeness, and phasing assessment for genome assemblies.Merqury：基因组组装的无参考质量、完整性和相位评估。
Genome Biol. 2020 Sep 14;21(1):245. doi: 10.1186/s13059-020-02134-9.
9
MitoFinder: Efficient automated large-scale extraction of mitogenomic data in target enrichment phylogenomics.MitoFinder：目标富集系统发育基因组学中高效自动化的大规模线粒体基因组数据提取。
Mol Ecol Resour. 2020 Jul;20(4):892-905. doi: 10.1111/1755-0998.13160. Epub 2020 Apr 25.
10
BlobToolKit - Interactive Quality Assessment of Genome Assemblies.BlobToolKit - 基因组组装的交互式质量评估。
G3 (Bethesda). 2020 Apr 9;10(4):1361-1374. doi: 10.1534/g3.119.400908.