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用于RNA原位分析的开源自动化通用高内涵多重荧光方案。

Protocol for open-source automated universal high-content multiplex fluorescence for RNA in situ analysis.

作者信息

Descarpentrie Jean, Bernard Florian, Souleyreau Wilfried, Brisson Lucie, Mathivet Thomas, Pateras Ioannis S, Martin Océane C B, Chiloeches Maria Lopez, Frisan Teresa

机构信息

Department of Molecular Biology, 90187 Umeå, Sweden; Umeå Centre for Microbial Research (UCMR), Umeå University, 90187 Umeå, Sweden.

University of Bordeaux, INSERM, U1212, Nucleic Acids: Natural and Artificial Regulations Laboratory, 33000 Bordeaux, France.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Dec 20;5(4):103508. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103508. Epub 2024 Dec 6.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103508
PMID:39644494
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11667704/
Abstract

In situ hybridization visualizes RNA in cells, but image analysis is complex. We present a protocol based on open-source software for automated high-content multiplex fluorescence in situ transcriptomics analysis. Steps include nuclei segmentation with a Fiji macro and quantification of up to 14 mRNA probes per image. We describe procedures for storing raw data, quality control images, and the use of a Python app to summarize all the results in one spreadsheet detailing the number of single or co-positive cells.

摘要

原位杂交可使细胞中的RNA可视化，但图像分析很复杂。我们提出了一种基于开源软件的方案，用于自动化的高内涵多重荧光原位转录组学分析。步骤包括使用Fiji宏进行细胞核分割，以及对每张图像中多达14种mRNA探针进行定量分析。我们描述了存储原始数据、质量控制图像的程序，以及使用Python应用程序在一个电子表格中汇总所有结果的方法，该表格详细列出了单个或共阳性细胞的数量。

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