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作者信息

Murvai J, Gabrielian A, Fábián P, Hátsagi Z, Degtyarenko K, Hegyi H, Pongor S

机构信息

ABC Institute for Biochemistry and Protein Research, Gödöllö, Hungary.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1996 Jan 1;24(1):210-3. doi: 10.1093/nar/24.1.210.

DOI:10.1093/nar/24.1.210
PMID:8594582
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC145610/
Abstract

SBASE 4.0 is the fourth release of SBASE, a collection of annotated protein domain sequences that represent various structural, functional, ligand binding and topogenic segments of proteins. SBASE was designed to facilitate the detection of functional homologies and can be searched with standard database search tools, such as FASTA and BLAST3. The present release contains 61 137 entries provided with standardized names and cross-referenced to all major protein, nucleic acid and sequence pattern collections. The entries are clustered into 13 155 groups in order to facilitate detection of distant similarities. SBASE 4.0 is freely available by anonymous ftp file transfer from ftp.icgeb.trieste.it. Individual records can be retrieved with the gopher server at icgeb.trieste.it and with a World Wide Web server at http://www.icgeb.trieste.it. Automated searching of SBASE with BLAST can be carried out with the electronic mail server sbase@icgeb.trieste.it, which now also provides a graphic representation of the homologies. A related mail server, domain@hubi.abc.hu, assigns SBASE domain homologies on the basis of SWISS-PROT searches.

摘要

SBASE 4.0是SBASE的第四个版本，它是一个带注释的蛋白质结构域序列集合，代表了蛋白质的各种结构、功能、配体结合和拓扑结构片段。SBASE旨在促进功能同源性的检测，可使用标准数据库搜索工具（如FASTA和BLAST3）进行搜索。当前版本包含61137条记录，这些记录都有标准化名称，并与所有主要的蛋白质、核酸和序列模式集合进行了交叉引用。这些记录被聚类为13155组，以便于检测远缘相似性。可通过匿名文件传输从ftp.icgeb.trieste.it免费获取SBASE 4.0。可通过icgeb.trieste.it的gopher服务器以及http://www.icgeb.trieste.it的万维网服务器检索单个记录。使用电子邮件服务器sbase@icgeb.trieste.it可对SBASE进行BLAST自动搜索，该服务器现在还提供同源性的图形表示。相关的邮件服务器domain@hubi.abc.hu基于SWISS-PROT搜索来指定SBASE结构域同源性。