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SBASE蛋白质结构域文库，第3.0版：带注释的蛋白质序列片段集合。

The SBASE protein domain library, release 3.0: a collection of annotated protein sequence segments.

作者信息

Pongor S, Hátsági Z, Degtyarenko K, Fábián P, Skerl V, Hegyi H, Murvai J, Bevilacqua V

机构信息

International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology, Trieste, Italy.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1994 Sep;22(17):3610-5.

PMID:7937068
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC308330/
Abstract

SBASE 3.0 is the third release of SBASE, a collection of annotated protein domain sequences. SBASE entries represent various structural, functional, ligand-binding and topogenic segments of proteins as defined by their publishing authors. SBASE can be used for establishing domain homologies using different database-search tools such as FASTA [Lipman and Pearson (1985) Science, 227, 1436-1441], and BLAST3 [Altschul and Lipman (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 5509-5513] which is especially useful in the case of loosely defined domain types for which efficient consensus patterns can not be established. The present release contains 41,749 entries provided with standardized names and cross-referenced to the major protein and nucleic acid databanks as well as to the PROSITE catalogue of protein sequence patterns. The entries are clustered into 2285 groups using the BLAST algorithm for computing similarity measures. SBASE 3.0 is freely available on request to the authors or by anonymous 'ftp' file transfer from < ftp.icgeb.trieste.it >. Individual records can be retrieved with the gopher server at < icgeb.trieste.it > and with a www-server at < http:@www.icgeb.trieste.it >. Automated searching of SBASE by BLAST can be carried out with the electronic mail server < sbase@icgeb.trieste.it >. Another mail server < domain@hubi.abc.hu > assigns SBASE domain homologies on the basis of SWISS-PROT searches. A comparison of pertinent search strategies is presented.

摘要

SBASE 3.0是SBASE的第三个版本，SBASE是一个带注释的蛋白质结构域序列集合。SBASE条目代表了由其发表作者定义的蛋白质的各种结构、功能、配体结合和拓扑结构片段。SBASE可用于使用不同的数据库搜索工具（如FASTA [Lipman和Pearson（1985年）《科学》，227，1436 - 1441]和BLAST3 [Altschul和Lipman（1990年）《美国国家科学院院刊》，87，5509 - 5513]）来建立结构域同源性，对于那些无法建立有效一致模式的定义松散的结构域类型，BLAST3尤其有用。当前版本包含41,749个条目，这些条目都有标准化名称，并与主要的蛋白质和核酸数据库以及蛋白质序列模式的PROSITE目录相互参照。使用BLAST算法计算相似性度量，这些条目被聚类为2285个组。SBASE 3.0可根据要求向作者免费获取，也可通过从< ftp.icgeb.trieste.it >进行匿名“ftp”文件传输获取。可以通过< icgeb.trieste.it >的gopher服务器和< http:@www.icgeb.trieste.it >的www服务器检索单个记录。可以使用电子邮件服务器< sbase@icgeb.trieste.it >通过BLAST自动搜索SBASE。另一个邮件服务器< domain@hubi.abc.hu >基于SWISS - PROT搜索分配SBASE结构域同源性。文中还介绍了相关搜索策略的比较。