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PRINTS蛋白质指纹数据库的新进展。

Novel developments with the PRINTS protein fingerprint database.

作者信息

Attwood T K, Beck M E, Bleasby A J, Degtyarenko K, Michie A D, Parry-Smith D J

机构信息

Department of Biochemistry and Molecular Biology, University College London, Gower Street, London WCIE 6BT, UK.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1997 Jan 1;25(1):212-7. doi: 10.1093/nar/25.1.212.

DOI:10.1093/nar/25.1.212
PMID:9016538
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC146411/
Abstract

The PRINTS database of protein family 'fingerprints' is a diagnostic resource that complements the PROSITE dictionary of sites and patterns. Unlike regular expressions, fingerprints exploit groups of conserved motifs within sequence alignments to build characteristic signatures of family membership. Thus fingerprints inherently offer improved diagnostic reliability by virtue of the mutual context provided by motif neighbours. To date, 600 fingerprints have been constructed and stored in PRINTS, representing a 50% increase in the size of the database in the last year. The current version, 13.0, encodes approximately 3000 motifs, covering a range of globular and membrane proteins, modular polypeptides, and so on. The database is accessible via UCL's Bioinformatics World Wide Web (WWW) server at http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser / . We describe here progress with the database, its Web interface, and a recent exciting development: the integration of a novel colour alignment editor (http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser++ +/CINEMA ), which allows visualisation and interactive manipulation of PRINTS alignments over the Internet.

摘要

蛋白质家族“指纹”的PRINTS数据库是一种诊断资源，可补充PROSITE位点和模式字典。与正则表达式不同，指纹利用序列比对中的保守基序组来构建家族成员的特征签名。因此，由于基序邻域提供的相互上下文，指纹本质上提供了更高的诊断可靠性。迄今为止，已构建了600个指纹并存储在PRINTS中，这意味着去年数据库规模增长了50%。当前版本13.0编码了大约3000个基序，涵盖了一系列球状和膜蛋白、模块化多肽等。该数据库可通过伦敦大学学院的生物信息学万维网（WWW）服务器访问，网址为http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser / 。我们在此描述该数据库及其网络界面的进展，以及一项近期令人兴奋的发展：集成了一个新颖的彩色比对编辑器（http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser++ +/CINEMA ），它允许通过互联网可视化和交互式操作PRINTS比对。