• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

TRANSFAC检索程序:真核生物转录调控序列和蛋白质的网络模型数据库。

TRANSFAC retrieval program: a network model database of eukaryotic transcription regulating sequences and proteins.

作者信息

Knüppel R, Dietze P, Lehnberg W, Frech K, Wingender E

机构信息

Gesellschaft für Biotechnologische Forschung, Department of Genetics, Braunschweig, Germany.

出版信息

J Comput Biol. 1994 Fall;1(3):191-8. doi: 10.1089/cmb.1994.1.191.

DOI:10.1089/cmb.1994.1.191
PMID:8790464
Abstract

DNA sequences that are involved in the control of gene expression in eukaryotes have been collected in conjunction with the proteins binding to and acting through them (TRANSFAC data set). To make these data accessible, the TRANSFAC retrieval program (TRP) has been developed as a database management system which is based upon the network model. This database model possesses particular advantages for data management of a complex structure. The aim of TRP is to provide an easily handled statistical basis for a computational approach to transcription control.

摘要

真核生物中参与基因表达调控的DNA序列已与与之结合并通过它们起作用的蛋白质一起收集(TRANSFAC数据集)。为了便于获取这些数据,已经开发了TRANSFAC检索程序(TRP)作为基于网络模型的数据库管理系统。这种数据库模型在复杂结构的数据管理方面具有特殊优势。TRP的目的是为转录调控的计算方法提供一个易于处理的统计基础。

相似文献

1
TRANSFAC retrieval program: a network model database of eukaryotic transcription regulating sequences and proteins.TRANSFAC检索程序:真核生物转录调控序列和蛋白质的网络模型数据库。
J Comput Biol. 1994 Fall;1(3):191-8. doi: 10.1089/cmb.1994.1.191.
2
Databases on transcriptional regulation: TRANSFAC, TRRD and COMPEL.转录调控数据库:TRANSFAC、TRRD和COMPEL。
Nucleic Acids Res. 1998 Jan 1;26(1):362-7. doi: 10.1093/nar/26.1.362.
3
Expanding the TRANSFAC database towards an expert system of regulatory molecular mechanisms.将TRANSFAC数据库扩展为调控分子机制专家系统。
Nucleic Acids Res. 1999 Jan 1;27(1):318-22. doi: 10.1093/nar/27.1.318.
4
Computer tool FUNSITE for analysis of eukaryotic regulatory genomic sequences.用于分析真核生物调控基因组序列的计算机工具FUNSITE
Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1995;3:197-205.
5
TRANSFAC and its module TRANSCompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes.TRANSFAC及其模块TRANSCompel:真核生物中的转录基因调控
Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D108-10. doi: 10.1093/nar/gkj143.
6
TRANSFAC database as a bridge between sequence data libraries and biological function.TRANSFAC数据库作为序列数据库与生物学功能之间的桥梁。
Pac Symp Biocomput. 1997:477-85.
7
Improvement of TRANSFAC matrices using multiple local alignment of transcription factor binding site sequences.利用转录因子结合位点序列的多重局部比对改进TRANSFAC矩阵。
Genome Inform. 2005;16(1):68-72.
8
TRANSFAC, TRRD and COMPEL: towards a federated database system on transcriptional regulation.TRANSFAC、TRRD和COMPEL:迈向转录调控联合数据库系统
Nucleic Acids Res. 1997 Jan 1;25(1):265-8. doi: 10.1093/nar/25.1.265.
9
TRANSFAC: a database on transcription factors and their DNA binding sites.TRANSFAC:一个关于转录因子及其DNA结合位点的数据库。
Nucleic Acids Res. 1996 Jan 1;24(1):238-41. doi: 10.1093/nar/24.1.238.
10
COMPEL: a database on composite regulatory elements providing combinatorial transcriptional regulation.COMPEL:一个关于复合调控元件的数据库,提供组合式转录调控信息。
Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):311-5. doi: 10.1093/nar/28.1.311.

引用本文的文献

1
Methamphetamine signals transcription of IL1β and TNFα in a reactive oxygen species-dependent manner and interacts with HIV-1 Tat to decrease antioxidant defense mechanisms.甲基苯丙胺以依赖活性氧的方式发出白细胞介素-1β和肿瘤坏死因子-α转录的信号,并与HIV-1反式激活因子相互作用,以降低抗氧化防御机制。
Front Cell Neurosci. 2022 Aug 18;16:911060. doi: 10.3389/fncel.2022.911060. eCollection 2022.
2
Single-base editing of rs12603332 on chromosome 17q21 with a cytosine base editor regulates ORMDL3 and ATF6α expression.利用胞嘧啶碱基编辑器对 17q21 上的 rs12603332 进行单碱基编辑可调节 ORMDL3 和 ATF6α 的表达。
Allergy. 2022 Apr;77(4):1139-1149. doi: 10.1111/all.15092. Epub 2021 Sep 24.
3
Sequence-based GWAS and post-GWAS analyses reveal a key role of SLC37A1, ANKH, and regulatory regions on bovine milk mineral content.
基于序列的 GWAS 和 GWAS 后分析揭示了 SLC37A1、ANKH 和调控区域在牛乳矿物质含量中的关键作用。
Sci Rep. 2021 Apr 6;11(1):7537. doi: 10.1038/s41598-021-87078-1.
4
Whole-genome sequencing reveals insights into the adaptation of French Charolais cattle to Cuban tropical conditions.全基因组测序揭示了法国夏洛莱牛适应古巴热带条件的见解。
Genet Sel Evol. 2021 Jan 4;53(1):3. doi: 10.1186/s12711-020-00597-9.
5
Transcriptional dysregulation in developing trigeminal sensory neurons in the LgDel mouse model of DiGeorge 22q11.2 deletion syndrome.LgDel 小鼠模型中 DiGeorge 22q11.2 缺失综合征中三叉神经感觉神经元发育过程中的转录失调。
Hum Mol Genet. 2020 Apr 15;29(6):1002-1017. doi: 10.1093/hmg/ddaa024.
6
Identification of Differentially Expressed Genes under the Regulation of Transcription Factors in Osteosarcoma.转录因子调控骨肉瘤差异表达基因的鉴定。
Pathol Oncol Res. 2019 Jul;25(3):1091-1102. doi: 10.1007/s12253-018-0519-0. Epub 2018 Nov 8.
7
Motif scraper: a cross-platform, open-source tool for identifying degenerate nucleotide motif matches in FASTA files.基序提取器:一个跨平台的、开源的工具,用于在 FASTA 文件中识别简并核苷酸基序匹配。
Bioinformatics. 2018 Nov 15;34(22):3926-3928. doi: 10.1093/bioinformatics/bty437.
8
Mediator complex component MED13 regulates zygotic genome activation and is required for postimplantation development in the mouse.中介复合物成分 MED13 调节合子基因组激活,是小鼠植入后发育所必需的。
Biol Reprod. 2018 Apr 1;98(4):449-464. doi: 10.1093/biolre/ioy004.
9
EMQIT: a machine learning approach for energy based PWM matrix quality improvement.EMQIT:一种基于能量的脉宽调制矩阵质量改进的机器学习方法。
Biol Direct. 2017 Aug 1;12(1):17. doi: 10.1186/s13062-017-0189-y.
10
A Type 2 Diabetes-Associated Functional Regulatory Variant in a Pancreatic Islet Enhancer at the Locus.该位点胰岛增强子中一个与2型糖尿病相关的功能性调控变异体。
Diabetes. 2017 Sep;66(9):2521-2530. doi: 10.2337/db17-0464. Epub 2017 Jul 6.