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HuGeMap数据库:人类基因组图谱的互联与可视化

The HuGeMap Database: interconnection and visualization of human genome maps.

作者信息

Barillot E, Pook S, Guyon F, Cussat-Blanc C, Viara E, Vaysseix G

机构信息

GIS Infobiogen, 7 rue Guy Môquet BP 8, 94801 Villejuif cedex, France.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1999 Jan 1;27(1):119-22. doi: 10.1093/nar/27.1.119.

Abstract

The HuGeMap database stores the major genetic and physical maps of the human genome. HuGeMap is accessible on the Web at http://www. infobiogen.fr/services/Hugemap and through a CORBA server. A standard genome map data format for the interconnection of genome map databases was defined in collaboration with the EBI. The HuGeMap CORBA server provides this interconnection using the interface definition language IDL. Two graphical user interfaces were developed for the visualization of the HuGeMap data: ZoomMap (http://www.infobiogen.fr/services/zomit/Zoom Map.html) for navigation by zooming and data transformation via magic lenses, and MappetShow (http://www.infobiogen.fr/services/Mappet) for visualizing and comparing maps.

摘要

HuGeMap数据库存储了人类基因组的主要遗传图谱和物理图谱。可通过网页http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap以及CORBA服务器访问HuGeMap。与欧洲生物信息研究所(EBI)合作定义了一种用于基因组图谱数据库互连的标准基因组图谱数据格式。HuGeMap CORBA服务器使用接口定义语言IDL提供这种互连。开发了两个图形用户界面用于可视化HuGeMap数据:ZoomMap(http://www.infobiogen.fr/services/zomit/Zoom Map.html)用于通过缩放进行导航以及通过魔镜进行数据转换,还有MappetShow(http://www.infobiogen.fr/services/Mappet)用于可视化和比较图谱。

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