• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

VariScan:从大规模DNA序列多态性数据中分析进化模式

VariScan: Analysis of evolutionary patterns from large-scale DNA sequence polymorphism data.

作者信息

Vilella Albert J, Blanco-Garcia Angel, Hutter Stephan, Rozas Julio

机构信息

Departament de Genètica, Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona, Diagonal 645, 08028 Barcelona, Spain.

出版信息

Bioinformatics. 2005 Jun 1;21(11):2791-3. doi: 10.1093/bioinformatics/bti403. Epub 2005 Apr 6.

DOI:10.1093/bioinformatics/bti403
PMID:15814564
Abstract

VeriScan is a software package for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the whole genome scale. Among other features, the software (1) can conduct many population genetic analyses; (2) incorporates a multiresolution wavelet transform-based method that allows capturing relevant information from DNA polymorphism data; (3) facilitates the visualization of the results in the most commonly used genome browsers.

摘要

VeriScan是一个用于在全基因组规模上分析DNA序列多态性的软件包。该软件具有多种功能,包括:(1)可进行多种群体遗传学分析;(2)采用基于多分辨率小波变换的方法,能够从DNA多态性数据中获取相关信息;(3)便于在最常用的基因组浏览器中可视化结果。

相似文献

1
VariScan: Analysis of evolutionary patterns from large-scale DNA sequence polymorphism data.VariScan:从大规模DNA序列多态性数据中分析进化模式
Bioinformatics. 2005 Jun 1;21(11):2791-3. doi: 10.1093/bioinformatics/bti403. Epub 2005 Apr 6.
2
SEAN: SNP prediction and display program utilizing EST sequence clusters.肖恩:利用表达序列标签(EST)序列簇的单核苷酸多态性(SNP)预测与显示程序。
Bioinformatics. 2006 Feb 15;22(4):495-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btk006. Epub 2005 Dec 15.
3
DNAVis: interactive visualization of comparative genome annotations.DNAVis:比较基因组注释的交互式可视化
Bioinformatics. 2006 Feb 1;22(3):354-5. doi: 10.1093/bioinformatics/bti807. Epub 2005 Dec 6.
4
ProfDist: a tool for the construction of large phylogenetic trees based on profile distances.ProfDist:一种基于轮廓距离构建大型系统发育树的工具。
Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):2108-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bti289. Epub 2005 Jan 27.
5
COMPAM :visualization of combining pairwise alignments for multiple genomes.COMPAM:多个基因组两两比对结果合并的可视化工具。
Bioinformatics. 2006 Jan 15;22(2):242-4. doi: 10.1093/bioinformatics/bti759. Epub 2005 Nov 3.
6
Serial SimCoal: a population genetics model for data from multiple populations and points in time.连续SimCoal:一种用于多个群体和多个时间点数据的群体遗传学模型。
Bioinformatics. 2005 Apr 15;21(8):1733-4. doi: 10.1093/bioinformatics/bti154. Epub 2004 Nov 25.
7
SNP discovery using advanced algorithms and neural networks.使用先进算法和神经网络进行单核苷酸多态性(SNP)发现。
Bioinformatics. 2005 May 15;21(10):2528-30. doi: 10.1093/bioinformatics/bti354. Epub 2005 Mar 3.
8
The SGN comparative map viewer.螺旋神经节细胞比较图谱浏览器。
Bioinformatics. 2008 Feb 1;24(3):422-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btm597. Epub 2008 Jan 17.
9
SNPNB: analyzing neighboring-nucleotide biases on single nucleotide polymorphisms (SNPs).SNPNB:分析单核苷酸多态性(SNP)上的相邻核苷酸偏差。
Bioinformatics. 2005 May 15;21(10):2517-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bti377. Epub 2005 Mar 15.
10
SNP-PHAGE--High throughput SNP discovery pipeline.SNP-噬菌体——高通量单核苷酸多态性发现流程
BMC Bioinformatics. 2006 Oct 23;7:468. doi: 10.1186/1471-2105-7-468.

引用本文的文献

1
Identification of Advantaged Genes for Low-Nitrogen-Tolerance-Related Traits in Rice Using a Genome-Wide Association Study.利用全基因组关联研究鉴定水稻耐低氮相关性状的优势基因
Int J Mol Sci. 2025 Jun 16;26(12):5749. doi: 10.3390/ijms26125749.
2
The selection and application of tiller number QTLs in modern wheat breeding.现代小麦育种中分蘖数数量性状基因座的选择与应用。
Theor Appl Genet. 2025 May 24;138(6):124. doi: 10.1007/s00122-025-04908-w.
3
Genome assembly of pomegranate highlights structural variations driving population differentiation and key loci underpinning cold adaption.
石榴的基因组组装揭示了驱动群体分化的结构变异以及支撑冷适应的关键基因座。
Hortic Res. 2025 Jan 21;12(5):uhaf022. doi: 10.1093/hr/uhaf022. eCollection 2025 May.
4
From sub-Saharan Africa to China: Evolutionary history and adaptation of revealed by population genomics.从撒哈拉以南非洲到中国:人口基因组学揭示的进化历史和适应。
Sci Adv. 2024 Apr 19;10(16):eadh3425. doi: 10.1126/sciadv.adh3425. Epub 2024 Apr 17.
5
Tracking alternative versions of the galactose gene network in the genus and their expansion after domestication.追踪该属中半乳糖基因网络的不同版本及其驯化后的扩展情况。
iScience. 2024 Jan 23;27(2):108987. doi: 10.1016/j.isci.2024.108987. eCollection 2024 Feb 16.
6
Transcriptional regulation and overexpression of GST cluster enhances pesticide resistance in the cotton bollworm, Helicoverpa armigera (Lepidoptera: Noctuidae).转录调控和 GST 簇的过表达增强了棉铃虫(鳞翅目:夜蛾科)对杀虫剂的抗性。
Commun Biol. 2023 Oct 19;6(1):1064. doi: 10.1038/s42003-023-05447-0.
7
Chromosome-Level Genome Assembly and Population Genomic Analyses Reveal Geographic Variation and Population Genetic Structure of .染色体水平基因组组装和群体基因组分析揭示了 的地理变异和群体遗传结构。
Int J Mol Sci. 2023 Jul 21;24(14):11735. doi: 10.3390/ijms241411735.
8
Fast integration and accumulation of beneficial breeding alleles through an AB-NAMIC strategy in wheat.通过 AB-NAMIC 策略在小麦中快速整合和积累有益的育种等位基因。
Plant Commun. 2023 May 8;4(3):100549. doi: 10.1016/j.xplc.2023.100549. Epub 2023 Jan 14.
9
Contrasting Genomic Evolution Between Domesticated and Wild Kluyveromyces lactis Yeast Populations.家养和野生乳酸克鲁维酵母种群之间的基因组进化对比。
Genome Biol Evol. 2023 Feb 3;15(2). doi: 10.1093/gbe/evad004.
10
Obligate sexual reproduction of a homothallic fungus closely related to the pathogenic species complex.与致病种复合体密切相关的同宗配合真菌的强制性有性生殖。
Elife. 2022 Jun 17;11:e79114. doi: 10.7554/eLife.79114.