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生物宇宙:蛋白质和蛋白质组结构、功能及上下文建模框架的增强功能。

BIOVERSE: enhancements to the framework for structural, functional and contextual modeling of proteins and proteomes.

作者信息

McDermott Jason, Guerquin Michal, Frazier Zach, Chang Aaron N, Samudrala Ram

机构信息

Department of Microbiology, University of Washington, Seattle, WA, USA.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W324-5. doi: 10.1093/nar/gki401.

DOI:10.1093/nar/gki401
PMID:15980482
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1160162/
Abstract

We have made a number of enhancements to the previously described Bioverse web server and computational biology framework (http://bioverse.compbio.washington.edu). In this update, we provide an overview of the new features available that include: (i) expansion of the number of organisms represented in the Bioverse and addition of new data sources and novel prediction techniques not available elsewhere, including network-based annotation; (ii) reengineering the database backend and supporting code resulting in significant speed, search and ease-of use improvements; and (iii) creation of a stateful and dynamic web application frontend to improve interface speed and usability. Integrated Java-based applications also allow dynamic visualization of real and predicted protein interaction networks.

摘要

我们对之前描述的Bioverse网络服务器和计算生物学框架(http://bioverse.compbio.washington.edu)进行了多项改进。在本次更新中,我们概述了可用的新功能,包括:(i)扩大Bioverse中所涵盖的生物体数量,并添加其他地方没有的新数据源和新颖的预测技术,包括基于网络的注释;(ii)重新设计数据库后端和支持代码,从而显著提高速度、搜索功能并提升易用性;以及(iii)创建一个有状态的动态网络应用程序前端,以提高界面速度和可用性。基于Java的集成应用程序还允许对真实的和预测的蛋白质相互作用网络进行动态可视化。