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Toward global RNA structure analysis.迈向全球RNA结构分析。
Nat Biotechnol. 2010 Nov;28(11):1178-9. doi: 10.1038/nbt1110-1178.
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Comparative context analysis of codon pairs on an ORFeome scale.ORF组规模上密码子对的比较背景分析。
Genome Biol. 2005;6(3):R28. doi: 10.1186/gb-2005-6-3-r28. Epub 2005 Feb 15.
3
Widespread selection for local RNA secondary structure in coding regions of bacterial genes.细菌基因编码区中局部RNA二级结构的广泛选择。
Genome Res. 2003 Sep;13(9):2042-51. doi: 10.1101/gr.1257503.
4
Overexpression of genes of an extreme thermophile Thermus thermophilus, in Escherichia coli cells.嗜热栖热菌（Thermus thermophilus）基因在大肠杆菌细胞中的过表达。
J Bacteriol. 1994 May;176(9):2767-70. doi: 10.1128/jb.176.9.2767-2770.1994.
5
The impact of RNA structure on coding sequence evolution in both bacteria and eukaryotes.RNA 结构对细菌和真核生物中编码序列进化的影响。
BMC Evol Biol. 2014 Apr 23;14:87. doi: 10.1186/1471-2148-14-87.
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Relationship between mRNA stability and length: an old question with a new twist.信使核糖核酸稳定性与长度之间的关系：一个有新变化的老问题。
Biochem Genet. 2007 Feb;45(1-2):131-7. doi: 10.1007/s10528-006-9059-5.
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Messenger RNA degradation in eukaryotes.真核生物中的信使核糖核酸降解
Cell. 1993 Aug 13;74(3):413-21. doi: 10.1016/0092-8674(93)80043-e.
8
Analyzing and enhancing mRNA translational efficiency in an Escherichia coli in vitro expression system.在大肠杆菌体外表达系统中分析和提高mRNA翻译效率
Biochem Biophys Res Commun. 2004 May 28;318(2):601-14. doi: 10.1016/j.bbrc.2004.04.064.
9
A cellular puzzle: The weird and wonderful architecture of RNA.
Nature. 2015 Jul 23;523(7561):398-9. doi: 10.1038/523398a.
10
Importance of the conserved nucleotides around the tRNA-like structure of Escherichia coli transfer-messenger RNA for protein tagging.大肠杆菌转移信使核糖核酸类似tRNA结构周围保守核苷酸对蛋白质标记的重要性。
Nucleic Acids Res. 2001 Nov 15;29(22):4663-73. doi: 10.1093/nar/29.22.4663.

引用本文的文献

1
Computational modelling of flavivirus dynamics: The ins and outs.黄病毒动力学的计算建模：来龙去脉。
Methods. 2021 Jan;185:28-38. doi: 10.1016/j.ymeth.2020.06.004. Epub 2020 Jun 8.
2
Structural accommodations accompanying splicing of a group II intron RNP.伴随 II 类内含子 RNP 剪接的结构适应。
Nucleic Acids Res. 2018 Sep 19;46(16):8542-8556. doi: 10.1093/nar/gky416.
3
State of the art technologies to explore long non-coding RNAs in cancer.探索癌症中长链非编码 RNA 的先进技术。
J Cell Mol Med. 2017 Dec;21(12):3120-3140. doi: 10.1111/jcmm.13238. Epub 2017 Jun 19.
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Osmium tetroxide as a probe of RNA structure.四氧化锇作为RNA结构的探针。
RNA. 2017 Apr;23(4):483-492. doi: 10.1261/rna.057539.116. Epub 2017 Jan 23.
5
RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP).通过 SHAPE 和突变分析（SHAPE-MaP）进行 RNA 基序发现。
Nat Methods. 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029. Epub 2014 Jul 13.
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Finding the target sites of RNA-binding proteins.寻找 RNA 结合蛋白的靶位。
Wiley Interdiscip Rev RNA. 2014 Jan-Feb;5(1):111-30. doi: 10.1002/wrna.1201. Epub 2013 Nov 11.
7
RNA secondary structure prediction using high-throughput SHAPE.利用高通量SHAPE进行RNA二级结构预测。
J Vis Exp. 2013 May 31(75):e50243. doi: 10.3791/50243.
8
Predicting sRNAs and their targets in bacteria.预测细菌中的 sRNAs 及其靶标。
Genomics Proteomics Bioinformatics. 2012 Oct;10(5):276-84. doi: 10.1016/j.gpb.2012.09.004. Epub 2012 Oct 23.
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Sequence-structure relationships in yeast mRNAs.酵母 mRNAs 中的序列-结构关系。
Nucleic Acids Res. 2012 Feb;40(3):956-62. doi: 10.1093/nar/gkr790. Epub 2011 Sep 27.
10
Multiplexed RNA structure characterization with selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension sequencing (SHAPE-Seq).利用选择性 2'-羟基酰化分析的引物延伸测序进行多重 RNA 结构特征分析 (SHAPE-Seq)。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Jul 5;108(27):11063-8. doi: 10.1073/pnas.1106501108. Epub 2011 Jun 3.

本文引用的文献

1
Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast.酵母中 RNA 二级结构的全基因组测量。
Nature. 2010 Sep 2;467(7311):103-7. doi: 10.1038/nature09322.
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Architecture and secondary structure of an entire HIV-1 RNA genome.完整HIV-1 RNA基因组的结构与二级结构
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3
Accurate SHAPE-directed RNA structure determination.基于SHAPE的精确RNA结构测定。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jan 6;106(1):97-102. doi: 10.1073/pnas.0806929106. Epub 2008 Dec 24.
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Regulation of translation via mRNA structure in prokaryotes and eukaryotes.原核生物和真核生物中通过mRNA结构对翻译的调控。
Gene. 2005 Nov 21;361:13-37. doi: 10.1016/j.gene.2005.06.037. Epub 2005 Oct 5.
5
Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure.热力学参数对序列依赖性的扩展改进了RNA二级结构的预测。
J Mol Biol. 1999 May 21;288(5):911-40. doi: 10.1006/jmbi.1999.2700.
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RNA. 1995 Jun;1(4):363-74.
8
Interaction of antibiotics with functional sites in 16S ribosomal RNA.抗生素与16S核糖体RNA功能位点的相互作用。
Nature. 1987;327(6121):389-94. doi: 10.1038/327389a0.
9
Rapid chemical probing of conformation in 16 S ribosomal RNA and 30 S ribosomal subunits using primer extension.利用引物延伸对16S核糖体RNA和30S核糖体亚基中的构象进行快速化学探测。
J Mol Biol. 1986 Feb 5;187(3):399-416. doi: 10.1016/0022-2836(86)90441-9.

Toward global RNA structure analysis.

作者信息

Mauger David M, Weeks Kevin M

出版信息

Nat Biotechnol. 2010 Nov;28(11):1178-9. doi: 10.1038/nbt1110-1178.

DOI:10.1038/nbt1110-1178
PMID:21057487
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4939837/
Abstract
摘要