• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

基于网络的拟南芥功能与结构基因组学资源。

Web-based Arabidopsis functional and structural genomics resources.

作者信息

Lu Yan, Last Robert L

出版信息

Arabidopsis Book. 2008;6:e0118. doi: 10.1199/tab.0118. Epub 2008 Oct 28.

DOI:10.1199/tab.0118
PMID:22303243
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3243351/
Abstract

As plant research moves to a "post-genomic" era, many diverse internet resources become available to the international research community. Arabidopsis thaliana, because of its small size, rapid life cycle and simple genome, has been a model system for decades, with much research funding and many projects devoted to creation of functional and structural genomics resources. Different types of data, including genome, transcriptome, proteome, phenome, metabolome and ionome are stored in these resources. In this chapter, a variety of genomics resources are introduced, with simple descriptions of how some can be accessed by laboratory researchers via the internet.

摘要

随着植物研究进入“后基因组”时代,国际研究界可以利用许多不同的互联网资源。几十年来,拟南芥因其植株小、生命周期短和基因组简单,一直是一个模式系统,有大量研究资金和许多项目致力于创建功能和结构基因组学资源。这些资源中存储了包括基因组、转录组、蛋白质组、表型组、代谢组和离子组等不同类型的数据。在本章中,将介绍各种基因组学资源,并简要描述实验室研究人员如何通过互联网访问其中一些资源。

相似文献

1
Web-based Arabidopsis functional and structural genomics resources.基于网络的拟南芥功能与结构基因组学资源。
Arabidopsis Book. 2008;6:e0118. doi: 10.1199/tab.0118. Epub 2008 Oct 28.
2
RARGE: a large-scale database of RIKEN Arabidopsis resources ranging from transcriptome to phenome.RARGE:一个涵盖从转录组到表型组的理化学研究所拟南芥资源的大规模数据库。
Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D647-50. doi: 10.1093/nar/gki014.
3
Maintaining collections of mutants for plant functional genomics.为植物功能基因组学保存突变体库。
Methods Mol Biol. 2003;236:311-26. doi: 10.1385/1-59259-413-1:311.
4
ThaleMine: A Warehouse for Arabidopsis Data Integration and Discovery.ThaleMine:一个用于拟南芥数据整合与发现的仓库。
Plant Cell Physiol. 2017 Jan 1;58(1):e4. doi: 10.1093/pcp/pcw200.
5
Arabidopsis database and stock resources.拟南芥数据库与种质资源。
Methods Mol Biol. 2014;1062:65-96. doi: 10.1007/978-1-62703-580-4_4.
6
Information Resources for Functional Genomics Studies in Brachypodium distachyon.短柄草功能基因组学研究的信息资源
Methods Mol Biol. 2018;1667:87-99. doi: 10.1007/978-1-4939-7278-4_8.
7
Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and novel functional regions in plant proteomes.植物PrAS:植物蛋白质组中物理化学和结构特性以及新功能区域的数据库。
Plant Cell Physiol. 2015 Jan;56(1):e11. doi: 10.1093/pcp/pcu176. Epub 2014 Nov 29.
8
Phenome analysis in plant species using loss-of-function and gain-of-function mutants.利用功能丧失和功能获得突变体对植物物种进行表型组分析。
Plant Cell Physiol. 2009 Jul;50(7):1215-31. doi: 10.1093/pcp/pcp078. Epub 2009 Jun 5.
9
Enhancement of Plant Productivity in the Post-Genomics Era.后基因组时代植物生产力的提高
Curr Genomics. 2016 Aug;17(4):295-6. doi: 10.2174/138920291704160607182507.
10
Database: web application for visualization of the cumulated RNAseq data against the salicylic acid (SA) and methyl jasmonate (MeJA) treatment of Arabidopsis thaliana.数据库:用于可视化拟南芥水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MeJA)处理的累积 RNAseq 数据的 Web 应用程序。
BMC Plant Biol. 2020 Oct 2;20(1):453. doi: 10.1186/s12870-020-02659-y.

引用本文的文献

1
A small zinc finger thylakoid protein plays a role in maintenance of photosystem II in Arabidopsis thaliana.一个小的锌指类囊体蛋白在拟南芥中维持光系统 II 中发挥作用。
Plant Cell. 2011 May;23(5):1861-75. doi: 10.1105/tpc.111.085456. Epub 2011 May 17.
2
Twenty-first century plant biology: impacts of the Arabidopsis genome on plant biology and agriculture.21世纪的植物生物学:拟南芥基因组对植物生物学和农业的影响。
Plant Physiol. 2010 Oct;154(2):497-500. doi: 10.1104/pp.110.159541.
3
Uptake and distribution of ultrasmall anatase TiO2 Alizarin red S nanoconjugates in Arabidopsis thaliana.超小锐钛矿 TiO2 茜素红 S 纳米复合物在拟南芥中的摄取和分布。
Nano Lett. 2010 Jul 14;10(7):2296-302. doi: 10.1021/nl903518f.
4
Gene expression analysis, proteomics, and network discovery.基因表达分析、蛋白质组学与网络发现。
Plant Physiol. 2010 Feb;152(2):402-10. doi: 10.1104/pp.109.150433. Epub 2009 Dec 11.
5
Large-scale reverse genetics in Arabidopsis: case studies from the Chloroplast 2010 Project.拟南芥大规模反向遗传学:叶绿体 2010 项目的案例研究。
Plant Physiol. 2010 Feb;152(2):529-40. doi: 10.1104/pp.109.148494. Epub 2009 Nov 11.

本文引用的文献

1
Genome-scale proteomics reveals Arabidopsis thaliana gene models and proteome dynamics.全基因组蛋白质组学揭示拟南芥基因模型和蛋白质组动态变化。
Science. 2008 May 16;320(5878):938-41. doi: 10.1126/science.1157956. Epub 2008 Apr 24.
2
Detecting polymorphic regions in Arabidopsis thaliana with resequencing microarrays.利用重测序微阵列检测拟南芥中的多态性区域。
Genome Res. 2008 Jun;18(6):918-29. doi: 10.1101/gr.070169.107. Epub 2008 Mar 6.
3
New connections across pathways and cellular processes: industrialized mutant screening reveals novel associations between diverse phenotypes in Arabidopsis.跨通路和细胞过程的新连接:工业化突变体筛选揭示了拟南芥不同表型之间的新关联。
Plant Physiol. 2008 Apr;146(4):1482-500. doi: 10.1104/pp.107.115220. Epub 2008 Feb 8.
4
Metabolite identification via the Madison Metabolomics Consortium Database.通过麦迪逊代谢组学联盟数据库进行代谢物鉴定。
Nat Biotechnol. 2008 Feb;26(2):162-4. doi: 10.1038/nbt0208-162.
5
The Arabidopsis Information Resource (TAIR): gene structure and function annotation.拟南芥信息资源库(TAIR):基因结构与功能注释
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D1009-14. doi: 10.1093/nar/gkm965. Epub 2007 Nov 5.
6
AtPID: Arabidopsis thaliana protein interactome database--an integrative platform for plant systems biology.AtPID:拟南芥蛋白质相互作用组数据库——植物系统生物学的综合平台。
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D999-1008. doi: 10.1093/nar/gkm844. Epub 2007 Oct 25.
7
MSQT for choosing SNP assays from multiple DNA alignments.用于从多个DNA比对中选择单核苷酸多态性(SNP)检测方法的多序列快速查询工具(MSQT)
Bioinformatics. 2007 Oct 15;23(20):2784-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btm428. Epub 2007 Sep 4.
8
An "Electronic Fluorescent Pictograph" browser for exploring and analyzing large-scale biological data sets.用于探索和分析大规模生物数据集的“电子荧光图像”浏览器。
PLoS One. 2007 Aug 8;2(8):e718. doi: 10.1371/journal.pone.0000718.
9
A predicted interactome for Arabidopsis.拟南芥的预测相互作用组。
Plant Physiol. 2007 Oct;145(2):317-29. doi: 10.1104/pp.107.103465. Epub 2007 Aug 3.
10
Common sequence polymorphisms shaping genetic diversity in Arabidopsis thaliana.塑造拟南芥遗传多样性的常见序列多态性。
Science. 2007 Jul 20;317(5836):338-42. doi: 10.1126/science.1138632.