• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

Benefits of using molecular structure and abundance in phylogenomic analysis.

作者信息

Caetano-Anollés Gustavo, Nasir Arshan

机构信息

Evolutionary Bioinformatics Laboratory, Department of Crop Sciences, University of Illinois Urbana-Champaign, IL, USA.

出版信息

Front Genet. 2012 Sep 6;3:172. doi: 10.3389/fgene.2012.00172. eCollection 2012.

DOI:10.3389/fgene.2012.00172
PMID:22973296
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3434437/
Abstract
摘要

相似文献

1
Benefits of using molecular structure and abundance in phylogenomic analysis.在系统发育基因组学分析中使用分子结构和丰度的益处。
Front Genet. 2012 Sep 6;3:172. doi: 10.3389/fgene.2012.00172. eCollection 2012.
2
Berkeley Phylogenomics Group web servers: resources for structural phylogenomic analysis.伯克利系统发育基因组学小组网络服务器：结构系统发育基因组分析资源。
Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W27-32. doi: 10.1093/nar/gkm325. Epub 2007 May 8.
3
Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges.蛋白质分子功能的系统发育基因组学推断：进展与挑战
Bioinformatics. 2004 Jan 22;20(2):170-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bth021.
4
Assessment of phylogenomic and orthology approaches for phylogenetic inference.用于系统发育推断的系统发育基因组学和直系同源方法评估。
Bioinformatics. 2007 Apr 1;23(7):815-24. doi: 10.1093/bioinformatics/btm015. Epub 2007 Jan 19.
5
Time and memory efficient likelihood-based tree searches on phylogenomic alignments with missing data.基于似然的时间和内存高效树搜索在具有缺失数据的系统发育基因组比对中的应用。
Bioinformatics. 2010 Jun 15;26(12):i132-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btq205.
6
Resolving evolutionary relationships in lichen-forming fungi using diverse phylogenomic datasets and analytical approaches.利用多样的系统发育基因组数据集和分析方法解析地衣形成真菌的进化关系。
Sci Rep. 2016 Feb 26;6:22262. doi: 10.1038/srep22262.
7
Agalma: an automated phylogenomics workflow.Agalma：一个自动化的系统发育基因组学工作流程。
BMC Bioinformatics. 2013 Nov 19;14:330. doi: 10.1186/1471-2105-14-330.
8
Phylogenomic Placement of American Southwest-Associated Clinical and Veterinary Isolates Expands Evidence for Distinct VGVI.与美国西南部相关的临床和兽医分离株的系统基因组定位扩展了不同的VGVI存在的证据。
Microorganisms. 2022 Aug 20;10(8):1681. doi: 10.3390/microorganisms10081681.
9
Population and phylogenomic decomposition via genotyping-by-sequencing in Australian Pelargonium.通过澳大利亚天竺葵的简化基因组测序进行群体和系统基因组分解
Mol Ecol. 2016 May;25(9):2000-14. doi: 10.1111/mec.13584. Epub 2016 May 11.
10
Parsimony analysis of phylogenomic datasets (I): scripts and guidelines for using TNT (Tree Analysis using New Technology).系统发育基因组数据集简约分析（一）：使用 TNT（利用新技术进行树分析）的脚本和指南。
Cladistics. 2022 Feb;38(1):103-125. doi: 10.1111/cla.12477. Epub 2021 Jul 14.

引用本文的文献

1
Integrating Sequence- and Structure-Based Similarity Metrics for the Demarcation of Multiple Viral Taxonomic Levels.整合基于序列和结构的相似性度量以划分多个病毒分类水平
Viruses. 2025 Apr 29;17(5):642. doi: 10.3390/v17050642.
2
Are Viruses Taxonomic Units? A Protein Domain and Loop-Centric Phylogenomic Assessment.病毒是否为分类单元？基于蛋白结构域和环结构的系统发育基因组评估
Viruses. 2024 Jun 30;16(7):1061. doi: 10.3390/v16071061.
3
On Protein Loops, Prior Molecular States and Common Ancestors of Life.关于蛋白质环、先前的分子状态和生命的共同祖先。

本文引用的文献

1
PATTERNS IN PHYLOGENETIC TREE BALANCE WITH VARIABLE AND EVOLVING SPECIATION RATES.具有可变且不断演变的物种形成速率的系统发育树平衡模式。
Evolution. 1996 Dec;50(6):2141-2148. doi: 10.1111/j.1558-5646.1996.tb03604.x.
2
Annotation of Protein Domains Reveals Remarkable Conservation in the Functional Make up of Proteomes Across Superkingdoms.注释蛋白质结构域揭示了超界中蛋白质组在功能组成上的显著保守性。
Genes (Basel). 2011 Nov 8;2(4):869-911. doi: 10.3390/genes2040869.
3
Giant viruses coexisted with the cellular ancestors and represent a distinct supergroup along with superkingdoms Archaea, Bacteria and Eukarya.
J Mol Evol. 2024 Oct;92(5):624-646. doi: 10.1007/s00239-024-10167-y. Epub 2024 Apr 23.
4
Evolution of Intrinsic Disorder in Protein Loops.蛋白质环中内在无序性的演变
Life (Basel). 2023 Oct 14;13(10):2055. doi: 10.3390/life13102055.
5
A critical analysis of the current state of virus taxonomy.对病毒分类学现状的批判性分析。
Front Microbiol. 2023 Aug 3;14:1240993. doi: 10.3389/fmicb.2023.1240993. eCollection 2023.
6
Protein folds as synapomorphies of the tree of life.蛋白质折叠是生命之树的同源特征。
Evolution. 2022 Aug;76(8):1706-1719. doi: 10.1111/evo.14550. Epub 2022 Jul 13.
7
Investigating the Concept and Origin of Viruses.探究病毒的概念和起源。
Trends Microbiol. 2020 Dec;28(12):959-967. doi: 10.1016/j.tim.2020.08.003.
8
The origin and evolution of viruses inferred from fold family structure.从折叠家族结构推断病毒的起源和进化。
Arch Virol. 2020 Oct;165(10):2177-2191. doi: 10.1007/s00705-020-04724-1. Epub 2020 Aug 3.
9
Bacterial Origin and Reductive Evolution of the CPR Group.CPR 类群的细菌起源和简约演化。
Genome Biol Evol. 2020 Mar 1;12(3):103-121. doi: 10.1093/gbe/evaa024.
10
MANET 3.0: Hierarchy and modularity in evolving metabolic networks.MANET 3.0：代谢网络中不断进化的层次结构和模块化。
PLoS One. 2019 Oct 24;14(10):e0224201. doi: 10.1371/journal.pone.0224201. eCollection 2019.
巨型病毒与细胞的祖先共存，与古菌、细菌和真核生物一起构成了一个独特的超界。
BMC Evol Biol. 2012 Aug 24;12:156. doi: 10.1186/1471-2148-12-156.
4
Biphasic patterns of diversification and the emergence of modules.多样化的双相模式与模块的出现。
Front Genet. 2012 Aug 7;3:147. doi: 10.3389/fgene.2012.00147. eCollection 2012.
5
Genome sizes and the Benford distribution.基因组大小与贝农分布。
PLoS One. 2012;7(5):e36624. doi: 10.1371/journal.pone.0036624. Epub 2012 May 18.
6
Ribosomal history reveals origins of modern protein synthesis.核糖体的历史揭示了现代蛋白质合成的起源。
PLoS One. 2012;7(3):e32776. doi: 10.1371/journal.pone.0032776. Epub 2012 Mar 12.
7
The evolutionary history of protein fold families and proteomes confirms that the archaeal ancestor is more ancient than the ancestors of other superkingdoms.蛋白质折叠家族和蛋白质组的进化历史证实，古菌的祖先比其他超界的祖先更为古老。
BMC Evol Biol. 2012 Jan 27;12:13. doi: 10.1186/1471-2148-12-13.
8
The phylogenomic roots of modern biochemistry: origins of proteins, cofactors and protein biosynthesis.现代生物化学的系统发生根源：蛋白质、辅因子和蛋白质生物合成的起源。
J Mol Evol. 2012 Feb;74(1-2):1-34. doi: 10.1007/s00239-011-9480-1. Epub 2012 Jan 1.
9
The dynamics and evolutionary potential of domain loss and emergence.结构域缺失和产生的动态与进化潜力。
Mol Biol Evol. 2012 Feb;29(2):787-96. doi: 10.1093/molbev/msr250. Epub 2011 Oct 19.
10
Scaling properties of protein family phylogenies.蛋白质家族系统发生的标度性质。
BMC Evol Biol. 2011 Jun 6;11:155. doi: 10.1186/1471-2148-11-155.