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来自巴基斯坦的HCV-1a的首个完整基因组序列以及与世界其他地区完整基因组的系统发育分析。

The first complete genome sequence of HCV-1a from Pakistan and a phylogenetic analysis with complete genomes from the rest of the world.

作者信息

Hussain Abrar, Idrees Muhammad

机构信息

Division of Molecular Virology & Molecular Diagnostics, National Centre of Excellence in Molecular Biology, University of the Punjab, 87-West Canal Bank Road, Thokar Niaz Baig, Lahore 53700, Pakistan.

出版信息

Virol J. 2013 Jun 27;10:211. doi: 10.1186/1743-422X-10-211.

DOI:10.1186/1743-422X-10-211
PMID:23805872
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3816317/
Abstract

BACKGROUND

Here, we report the first patient derived hepatitis C virus (HCV) complete genome from Pakistan as is not available from this region of the world.

FINDINGS

Comprehensive evolutionary and phylogenetic analyses were conducted. The comparison was made in order to identify evolutionary and molecular phylogenetic relationships among HCV strains belonging to genotype 1a. The evolutionary divergence analysis for nucleotide and amino acid sequences, conducted by equal input model, suggested that evolutionary nucleotide and amino acid distances showed that the HCV Pakistani strain was genetically far from Denmark strain (0.29400 nt, 0.819646 aa) and near to German strain (0.06557 nt, 0.139449 aa), respectively.

CONCLUSION

The current study will help to understand phylogenetic relationship of circulating Pakistani isolates.

摘要

背景

在此，我们报告了来自巴基斯坦的首例患者源性丙型肝炎病毒（HCV）完整基因组，因为世界上该地区尚无此类报告。

研究结果

进行了全面的进化和系统发育分析。进行比较以确定属于1a基因型的HCV毒株之间的进化和分子系统发育关系。通过等输入模型对核苷酸和氨基酸序列进行的进化分歧分析表明，进化核苷酸和氨基酸距离显示，巴基斯坦HCV毒株在基因上与丹麦毒株相距甚远（核苷酸0.29400，氨基酸0.819646），而与德国毒株相近（核苷酸0.06557，氨基酸0.139449）。

结论

本研究将有助于了解巴基斯坦流行分离株的系统发育关系。

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