• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

生物服务:一个用于通过编程访问生物 Web 服务的通用 Python 包。

BioServices: a common Python package to access biological Web Services programmatically.

机构信息

European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, CB10 1SD, UK, Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Southern Denmark, Odense 5230, Denmark, Translational Research Laboratory, Breast Cancer Unit, Catalan Institute of Oncology (ICO), Bellvitge Institute for Biomedical Research (IDIBELL), Gran via 199, L'Hospitalet del Llobregat, Barcelona 08908, Catalonia, Spain and Biomedical Research Institute of Girona, Girona 17007, Catalonia, Spain.

出版信息

Bioinformatics. 2013 Dec 15;29(24):3241-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btt547. Epub 2013 Sep 23.

DOI:10.1093/bioinformatics/btt547
PMID:24064416
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3842755/
Abstract

MOTIVATION

Web interfaces provide access to numerous biological databases. Many can be accessed to in a programmatic way thanks to Web Services. Building applications that combine several of them would benefit from a single framework.

RESULTS

BioServices is a comprehensive Python framework that provides programmatic access to major bioinformatics Web Services (e.g. KEGG, UniProt, BioModels, ChEMBLdb). Wrapping additional Web Services based either on Representational State Transfer or Simple Object Access Protocol/Web Services Description Language technologies is eased by the usage of object-oriented programming.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

BioServices releases and documentation are available at http://pypi.python.org/pypi/bioservices under a GPL-v3 license.

摘要

动机

Web 界面为访问众多生物数据库提供了途径。许多数据库都可以通过 Web 服务以编程的方式访问。如果有一个单一的框架,那么构建可以组合使用它们的应用程序将是有益的。

结果

BioServices 是一个全面的 Python 框架,它为主要的生物信息学 Web 服务(例如 KEGG、UniProt、BioModels、ChEMBLdb)提供了编程访问。通过使用面向对象编程,可以轻松地基于表示状态转移或简单对象访问协议/ Web 服务描述语言技术包装其他 Web 服务。

可用性和实现

BioServices 的版本和文档可在 http://pypi.python.org/pypi/bioservices 下根据 GPL-v3 许可证获得。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5b3f/3842755/1c396b322ff5/btt547f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5b3f/3842755/1c396b322ff5/btt547f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5b3f/3842755/1c396b322ff5/btt547f1p.jpg

相似文献

1
BioServices: a common Python package to access biological Web Services programmatically.生物服务:一个用于通过编程访问生物 Web 服务的通用 Python 包。
Bioinformatics. 2013 Dec 15;29(24):3241-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btt547. Epub 2013 Sep 23.
2
An object-oriented programming system for the integration of internet-based bioinformatics resources.一种用于整合基于互联网的生物信息学资源的面向对象编程系统。
Appl Bioinformatics. 2006;5(1):29-39. doi: 10.2165/00822942-200605010-00004.
3
ClusterControl: a web interface for distributing and monitoring bioinformatics applications on a Linux cluster.集群控制:用于在Linux集群上分发和监控生物信息学应用程序的Web界面。
Bioinformatics. 2004 Mar 22;20(5):805-7. doi: 10.1093/bioinformatics/bth014. Epub 2004 Jan 29.
4
BioModels.net Web Services, a free and integrated toolkit for computational modelling software.BioModels.net 网络服务,一个免费且集成的计算建模软件工具包。
Brief Bioinform. 2010 May;11(3):270-7. doi: 10.1093/bib/bbp056. Epub 2009 Nov 25.
5
Biotool2Web: creating simple Web interfaces for bioinformatics applications.生物工具2网络:为生物信息学应用创建简单的网络界面。
Appl Bioinformatics. 2006;5(1):63-6. doi: 10.2165/00822942-200605010-00009.
6
caCORE: a common infrastructure for cancer informatics.caCORE:癌症信息学的通用基础设施。
Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2404-12. doi: 10.1093/bioinformatics/btg335.
7
BIAS: Bioinformatics Integrated Application Software.BIAS:生物信息学集成应用软件。
Bioinformatics. 2005 Apr 15;21(8):1745-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti170. Epub 2004 Nov 30.
8
The Ensembl REST API: Ensembl Data for Any Language.Ensembl REST应用程序编程接口:适用于任何语言的Ensembl数据。
Bioinformatics. 2015 Jan 1;31(1):143-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btu613. Epub 2014 Sep 17.
9
Intelligent client for integrating bioinformatics services.用于整合生物信息学服务的智能客户端。
Bioinformatics. 2006 Jan 1;22(1):106-11. doi: 10.1093/bioinformatics/bti740. Epub 2005 Oct 27.
10
Interoperability with Moby 1.0--it's better than sharing your toothbrush!与Moby 1.0的互操作性——这可比共用牙刷好多了!
Brief Bioinform. 2008 May;9(3):220-31. doi: 10.1093/bib/bbn003. Epub 2008 Jan 31.

引用本文的文献

1
Multi-omics analysis of thermogenic lipolysis in brown adipocytes.棕色脂肪细胞产热脂肪分解的多组学分析
iScience. 2025 Aug 16;28(9):113382. doi: 10.1016/j.isci.2025.113382. eCollection 2025 Sep 19.
2
The Computer-Assisted Sequence Annotation (CASA) workflow for enzyme discovery.用于酶发现的计算机辅助序列注释(CASA)工作流程。
Appl Plant Sci. 2025 Jun 3;13(4):e70009. doi: 10.1002/aps3.70009. eCollection 2025 Jul-Aug.
3
Hamsters with long COVID present distinct transcriptomic profiles associated with neurodegenerative processes in brainstem.

本文引用的文献

1
MAPI: a software framework for distributed biomedical applications.MAPI:用于分布式生物医学应用的软件框架。
J Biomed Semantics. 2013 Jan 11;4(1):4. doi: 10.1186/2041-1480-4-4.
2
BioCatalogue: a universal catalogue of web services for the life sciences.生物目录:生命科学领域的通用网络服务目录。
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W689-94. doi: 10.1093/nar/gkq394. Epub 2010 May 19.
3
BioModels.net Web Services, a free and integrated toolkit for computational modelling software.BioModels.net 网络服务,一个免费且集成的计算建模软件工具包。
患有长期新冠的仓鼠呈现出与脑干神经退行性过程相关的独特转录组图谱。
Nat Commun. 2025 Jul 22;16(1):6714. doi: 10.1038/s41467-025-62048-7.
4
The SARS-CoV-2 envelope PDZ binding motif acts as a virulence factor disrupting host's epithelial cell-cell junctions.严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)包膜蛋白的PDZ结合基序作为一种毒力因子,破坏宿主上皮细胞间连接。
Cell Mol Biol Lett. 2025 Jul 11;30(1):80. doi: 10.1186/s11658-025-00758-y.
5
Opposing roles for myeloid and smooth muscle cell STING in pulmonary hypertension.髓系细胞和平滑肌细胞中的STING在肺动脉高压中的相反作用。
JCI Insight. 2025 May 22;10(13). doi: 10.1172/jci.insight.184792. eCollection 2025 Jul 8.
6
Multi-Omics Analysis of Hippocampus in Rats Administered Trimethyltin Chloride.三甲基氯化锡处理大鼠海马的多组学分析
Neurotox Res. 2025 Mar 17;43(2):13. doi: 10.1007/s12640-025-00737-3.
7
Molecular Structure Discovery for Untargeted Metabolomics Using Biotransformation Rules and Global Molecular Networking.利用生物转化规则和全局分子网络进行非靶向代谢组学的分子结构发现
Anal Chem. 2025 Feb 18;97(6):3213-3219. doi: 10.1021/acs.analchem.4c01565. Epub 2025 Feb 4.
8
SPOT: A machine learning model that predicts specific substrates for transport proteins.SPOT:一种用于预测转运蛋白特定底物的机器学习模型。
PLoS Biol. 2024 Sep 26;22(9):e3002807. doi: 10.1371/journal.pbio.3002807. eCollection 2024 Sep.
9
Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment.胰腺癌的空间分辨分析确定了治疗相关的肿瘤微环境重塑。
Nat Genet. 2024 Nov;56(11):2466-2478. doi: 10.1038/s41588-024-01890-9. Epub 2024 Sep 3.
10
BioConvert: a comprehensive format converter for life sciences.BioConvert:一款用于生命科学的综合格式转换器。
NAR Genom Bioinform. 2023 Aug 21;5(3):lqad074. doi: 10.1093/nargab/lqad074. eCollection 2023 Sep.
Brief Bioinform. 2010 May;11(3):270-7. doi: 10.1093/bib/bbp056. Epub 2009 Nov 25.
4
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.Biopython:用于计算分子生物学和生物信息学的免费可用Python工具。
Bioinformatics. 2009 Jun 1;25(11):1422-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btp163. Epub 2009 Mar 20.
5
A primer on python for life science researchers.生命科学研究人员的Python入门指南。
PLoS Comput Biol. 2007 Nov;3(11):e199. doi: 10.1371/journal.pcbi.0030199.