From DIADEM to BigNeuron.
作者信息
Peng Hanchuan, Meijering Erik, Ascoli Giorgio A
机构信息
Allen Institute for Brain Science, Seattle, WA, USA,
出版信息
Neuroinformatics. 2015 Jul;13(3):259-60. doi: 10.1007/s12021-015-9270-9.
Abstract
摘要
相似文献
1
From DIADEM to BigNeuron.从糖尿病防治数据、证据与模型（DIADEM）到大型神经元计划（BigNeuron）。
Neuroinformatics. 2015 Jul;13(3):259-60. doi: 10.1007/s12021-015-9270-9.
2
Automated 3-D Neuron Tracing With Precise Branch Erasing and Confidence Controlled Back Tracking.自动 3-D 神经元追踪，具有精确的分支擦除和置信度控制的回溯。
IEEE Trans Med Imaging. 2018 Nov;37(11):2441-2452. doi: 10.1109/TMI.2018.2833420. Epub 2018 May 4.
3
BigNeuron: Large-Scale 3D Neuron Reconstruction from Optical Microscopy Images.BigNeuron：从光学显微镜图像进行大规模三维神经元重建
Neuron. 2015 Jul 15;87(2):252-6. doi: 10.1016/j.neuron.2015.06.036.
4
Proof-editing is the bottleneck of 3D neuron reconstruction: the problem and solutions.校对编辑是3D神经元重建的瓶颈：问题与解决方案
Neuroinformatics. 2011 Sep;9(2-3):103-5. doi: 10.1007/s12021-010-9090-x.
5
Segmentation and tracing of single neurons from 3D confocal microscope images.从三维共聚焦显微镜图像中分割和追踪单个神经元。
IEEE J Biomed Health Inform. 2013 Mar;17(2):319-35. doi: 10.1109/TITB.2012.2209670. Epub 2012 Jul 20.
6
Rayburst sampling, an algorithm for automated three-dimensional shape analysis from laser scanning microscopy images.射线爆发采样，一种用于从激光扫描显微镜图像进行自动三维形状分析的算法。
Nat Protoc. 2006;1(4):2152-61. doi: 10.1038/nprot.2006.313.
7
The FARSIGHT trace editor: an open source tool for 3-D inspection and efficient pattern analysis aided editing of automated neuronal reconstructions.FARSIGHT 轨迹编辑器：一种用于三维检查以及辅助自动神经元重建进行高效模式分析编辑的开源工具。
Neuroinformatics. 2011 Sep;9(2-3):305-15. doi: 10.1007/s12021-011-9115-0.
8
Anisotropic path searching for automatic neuron reconstruction.各向异性路径搜索用于自动神经元重建。
Med Image Anal. 2011 Oct;15(5):680-9. doi: 10.1016/j.media.2011.05.013. Epub 2011 May 27.
9
Use of confocal microscopy for three-dimensional imaging of neurons in the spinal cord.共聚焦显微镜在脊髓神经元三维成像中的应用。
Methods Mol Biol. 2010;611:173-82. doi: 10.1007/978-1-60327-345-9_14.
10
Three dimension double inversion recovery gray matter imaging using compressed sensing.基于压缩感知的三维双反转恢复灰质成像技术。
Magn Reson Imaging. 2010 Dec;28(10):1395-402. doi: 10.1016/j.mri.2010.06.029. Epub 2010 Sep 24.
引用本文的文献
1
Collaborative augmented reconstruction of 3D neuron morphology in mouse and human brains.在鼠脑和人脑中共建增强型 3D 神经元形态重建。
Nat Methods. 2024 Oct;21(10):1936-1946. doi: 10.1038/s41592-024-02401-8. Epub 2024 Sep 4.
2
Accelerating the continuous community sharing of digital neuromorphology data.加速数字神经形态学数据的持续社区共享。
FASEB Bioadv. 2024 Jun 17;6(7):207-221. doi: 10.1096/fba.2024-00048. eCollection 2024 Jul.
3
Connecto-informatics at the mesoscale: current advances in image processing and analysis for mapping the brain connectivity.中尺度的连接信息学：用于绘制大脑连接的图像处理与分析的当前进展
Brain Inform. 2024 Jun 4;11(1):15. doi: 10.1186/s40708-024-00228-9.
4
From pixels to connections: exploring in vitro neuron reconstruction software for network graph generation.从像素到连接：探索体外神经元重建软件以生成网络图。
Commun Biol. 2024 May 15;7(1):571. doi: 10.1038/s42003-024-06264-9.
5
Complete Neuron Reconstruction Based on Branch Confidence.基于分支置信度的完整神经元重建
Brain Sci. 2024 Apr 19;14(4):396. doi: 10.3390/brainsci14040396.
6
Preserving Derivative Information while Transforming Neuronal Curves.在转换神经元曲线的同时保留衍生物信息。
Neuroinformatics. 2024 Jan;22(1):63-74. doi: 10.1007/s12021-023-09648-0. Epub 2023 Nov 30.
7
BigNeuron: a resource to benchmark and predict performance of algorithms for automated tracing of neurons in light microscopy datasets.BigNeuron：一个基准资源，用于评估和预测在光显微镜数据集上自动追踪神经元的算法的性能。
Nat Methods. 2023 Jun;20(6):824-835. doi: 10.1038/s41592-023-01848-5. Epub 2023 Apr 17.
8
Cell morphologies in the nervous system: Glia steal the limelight.神经系统中的细胞形态：神经胶质细胞抢尽风头。
J Comp Neurol. 2023 Feb;531(3):338-343. doi: 10.1002/cne.25429. Epub 2022 Oct 31.
9
Hidden Markov modeling for maximum probability neuron reconstruction.隐马尔可夫模型用于最大概率神经元重建。
Commun Biol. 2022 Apr 25;5(1):388. doi: 10.1038/s42003-022-03320-0.
10
Semantic segmentation of microscopic neuroanatomical data by combining topological priors with encoder-decoder deep networks.通过将拓扑先验与编码器-解码器深度网络相结合对微观神经解剖数据进行语义分割。
Nat Mach Intell. 2020 Oct;2(10):585-594. doi: 10.1038/s42256-020-0227-9. Epub 2020 Sep 28.
本文引用的文献
1
The importance of metadata to assess information content in digital reconstructions of neuronal morphology.元数据在评估神经元形态数字重建中的信息内容方面的重要性。
Cell Tissue Res. 2015 Apr;360(1):121-7. doi: 10.1007/s00441-014-2103-6. Epub 2015 Feb 5.
2
Virtual finger boosts three-dimensional imaging and microsurgery as well as terabyte volume image visualization and analysis.虚拟手指助力三维成像与显微外科手术，以及太字节级容积图像的可视化和分析。
Nat Commun. 2014 Jul 11;5:4342. doi: 10.1038/ncomms5342.
3
APP2: automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weighted image distance-tree.APP2：基于灰度加权图像距离树的层次剪枝的 3D 神经元形态自动追踪。
Bioinformatics. 2013 Jun 1;29(11):1448-54. doi: 10.1093/bioinformatics/btt170. Epub 2013 Apr 19.
4
Neuronal morphology goes digital: a research hub for cellular and system neuroscience.神经元形态数字化：细胞和系统神经科学研究中心。
Neuron. 2013 Mar 20;77(6):1017-38. doi: 10.1016/j.neuron.2013.03.008.
5
The DIADEM and beyond.糖尿病防治计划（DIADEM）及其他。 （注：这里DIADEM如果是特定医学领域的专业术语，可能有更准确的固定译法，比如“糖尿病预防与管理数据、教育和监测”之类，具体需结合专业背景确定，这里按字面先给出一种可能译法供参考）
Neuroinformatics. 2011 Sep;9(2-3):99-102. doi: 10.1007/s12021-011-9102-5.
6
A broadly applicable 3-D neuron tracing method based on open-curve snake.基于开曲线蛇的一种广泛适用的三维神经元示踪方法。
Neuroinformatics. 2011 Sep;9(2-3):193-217. doi: 10.1007/s12021-011-9110-5.
7
Neuron tracing in perspective.神经示踪技术的透视。
Cytometry A. 2010 Jul;77(7):693-704. doi: 10.1002/cyto.a.20895.
Zotero 插件