Pundir S, Onwubiko J, Zaru R, Rosanoff S, Antunes R, Bingley M, Watkins X, O'Donovan C, Martin M J
EMBL- European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, UK.
Protein Eng Des Sel. 2017 Mar 1;30(3):245-251. doi: 10.1093/protein/gzx008.
Enzymes are a key part of life processes and are increasingly important for various areas of research such as medicine, biotechnology, bioprocessing and drug research. The goal of the Enzyme Portal is to provide an interface to all European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) data about enzymes (de Matos, P., et al. , (2013), BMC Bioinformatics , (1), 103). These data include enzyme function, sequence features and family classification, protein structure, reactions, pathways, small molecules, diseases and the associated literature. The sources of enzyme data are: the UniProt Knowledgebase (UniProtKB) (UniProt Consortium, 2015), the Protein Data Bank in Europe (PDBe), (Valenkar, S., et al ., Nucleic Acids Res. 2016; , D385-D395) Rhea-a database of enzyme-catalysed reactions (Morgat, A., et al ., Nucleic Acids Res. 2015; , D459-D464), Reactome-a database of biochemical pathways (Fabregat, A., et al ., Nucleic Acids Res. 2016; , D481-D487), IntEnz-a resource with enzyme nomenclature information (Fleischmann, A., et al ., Nucleic Acids Res. 2004 , D434-D437) and ChEBI (Hastings, J., et al ., Nucleic Acids Res. 2013) and ChEMBL (Bento, A. P., et al ., Nucleic Acids Res. 2014 , 1083-1090)-resources which contain information about small-molecule chemistry and bioactivity. This article describes the redesign of Enzyme Portal and the increased functionality added to maximise integration and interpretation of these data. Use case examples of the Enzyme Portal and the versatile workflows its supports are illustrated. We welcome the suggestion of new resources for integration.
酶是生命过程的关键组成部分，在医学、生物技术、生物加工和药物研究等各个研究领域中日益重要。酶门户网站的目标是提供一个接口，以获取欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）所有关于酶的数据（德马托斯，P.等人，（2013年），《BMC生物信息学》，（1），103）。这些数据包括酶的功能、序列特征和家族分类、蛋白质结构、反应、途径、小分子、疾病及相关文献。酶数据的来源有：通用蛋白质数据库（UniProtKB）（通用蛋白质数据库联盟，2015年）、欧洲蛋白质数据库（PDBe）（瓦伦卡尔，S.等人，《核酸研究》2016年；D385 - D395）、Rhea - 酶催化反应数据库（莫尔加特，A.等人，《核酸研究》2015年；D459 - D464）、Reactome - 生化途径数据库（法布雷加特，A.等人，《核酸研究》2016年；D481 - D487）、IntEnz - 一个具有酶命名信息的资源（弗莱施曼，A.等人，《核酸研究》2004年，D434 - D437）以及ChEBI（黑斯廷斯，J.等人，《核酸研究》2013年）和ChEMBL（本托，A.P.等人，《核酸研究》2014年，1083 - 1090） - 包含小分子化学和生物活性信息的资源。本文描述了酶门户网站的重新设计以及为最大限度地整合和解读这些数据而增加的功能。文中还举例说明了酶门户网站的用例及其支持的通用工作流程。我们欢迎关于整合新资源的建议。
