• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

Accessible, curated metagenomic data through ExperimentHub.

作者信息

Pasolli Edoardo, Schiffer Lucas, Manghi Paolo, Renson Audrey, Obenchain Valerie, Truong Duy Tin, Beghini Francesco, Malik Faizan, Ramos Marcel, Dowd Jennifer B, Huttenhower Curtis, Morgan Martin, Segata Nicola, Waldron Levi

机构信息

Centre for Integrative Biology, University of Trento, Trento, Italy.

Graduate School of Public Health and Health Policy, City University of New York, New York, New York, USA.

出版信息

Nat Methods. 2017 Oct 31;14(11):1023-1024. doi: 10.1038/nmeth.4468.

DOI:10.1038/nmeth.4468
PMID:29088129
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5862039/
Abstract
摘要
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d60a/5862039/433a1b4e8af2/nihms941683f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d60a/5862039/433a1b4e8af2/nihms941683f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d60a/5862039/433a1b4e8af2/nihms941683f1.jpg

相似文献

1
Accessible, curated metagenomic data through ExperimentHub.通过ExperimentHub获取经过整理的可访问宏基因组数据。
Nat Methods. 2017 Oct 31;14(11):1023-1024. doi: 10.1038/nmeth.4468.
2
metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs.metaFlye:使用重复图进行可扩展的长读长宏基因组组装。
Nat Methods. 2020 Nov;17(11):1103-1110. doi: 10.1038/s41592-020-00971-x. Epub 2020 Oct 5.
3
Analyses of Intestinal Microbiota: Culture versus Sequencing.肠道微生物群分析:培养法与测序法
ILAR J. 2015;56(2):228-40. doi: 10.1093/ilar/ilv017.
4
A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses.人类肠道细菌基因组和培养物集合,用于改进宏基因组分析。
Nat Biotechnol. 2019 Feb;37(2):186-192. doi: 10.1038/s41587-018-0009-7. Epub 2019 Feb 4.
5
Comparative analysis of functional metagenomic annotation and the mappability of short reads.功能宏基因组注释与短读长可映射性的比较分析。
PLoS One. 2014 Aug 22;9(8):e105776. doi: 10.1371/journal.pone.0105776. eCollection 2014.
6
Gene-level metagenomic architectures across diseases yield high-resolution microbiome diagnostic indicators.疾病相关的基因水平宏基因组结构产生高分辨率微生物组诊断指标。
Nat Commun. 2021 May 18;12(1):2907. doi: 10.1038/s41467-021-23029-8.
7
[Metagenomics: a trip to the stars].[宏基因组学:星际之旅]
Rev Argent Microbiol. 2006 Oct-Dec;38(4):189.
8
Revised computational metagenomic processing uncovers hidden and biologically meaningful functional variation in the human microbiome.修订后的计算宏基因组处理揭示了人类微生物组中隐藏的和具有生物学意义的功能变异。
Microbiome. 2017 Feb 8;5(1):19. doi: 10.1186/s40168-017-0231-4.
9
Use of whole genome shotgun metagenomics: a practical guide for the microbiome-minded physician scientist.全基因组鸟枪法宏基因组学的应用:微生物组相关医师科学家的实用指南。
Semin Reprod Med. 2014 Jan;32(1):5-13. doi: 10.1055/s-0033-1361817. Epub 2014 Jan 3.
10
Fizzy: feature subset selection for metagenomics.Fizzy:宏基因组学的特征子集选择
BMC Bioinformatics. 2015 Nov 4;16:358. doi: 10.1186/s12859-015-0793-8.

引用本文的文献

1
mbSparse: an autoencoder-based imputation method to address sparsity in microbiome data.mbSparse:一种基于自动编码器的插补方法,用于解决微生物组数据中的稀疏性问题。
Gut Microbes. 2025 Dec;17(1):2552347. doi: 10.1080/19490976.2025.2552347. Epub 2025 Sep 1.
2
Chronological age estimation from human microbiomes with transformer-based Robust Principal Component Analysis.基于Transformer的稳健主成分分析从人类微生物群估计年代年龄。
Commun Biol. 2025 Aug 6;8(1):1159. doi: 10.1038/s42003-025-08590-y.
3
Polypeptides synthesized by common bacteria in the human gut improve rodent metabolism.

本文引用的文献

1
MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling.用于增强宏基因组分类分析的MetaPhlAn2
Nat Methods. 2015 Oct;12(10):902-3. doi: 10.1038/nmeth.3589.
2
Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor.使用Bioconductor编排高通量基因组分析。
Nat Methods. 2015 Feb;12(2):115-21. doi: 10.1038/nmeth.3252.
3
A guide to enterotypes across the human body: meta-analysis of microbial community structures in human microbiome datasets.人体肠道类型指南:人类微生物组数据集微生物群落结构的荟萃分析。
人类肠道中常见细菌合成的多肽可改善啮齿动物的新陈代谢。
Nat Microbiol. 2025 Aug;10(8):1918-1939. doi: 10.1038/s41564-025-02064-x. Epub 2025 Jul 31.
4
Chinese soy-based microbiome and associated microbial risks: a metagenomic investigation.基于大豆的中国微生物组及其相关微生物风险:一项宏基因组学研究。
NPJ Biofilms Microbiomes. 2025 Jul 18;11(1):136. doi: 10.1038/s41522-025-00768-w.
5
Quantifying the varying harvest of fermentation products from the human gut microbiota.量化人类肠道微生物群发酵产物的不同收获量。
bioRxiv. 2025 Jul 13:2024.01.05.573977. doi: 10.1101/2024.01.05.573977.
6
Large-scale classification of metagenomic samples: a comparative analysis of classical machine learning techniques vs a novel brain-inspired hyperdimensional computing approach.宏基因组样本的大规模分类:经典机器学习技术与新型脑启发式高维计算方法的比较分析
bioRxiv. 2025 Jul 7:2025.07.06.663394. doi: 10.1101/2025.07.06.663394.
7
Deep Learning Transforms Phage-Host Interaction Discovery from Metagenomic Data.深度学习改变了从宏基因组数据中发现噬菌体-宿主相互作用的方式。
bioRxiv. 2025 Jun 27:2025.05.26.656232. doi: 10.1101/2025.05.26.656232.
8
Multi-omic analysis reveals transkingdom gut dysbiosis in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease.多组学分析揭示代谢功能障碍相关脂肪性肝病中的跨界肠道生态失调。
Nat Metab. 2025 Jul 2. doi: 10.1038/s42255-025-01318-6.
9
Association rule mining of the human gut microbiome.人类肠道微生物群的关联规则挖掘
Sci China Life Sci. 2025 Jun 23. doi: 10.1007/s11427-024-2865-1.
10
Cross-cohort analysis identifies shared gut microbial signatures and validates microbial risk scores for colorectal cancer.跨队列分析确定了共有的肠道微生物特征,并验证了结直肠癌的微生物风险评分。
J Transl Med. 2025 Jun 17;23(1):676. doi: 10.1186/s12967-025-06676-z.
PLoS Comput Biol. 2013;9(1):e1002863. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002863. Epub 2013 Jan 10.
4
Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome.宏基因组数据的代谢重建及其在人类微生物组中的应用。
PLoS Comput Biol. 2012;8(6):e1002358. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002358. Epub 2012 Jun 13.
5
Structure, function and diversity of the healthy human microbiome.健康人体微生物组的结构、功能与多样性。
Nature. 2012 Jun 13;486(7402):207-14. doi: 10.1038/nature11234.
6
Enterotypes of the human gut microbiome.人类肠道微生物组的肠型。
Nature. 2011 May 12;473(7346):174-80. doi: 10.1038/nature09944. Epub 2011 Apr 20.