• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

关于将基因组数据用于原核生物分类学的拟议最低标准。

Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes.

作者信息

Chun Jongsik, Oren Aharon, Ventosa Antonio, Christensen Henrik, Arahal David Ruiz, da Costa Milton S, Rooney Alejandro P, Yi Hana, Xu Xue-Wei, De Meyer Sofie, Trujillo Martha E

机构信息

Department of Biological Sciences and Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea.

The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, The Edmond J. Safra Campus, 91904 Jerusalem, Israel.

出版信息

Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Jan;68(1):461-466. doi: 10.1099/ijsem.0.002516.

DOI:10.1099/ijsem.0.002516
PMID:29292687
Abstract

Advancement of DNA sequencing technology allows the routine use of genome sequences in the various fields of microbiology. The information held in genome sequences proved to provide objective and reliable means in the taxonomy of prokaryotes. Here, we describe the minimal standards for the quality of genome sequences and how they can be applied for taxonomic purposes.

摘要

DNA测序技术的进步使得基因组序列能够在微生物学的各个领域中得以常规应用。事实证明,基因组序列中所包含的信息为原核生物的分类学提供了客观可靠的方法。在此,我们描述了基因组序列质量的最低标准以及如何将其应用于分类学目的。

相似文献

1
Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes.关于将基因组数据用于原核生物分类学的拟议最低标准。
Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Jan;68(1):461-466. doi: 10.1099/ijsem.0.002516.
2
Advantages and limitations of genomics in prokaryotic taxonomy.原核生物分类学中基因组学的优势和局限性。
Clin Microbiol Infect. 2013 Sep;19(9):790-5. doi: 10.1111/1469-0691.12181. Epub 2013 Mar 13.
3
Update on the proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes.关于使用基因组数据对原核生物进行分类的最低标准建议的最新进展。
Int J Syst Evol Microbiol. 2024 Mar;74(3). doi: 10.1099/ijsem.0.006300.
4
Notes on the characterization of prokaryote strains for taxonomic purposes.关于用于分类目的的原核生物菌株的特征描述的注释。
Int J Syst Evol Microbiol. 2010 Jan;60(Pt 1):249-266. doi: 10.1099/ijs.0.016949-0. Epub 2009 Aug 21.
5
The Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain sequencing project: providing services to taxonomists for standard genome sequencing and annotation.全球微生物名录 (GCM) 10K 型菌株测序项目:为分类学家提供标准基因组测序和注释服务。
Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Apr;69(4):895-898. doi: 10.1099/ijsem.0.003276. Epub 2019 Mar 5.
6
All ANIs are not created equal: implications for prokaryotic species boundaries and integration of ANIs into polyphasic taxonomy.并非所有的 ANI 都是平等的:对原核生物种界的影响,以及将 ANI 整合到多相分类学中。
Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Apr;70(4):2937-2948. doi: 10.1099/ijsem.0.004124. Epub 2020 Apr 3.
7
Prokaryotic taxonomy in the sequencing era--the polyphasic approach revisited.测序时代的原核生物分类学——多相分类法再探讨。
Environ Microbiol. 2012 Feb;14(2):291-317. doi: 10.1111/j.1462-2920.2011.02615.x. Epub 2011 Oct 31.
8
Predicting prokaryotic ecological niches using genome sequence analysis.利用基因组序列分析预测原核生物生态位。
PLoS One. 2007 Aug 15;2(8):e743. doi: 10.1371/journal.pone.0000743.
9
Updating prokaryotic taxonomy.更新原核生物分类学。
J Bacteriol. 2005 Sep;187(18):6255-7. doi: 10.1128/JB.187.18.6255-6257.2005.
10
An integrative and applicable phylogenetic footprinting framework for cis-regulatory motifs identification in prokaryotic genomes.一种用于原核生物基因组中顺式调控基序识别的综合且适用的系统发育足迹分析框架。
BMC Genomics. 2016 Aug 9;17:578. doi: 10.1186/s12864-016-2982-x.

引用本文的文献

1
Phenotypic, Chemotaxonomic, and Genome-Based Classification of Strains: Two Proposed Novel Species, sp. nov. and sp. nov.菌株的表型、化学分类学和基于基因组的分类:两个拟议的新物种,[物种名称1] 新种和[物种名称2] 新种
Biology (Basel). 2025 Aug 8;14(8):1024. doi: 10.3390/biology14081024.
2
Current Methods for Reliable Identification of Species in the - Complex.目前用于可靠鉴定 - 复合体中物种的方法。
Microorganisms. 2025 Aug 4;13(8):1819. doi: 10.3390/microorganisms13081819.
3
Immobilization of Cd Through Biosorption by C10-4 and Remediation of Cd-Contaminated Soil.
C10 - 4对镉的生物吸附固定及镉污染土壤的修复
Microorganisms. 2025 Aug 1;13(8):1798. doi: 10.3390/microorganisms13081798.
4
Bacteremia Caused by a Putative Novel Species in the Genus : A Case Report and Genomic Analysis.由属内一种假定新物种引起的菌血症:一例报告及基因组分析
Life (Basel). 2025 Aug 3;15(8):1227. doi: 10.3390/life15081227.
5
Deinococcus lichenicola sp. nov., A Bacterium Isolated from a Lichen Sample.地衣栖嗜皮菌新种,一种从地衣样本中分离出的细菌。
Curr Microbiol. 2025 Aug 26;82(10):478. doi: 10.1007/s00284-025-04453-1.
6
Functional characterization of a novel plant growth-promoting rhizobacterium enhancing root growth and salt stress tolerance.一种促进植物生长的新型根际细菌的功能特性研究,该细菌可促进根系生长并提高耐盐胁迫能力。
Sci Rep. 2025 Aug 19;15(1):30405. doi: 10.1038/s41598-025-14065-1.
7
Flavisericum labens gen. nov., sp. nov., a novel member of the family Flavobacteriaceae isolated from the seawater of Dongshan Bay.柔黄杆菌属,新属,新种,一种从东山湾海水中分离出的黄杆菌科新成员。
Antonie Van Leeuwenhoek. 2025 Aug 18;118(9):133. doi: 10.1007/s10482-025-02145-1.
8
Pseudonocardia phyllosphaerae sp. nov., a Novel Actinomycete Isolated from Phylloplane of Rhizophora apiculata Blume.叶生假诺卡氏菌新种,一种从红树的叶表面分离出的新型放线菌。
Curr Microbiol. 2025 Aug 18;82(10):461. doi: 10.1007/s00284-025-04443-3.
9
Nocardiopsis oceanisediminis sp. nov., a Marine-Derived Actinobacterium Isolated from Sediment.海洋沉积物减少嗜诺卡氏菌新种,一种从沉积物中分离出的海洋来源放线菌
Curr Microbiol. 2025 Aug 14;82(10):453. doi: 10.1007/s00284-025-04444-2.
10
Pseudomonas bambusae sp.nov., an Aniline Blue-Decolorizing Bacterium Isolated from Decaying Round Bamboo Culms.竹假单胞菌新种,一种从腐烂的圆形竹茎中分离出的能使苯胺蓝脱色的细菌。
Curr Microbiol. 2025 Aug 14;82(10):454. doi: 10.1007/s00284-025-04442-4.