ReDU：一个用于查找和重新分析公共质谱数据的框架。
ReDU: a framework to find and reanalyze public mass spectrometry data.
机构信息
Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center, University of California, San Diego, La Jolla, CA, USA.
Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, University of California, San Diego, La Jolla, CA, USA.
出版信息
Nat Methods. 2020 Sep;17(9):901-904. doi: 10.1038/s41592-020-0916-7. Epub 2020 Aug 17.
Abstract
We present ReDU ( https://redu.ucsd.edu/ ), a system for metadata capture of public mass spectrometry-based metabolomics data, with validated controlled vocabularies. Systematic capture of knowledge enables the reanalysis of public data and/or co-analysis of one's own data. ReDU enables multiple types of analyses, including finding chemicals and associated metadata, comparing the shared and different chemicals between groups of samples, and metadata-filtered, repository-scale molecular networking.
摘要
我们介绍了 ReDU（https://redu.ucsd.edu/），这是一个用于捕获基于公共质谱的代谢组学数据的元数据的系统，具有经过验证的受控词汇表。知识的系统捕获使得公共数据的重新分析和/或自身数据的共同分析成为可能。ReDU 支持多种类型的分析，包括发现化学物质和相关元数据、比较样本组之间的共享和不同的化学物质，以及元数据过滤、存储库规模的分子网络。
相似文献
1
ReDU: a framework to find and reanalyze public mass spectrometry data.ReDU：一个用于查找和重新分析公共质谱数据的框架。
Nat Methods. 2020 Sep;17(9):901-904. doi: 10.1038/s41592-020-0916-7. Epub 2020 Aug 17.
2
Metabolomics Workbench: An international repository for metabolomics data and metadata, metabolite standards, protocols, tutorials and training, and analysis tools.代谢组学工作台：一个用于代谢组学数据与元数据、代谢物标准品、实验方案、教程与培训以及分析工具的国际储存库。
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D463-70. doi: 10.1093/nar/gkv1042. Epub 2015 Oct 13.
3
Toward a Sample Metadata Standard in Public Proteomics Repositories.迈向公共蛋白质组学数据库中的样本元数据标准。
J Proteome Res. 2020 Oct 2;19(10):3906-3909. doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00376. Epub 2020 Sep 22.
4
mzML2ISA & nmrML2ISA: generating enriched ISA-Tab metadata files from metabolomics XML data.mzML2ISA和nmrML2ISA：从代谢组学XML数据生成丰富的ISA-Tab元数据文件。
Bioinformatics. 2017 Aug 15;33(16):2598-2600. doi: 10.1093/bioinformatics/btx169.
5
MetaboLights: open data repository for metabolomics.MetaboLights：代谢组学开放数据知识库。
Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D640-D646. doi: 10.1093/nar/gkad1045.
6
Chemically informed analyses of metabolomics mass spectrometry data with Qemistree.使用Qemistree对代谢组学质谱数据进行化学信息分析。
Nat Chem Biol. 2021 Feb;17(2):146-151. doi: 10.1038/s41589-020-00677-3. Epub 2020 Nov 16.
7
Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment.基于特征的分子网络在 GNPS 分析环境中的应用。
Nat Methods. 2020 Sep;17(9):905-908. doi: 10.1038/s41592-020-0933-6. Epub 2020 Aug 24.
8
SMetaS: A Sample Metadata Standardizer for Metabolomics.SMetaS：一种用于代谢组学的样本元数据标准化工具
Metabolites. 2023 Aug 12;13(8):941. doi: 10.3390/metabo13080941.
9
Data Treatment for LC-MS Untargeted Analysis.液相色谱-质谱联用非靶向分析的数据处理
Methods Mol Biol. 2018;1738:27-39. doi: 10.1007/978-1-4939-7643-0_3.
10
Curatr: a web application for creating, curating and sharing a mass spectral library.Curatr：一个用于创建、管理和共享质谱库的网络应用程序。
Bioinformatics. 2018 Apr 15;34(8):1436-1438. doi: 10.1093/bioinformatics/btx786.
引用本文的文献
1
Leveraging chemical synthesis to discover metabolites from the gut microbiome.利用化学合成从肠道微生物群中发现代谢物。
Ann N Y Acad Sci. 2025 Aug 4. doi: 10.1111/nyas.70004.
2
Introducing Korea metabolomics data repository (KMAP): bridging Korean metabolomics data to global data sharing infrastructure.介绍韩国代谢组学数据存储库（KMAP）：将韩国代谢组学数据与全球数据共享基础设施相连接。
Metabolomics. 2025 Jun 22;21(4):86. doi: 10.1007/s11306-025-02285-5.
3
The microbiome diversifies long- to short-chain fatty acid-derived N-acyl lipids.微生物群落使长链至短链脂肪酸衍生的N-酰基脂质多样化。
Cell. 2025 Jun 9. doi: 10.1016/j.cell.2025.05.015.
4
Chemical characteristics vectors map the chemical space of natural biomes from untargeted mass spectrometry data.化学特征向量通过非靶向质谱数据描绘自然生物群落的化学空间。
J Cheminform. 2025 May 26;17(1):82. doi: 10.1186/s13321-025-01031-2.
5
Enabling pan-repository reanalysis for big data science of public metabolomics data.实现公共代谢组学数据大数据科学的全库重新分析。
Nat Commun. 2025 May 24;16(1):4838. doi: 10.1038/s41467-025-60067-y.
6
: A trategy to nalyze lant Extracts Taste n epth. Application to the complex taste of (Roxb.) H.Karst.一种深入分析植物提取物味道的策略。应用于（Roxb.）H.Karst.的复杂味道分析 。
不过原文中“nalyze”“lant”“Taste n”等拼写有误，正确的可能是“analyze”“plant”“Taste in” 。
Curr Res Food Sci. 2025 Apr 5;10:101043. doi: 10.1016/j.crfs.2025.101043. eCollection 2025.
7
Glucuronidation Metabolomic Fingerprinting to Map Host-Microbe Metabolism.葡萄糖醛酸化代谢组学指纹图谱绘制宿主-微生物代谢图谱。
Res Sq. 2025 Apr 8:rs.3.rs-6321321. doi: 10.21203/rs.3.rs-6321321/v1.
8
A guide to reverse metabolomics-a framework for big data discovery strategy.反向代谢组学指南——大数据发现策略框架
Nat Protoc. 2025 Feb 28. doi: 10.1038/s41596-024-01136-2.
9
Two-layer homolog network approach for PFAS nontarget screening and retrospective data mining.用于全氟和多氟烷基物质非目标筛查及回顾性数据挖掘的双层同源网络方法
Nat Commun. 2025 Jan 15;16(1):688. doi: 10.1038/s41467-025-56035-1.
10
The microbiome diversifies -acyl lipid pools - including short-chain fatty acid-derived compounds.微生物群落使酰基脂质库多样化，包括短链脂肪酸衍生化合物。
bioRxiv. 2024 Nov 2:2024.10.31.621412. doi: 10.1101/2024.10.31.621412.
本文引用的文献
1
MetaboLights: a resource evolving in response to the needs of its scientific community.代谢组学文献共享资源库（MetaboLights）：一个响应其科研群体需求而不断发展的资源库。
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D440-D444. doi: 10.1093/nar/gkz1019.
Zotero 插件