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使用 NCBI 序列查看器和基因组数据查看器 (GDV) 访问 NCBI 数据。

Accessing NCBI data using the NCBI Sequence Viewer and Genome Data Viewer (GDV).

机构信息

National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20894, USA.

出版信息

Genome Res. 2021 Jan;31(1):159-169. doi: 10.1101/gr.266932.120. Epub 2020 Nov 25.

DOI:10.1101/gr.266932.120
PMID:33239395
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7849379/
Abstract

The National Center for Biotechnology Information (NCBI) is an archive providing free access to a wide range and large volume of biological sequence data and literature. Staff scientists at NCBI analyze user-submitted data in the archive, producing gene and SNP annotation and generating sequence alignment tools. NCBI's flagship genome browser, Genome Data Viewer (GDV), displays our in-house RefSeq annotation; is integrated with other NCBI resources such as Gene, dbGaP, and BLAST; and provides a platform for customized analysis and visualization. Here, we describe how members of the biomedical research community can use GDV and the related NCBI Sequence Viewer (SV) to access, analyze, and disseminate NCBI and custom biomedical sequence data. In addition, we report how users can add SV to their own web pages to create a custom graphical sequence display without the need for infrastructure investments or back-end deployments.

摘要

国家生物技术信息中心 (NCBI) 是一个档案库,提供广泛和大量生物序列数据和文献的免费访问。NCBI 的科学家分析档案库中用户提交的数据,生成基因和 SNP 注释,并生成序列比对工具。NCBI 的旗舰基因组浏览器,基因组数据查看器 (GDV),显示我们内部的 RefSeq 注释;与其他 NCBI 资源(如 Gene、dbGaP 和 BLAST)集成;并为自定义分析和可视化提供平台。在这里,我们描述了生物医学研究界的成员如何使用 GDV 和相关的 NCBI 序列查看器 (SV) 来访问、分析和传播 NCBI 和定制的生物医学序列数据。此外,我们还报告了用户如何将 SV 添加到自己的网页中,以创建一个自定义的图形序列显示,而无需基础设施投资或后端部署。

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