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虎耳草科(Saxifragaceae)植物叶绿体全基因组序列特征分析

Characterization of the complete chloroplast genome sequence of (Saxifragaceae).

作者信息

Yang Qian, Xin Cheng

机构信息

Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China (Ministry of Education), College of Life Sciences, Northwest University, Xi'an 710069, China.

出版信息

Mitochondrial DNA B Resour. 2020 Jan 21;5(1):764-765. doi: 10.1080/23802359.2020.1715862.

DOI:10.1080/23802359.2020.1715862
PMID:33366740
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7748543/
Abstract

belongs to the Saxifragaceae, usually perennial herbs, shrubs. The cpDNA of was 157,283 bp long with a large single-copy region (LSC) of 86,839 bp and a small single-copy region(SSC) of 18,748 bp separated by a pair of inverted repeat regions (IRs) of 25,848 bp. It contains 131 genes, including 85 protein-coding genes, 38 tRNA genes, 8 rRNA genes, of which 16 genes are duplicated in the IRs. The overall GC content is 37.6%. The phylogenetic tree indicates that species formed a monophyletic lineage with high bootstrap value. This study has provided new genome information for the phylogenetic analysis of Saxifragaceae.

摘要

属于虎耳草科,通常为多年生草本、灌木。[物种名称]的叶绿体DNA(cpDNA)长度为157,283碱基对,有一个86,839碱基对的大单拷贝区域(LSC)和一个18,748碱基对的小单拷贝区域(SSC),它们被一对25,848碱基对的反向重复区域(IRs)隔开。它包含131个基因,包括85个蛋白质编码基因、38个tRNA基因、8个rRNA基因,其中16个基因在IRs中是重复的。总体GC含量为37.6%。系统发育树表明[物种名称]物种形成了一个具有高自展值的单系分支。本研究为虎耳草科的系统发育分析提供了新的基因组信息。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/a83c/7748543/7304e2a40ad1/TMDN_A_1715862_F0001_B.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/a83c/7748543/7304e2a40ad1/TMDN_A_1715862_F0001_B.jpg
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