在超级计算机上进行序列搜索。

Sequence search on a supercomputer.

作者信息

Gotoh O, Tagashira Y

出版信息

Nucleic Acids Res. 1986 Jan 10;14(1):57-64. doi: 10.1093/nar/14.1.57.

DOI:10.1093/nar/14.1.57

原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC339355/

Abstract

A set of programs was developed for searching nucleic acid and protein sequence data bases for sequences similar to a given sequence. The programs, written in FORTRAN 77, were optimized for vector processing on a Hitachi S810-20 supercomputer. A search of a 500-residue protein sequence against the entire PIR data base Ver. 1.0 (1) (0.5 M residues) is carried out in a CPU time of 45 sec. About 4 min is required for an exhaustive search of a 1500-base nucleotide sequence against all mammalian sequences (1.2M bases) in Genbank Ver. 29.0. The CPU time is reduced to about a quarter with a faster version.

摘要

开发了一组程序，用于在核酸和蛋白质序列数据库中搜索与给定序列相似的序列。这些程序用FORTRAN 77编写，并针对日立S810 - 20超级计算机上的向量处理进行了优化。用45秒的CPU时间，可将一个500个残基的蛋白质序列与整个PIR数据库版本1.0（1）（0.5M个残基）进行比对搜索。在Genbank版本29.0中，用大约4分钟的时间可对一个1500个碱基的核苷酸序列与所有哺乳动物序列（120万个碱基）进行穷举搜索。使用更快的版本，CPU时间可减少到大约四分之一。

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