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UCSC 基因组浏览器数据库:2024 年更新。

The UCSC Genome Browser database: 2024 update.

机构信息

Genomics Institute, University of California Santa Cruz, Santa Cruz, CA 95064, USA.

Institute of Neurogenomics, Helmholtz Zentrum München GmbH - German Research Center for Environmental Health, 85764 Neuherberg, Germany.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D1082-D1088. doi: 10.1093/nar/gkad987.

DOI:10.1093/nar/gkad987
PMID:37953330
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10767968/
Abstract

The UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu) is a web-based genomic visualization and analysis tool that serves data to over 7,000 distinct users per day worldwide. It provides annotation data on thousands of genome assemblies, ranging from human to SARS-CoV2. This year, we have introduced new data from the Human Pangenome Reference Consortium and on viral genomes including SARS-CoV2. We have added 1,200 new genomes to our GenArk genome system, increasing the overall diversity of our genomic representation. We have added support for nine new user-contributed track hubs to our public hub system. Additionally, we have released 29 new tracks on the human genome and 11 new tracks on the mouse genome. Collectively, these new features expand both the breadth and depth of the genomic knowledge that we share publicly with users worldwide.

摘要

UCSC 基因组浏览器(https://genome.ucsc.edu)是一个基于网络的基因组可视化和分析工具,每天为全球 7000 多个不同的用户提供数据。它提供了数千个基因组组装的注释数据,范围从人类到 SARS-CoV2。今年,我们引入了人类泛基因组参考联盟的新数据,以及包括 SARS-CoV2 在内的病毒基因组数据。我们在 GenArk 基因组系统中增加了 1200 个新的基因组,增加了我们基因组代表性的整体多样性。我们在公共中心系统中增加了对九个新的用户贡献的轨道中心的支持。此外,我们还在人类基因组上发布了 29 个新的轨道,在老鼠基因组上发布了 11 个新的轨道。总的来说,这些新功能扩展了我们与全球用户共享的基因组知识的广度和深度。

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