• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

基于甲基转移酶结构域的真菌聚酮合酶基因组挖掘。

Methyltransferase Domain-Focused Genome Mining for Fungal Polyketide Synthases.

机构信息

Department of Chemistry, City University of Hong Kong, Tat Chee Avenue, Kowloon, Hong Kong SAR, China.

出版信息

Small Methods. 2024 Nov;8(11):e2400107. doi: 10.1002/smtd.202400107. Epub 2024 Apr 21.

DOI:10.1002/smtd.202400107
PMID:38644685
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11579551/
Abstract

A comparison of substrate-binding site amino acid residues in the C-methyltransferase (MT) domains of fungal nonreducing polyketide synthases (NR-PKSs) suggests that these residues are correlated with the methylation modes used by the PKSs. A PKS, designated as AsbPKS, with substrate-binding site residues distinct from those of other known PKSs is focused on. The characterization of AsbPKS revealed that it yields an isocoumarin derivative, anhydrosclerotinin B (1), the biosynthesis of which involves a previously unreported methylation pattern. This study demonstrates the utility of MT domain-focused genome mining for the discovery of PKSs with new functions.

摘要

真菌非还原型聚酮合酶(NR-PKS)的 C-甲基转移酶(MT)结构域中底物结合位点的氨基酸残基比较表明,这些残基与 PKS 所使用的甲基化模式相关。我们关注了一个具有独特底物结合位点残基的 PKS,称为 AsbPKS。AsbPKS 的特征表明,它产生了一种异香豆素衍生物,无水硬脂菌素 B(1),其生物合成涉及以前未报道的甲基化模式。本研究证明了专注于 MT 结构域的基因组挖掘在发现具有新功能的 PKS 方面的实用性。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/9d35604ec57b/SMTD-8-2400107-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/c1888e2b7973/SMTD-8-2400107-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/1fe5c1acd3e0/SMTD-8-2400107-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/e4e7ac6526f1/SMTD-8-2400107-g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/9d35604ec57b/SMTD-8-2400107-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/c1888e2b7973/SMTD-8-2400107-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/1fe5c1acd3e0/SMTD-8-2400107-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/e4e7ac6526f1/SMTD-8-2400107-g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/da9e/11579551/9d35604ec57b/SMTD-8-2400107-g003.jpg

相似文献

1
Methyltransferase Domain-Focused Genome Mining for Fungal Polyketide Synthases.基于甲基转移酶结构域的真菌聚酮合酶基因组挖掘。
Small Methods. 2024 Nov;8(11):e2400107. doi: 10.1002/smtd.202400107. Epub 2024 Apr 21.
2
Exploring Fungal Polyketide C-Methylation through Combinatorial Domain Swaps.通过组合结构域交换探索真菌聚酮 C-甲基化。
ACS Chem Biol. 2018 Nov 16;13(11):3043-3048. doi: 10.1021/acschembio.8b00429. Epub 2018 Oct 30.
3
In silico analysis of methyltransferase domains involved in biosynthesis of secondary metabolites.参与次生代谢物生物合成的甲基转移酶结构域的计算机分析
BMC Bioinformatics. 2008 Oct 25;9:454. doi: 10.1186/1471-2105-9-454.
4
Structure and function of an iterative polyketide synthase thioesterase domain catalyzing Claisen cyclization in aflatoxin biosynthesis.结构与功能的迭代聚酮合酶硫酯酶域催化克莱森环化在黄曲霉毒素生物合成。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Apr 6;107(14):6246-51. doi: 10.1073/pnas.0913531107. Epub 2010 Mar 23.
5
Starter unit flexibility for engineered product synthesis by the nonreducing polyketide synthase PksA.非还原型聚酮合酶PksA用于工程化产品合成的起始单元灵活性。
ACS Chem Biol. 2015 Jun 19;10(6):1443-9. doi: 10.1021/acschembio.5b00005. Epub 2015 Mar 10.
6
Genome Mining Discovery of a C-Alkylated Dihydroisocoumarin Pathway in Fungi.真菌中 C-烷基化二氢异香豆素途径的基因组挖掘发现。
Org Lett. 2021 Mar 19;23(6):2337-2341. doi: 10.1021/acs.orglett.1c00458. Epub 2021 Mar 10.
7
Production of dihydroisocoumarins in Fusarium verticillioides by swapping ketosynthase domain of the fungal iterative polyketide synthase Fum1p with that of lovastatin diketide synthase.通过将真菌迭代聚酮合酶Fum1p的酮合成酶结构域与洛伐他汀二酮合酶的酮合成酶结构域进行交换,在轮枝镰孢菌中生产二氢异香豆素。
J Am Chem Soc. 2007 Jan 10;129(1):36-7. doi: 10.1021/ja0672122.
8
Phylogenetic study of polyketide synthases and nonribosomal peptide synthetases involved in the biosynthesis of mycotoxins.参与真菌毒素生物合成的聚酮合酶和非核糖体肽合酶的系统发育研究。
Toxins (Basel). 2013 Apr 19;5(4):717-42. doi: 10.3390/toxins5040717.
9
Structural Basis of Polyketide Synthase O-Methylation.聚酮合酶 O-甲基化的结构基础。
ACS Chem Biol. 2018 Dec 21;13(12):3221-3228. doi: 10.1021/acschembio.8b00687. Epub 2018 Dec 3.
10
A gene cluster containing two fungal polyketide synthases encodes the biosynthetic pathway for a polyketide, asperfuranone, in Aspergillus nidulans.一个包含两个真菌聚酮合酶的基因簇编码了 Aspergillus nidulans 中多酮类化合物 Asperfuranone 的生物合成途径。
J Am Chem Soc. 2009 Mar 4;131(8):2965-70. doi: 10.1021/ja8088185.

本文引用的文献

1
Mechanism Behind the Programmed Biosynthesis of Heterotrimeric Fungal Depside Thielavin A.杂合真菌麦角硫因 A 程序性生物合成的机制。
Angew Chem Int Ed Engl. 2024 May 13;63(20):e202402663. doi: 10.1002/anie.202402663. Epub 2024 Mar 27.
2
Structural enzymology of iterative type I polyketide synthases: various routes to catalytic programming.迭代型 I 聚酮合酶的结构酶学:催化编程的各种途径。
Nat Prod Rep. 2023 Sep 20;40(9):1498-1520. doi: 10.1039/d3np00015j.
3
Type II Polyketide Synthases: A Bioinformatics-Driven Approach.
II 型聚酮合酶:一种基于生物信息学的方法。
Chembiochem. 2023 May 2;24(9):e202200775. doi: 10.1002/cbic.202200775. Epub 2023 Apr 4.
4
Orthoester formation in fungal meroterpenoid austalide F biosynthesis.真菌生源二萜 austalide F 生物合成中的缩醛形成。
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2023 Feb 27;378(1871):20220037. doi: 10.1098/rstb.2022.0037. Epub 2023 Jan 11.
5
The Ketosynthase Domain Controls Chain Length in Mushroom Oligocyclic Polyketide Synthases.酮合酶结构域控制蘑菇寡环聚酮合酶的链长。
Chembiochem. 2023 Feb 1;24(3):e202200649. doi: 10.1002/cbic.202200649. Epub 2022 Dec 28.
6
Biosynthetic Elucidation and Structural Revision of Brevione E: Characterization of the Key Dioxygenase for Pathway Branching from Setosusin Biosynthesis.生物合成阐明和 Brevione E 的结构修正:从 Setosusin 生物合成途径分支的关键双加氧酶的表征。
Angew Chem Int Ed Engl. 2022 Nov 25;61(48):e202210938. doi: 10.1002/anie.202210938. Epub 2022 Oct 25.
7
Molecular and Computational Bases for Spirofuranone Formation in Setosusin Biosynthesis.在 Setosusin 生物合成中 spirofuranone 形成的分子和计算基础。
J Am Chem Soc. 2021 Oct 27;143(42):17708-17715. doi: 10.1021/jacs.1c08336. Epub 2021 Oct 13.
8
Genome Mining-Driven Discovery of 5-Methylorsellinate-Derived Meroterpenoids from .基于基因组挖掘的. 中 5-甲基奥尔丝氨酸衍生的混合萜类化合物的发现
Org Lett. 2021 Apr 16;23(8):3211-3215. doi: 10.1021/acs.orglett.1c00951. Epub 2021 Apr 6.
9
One Polyketide Synthase, Two Distinct Products: Trans-Acting Enzyme-Controlled Product Divergence in Calbistrin Biosynthesis.一种聚酮合酶,两种不同产物:钙调蛋白生物合成中转录激活酶控制的产物分歧。
Angew Chem Int Ed Engl. 2021 Apr 12;60(16):8851-8858. doi: 10.1002/anie.202016525. Epub 2021 Mar 1.
10
SMART: recent updates, new developments and status in 2020.SMART:最新更新、新进展和 2020 年的现状。
Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D458-D460. doi: 10.1093/nar/gkaa937.