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PRINTS蛋白质指纹数据库的进展。

Progress with the PRINTS protein fingerprint database.

作者信息

Attwood T K, Beck M E, Bleasby A J, Degtyarenko K, Parry Smith D J

机构信息

Department of Biochemistry, University College London, UK.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1996 Jan 1;24(1):182-8. doi: 10.1093/nar/24.1.182.

DOI:10.1093/nar/24.1.182
PMID:8594576
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC145564/
Abstract

PRINTS is a compendium of protein motif 'fingerprints' derived from the OWL composite sequence database. Fingerprints are groups of motifs within sequence alignments whose conserved nature allows them to be used as signatures of family membership. To date, 400 fingerprints have been constructed and stored in Prints, the size of which has doubled in the last year. The current version, 9.0, encodes approximately 2000 motifs, covering a range of globular and membrane proteins, modular polypeptides, and so on. Fingerprints inherently offer improved diagnostic reliability over single motif methods by virtue of the mutual context provided by motif neighbours. PRINTS thus provides a useful adjunct to the widely used PROSITE dictionary of patterns. The database is now accessible via the Database Browser on the UCL Bioinformatics server at http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser .

摘要

PRINTS是一个源自OWL复合序列数据库的蛋白质基序“指纹”汇编。指纹是序列比对中的基序组,其保守性质使其能够用作家族成员的特征标记。迄今为止,已构建了400个指纹并存储在PRINTS中,其规模在过去一年中翻了一番。当前版本9.0编码约2000个基序,涵盖各种球状和膜蛋白、模块化多肽等。由于基序邻域提供的相互背景,指纹本质上比单基序方法具有更高的诊断可靠性。因此,PRINTS为广泛使用的PROSITE模式字典提供了有用的补充。现在可通过伦敦大学学院生物信息学服务器上的数据库浏览器(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser )访问该数据库。

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