• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

3D评审:一种改进蛋白质结构预测的简单方法。

3D-Jury: a simple approach to improve protein structure predictions.

作者信息

Ginalski Krzysztof, Elofsson Arne, Fischer Daniel, Rychlewski Leszek

机构信息

BioInfoBank Institute, Limanowskiego 24A, 60-744 Poznan, Poland.

出版信息

Bioinformatics. 2003 May 22;19(8):1015-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btg124.

DOI:10.1093/bioinformatics/btg124
PMID:12761065
Abstract

MOTIVATION

Consensus structure prediction methods (meta-predictors) have higher accuracy than individual structure prediction algorithms (their components). The goal for the development of the 3D-Jury system is to create a simple but powerful procedure for generating meta-predictions using variable sets of models obtained from diverse sources. The resulting protocol should help to improve the quality of structural annotations of novel proteins.

RESULTS

The 3D-Jury system generates meta-predictions from sets of models created using variable methods. It is not necessary to know prior characteristics of the methods. The system is able to utilize immediately new components (additional prediction providers). The accuracy of the system is comparable with other well-tuned prediction servers. The algorithm resembles methods of selecting models generated using ab initio folding simulations. It is simple and offers a portable solution to improve the accuracy of other protein structure prediction protocols.

AVAILABILITY

The 3D-Jury system is available via the Structure Prediction Meta Server (http://BioInfo.PL/Meta/) to the academic community.

SUPPLEMENTARY INFORMATION

3D-Jury is coupled to the continuous online server evaluation program, LiveBench (http://BioInfo.PL/LiveBench/)

摘要

动机

共识结构预测方法(元预测器)比单个结构预测算法(其组件)具有更高的准确性。3D-Jury系统开发的目标是创建一个简单但强大的程序,用于使用从不同来源获得的可变模型集生成元预测。由此产生的协议应有助于提高新蛋白质结构注释的质量。

结果

3D-Jury系统从使用可变方法创建的模型集中生成元预测。无需事先了解这些方法的特征。该系统能够立即利用新的组件(额外的预测提供者)。该系统的准确性与其他经过良好调整的预测服务器相当。该算法类似于选择使用从头折叠模拟生成的模型的方法。它很简单,并提供了一种可移植的解决方案来提高其他蛋白质结构预测协议的准确性。

可用性

3D-Jury系统可通过结构预测元服务器(http://BioInfo.PL/Meta/)供学术界使用。

补充信息

3D-Jury与连续在线服务器评估程序LiveBench(http://BioInfo.PL/LiveBench/)耦合

相似文献

1
3D-Jury: a simple approach to improve protein structure predictions.3D评审:一种改进蛋白质结构预测的简单方法。
Bioinformatics. 2003 May 22;19(8):1015-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btg124.
2
Structure prediction meta server.结构预测元服务器。
Bioinformatics. 2001 Aug;17(8):750-1. doi: 10.1093/bioinformatics/17.8.750.
3
Evaluation of 3D-Jury on CASP7 models.对CASP7模型的3D评审评估
BMC Bioinformatics. 2007 Aug 21;8:304. doi: 10.1186/1471-2105-8-304.
4
Detection of reliable and unexpected protein fold predictions using 3D-Jury.使用3D-Jury检测可靠且意外的蛋白质折叠预测结果。
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3291-2. doi: 10.1093/nar/gkg503.
5
Meta-DP: domain prediction meta-server.元数据处理:域预测元服务器。
Bioinformatics. 2005 Jun 15;21(12):2917-20. doi: 10.1093/bioinformatics/bti445. Epub 2005 Apr 19.
6
GeneSilico protein structure prediction meta-server.基因硅蛋白结构预测元服务器。
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3305-7. doi: 10.1093/nar/gkg557.
7
The PDB-Preview database: a repository of in-silico models of 'on-hold' PDB entries.PDB预览数据库:“暂停”的PDB条目的计算机模拟模型库。
Bioinformatics. 2004 Oct 12;20(15):2482-4. doi: 10.1093/bioinformatics/bth262. Epub 2004 Apr 8.
8
Fully automated ab initio protein structure prediction using I-SITES, HMMSTR and ROSETTA.使用I-SITES、HMMSTR和ROSETTA进行全自动从头算蛋白质结构预测。
Bioinformatics. 2002;18 Suppl 1:S54-61. doi: 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.s54.
9
Protein structure prediction of CASP5 comparative modeling and fold recognition targets using consensus alignment approach and 3D assessment.使用一致性比对方法和三维评估对CASP5比较建模与折叠识别目标进行蛋白质结构预测。
Proteins. 2003;53 Suppl 6:410-7. doi: 10.1002/prot.10548.
10
Arby: automatic protein structure prediction using profile-profile alignment and confidence measures.Arby:利用轮廓-轮廓比对和置信度测量进行自动蛋白质结构预测。
Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2228-35. doi: 10.1093/bioinformatics/bth232. Epub 2004 Apr 1.

引用本文的文献

1
Bioinformatics approach for prediction and analysis of the Non-Structural Protein 4B (NSP4B) of the Zika virus.用于寨卡病毒非结构蛋白4B(NSP4B)预测与分析的生物信息学方法
J Genet Eng Biotechnol. 2024 Mar;22(1):100336. doi: 10.1016/j.jgeb.2023.100336. Epub 2024 Feb 2.
2
Ab Initio Modelling of the Structure of ToxA-like and MAX Fungal Effector Proteins.从头开始模拟 ToxA 样和 MAX 真菌效应蛋白的结构。
Int J Mol Sci. 2023 Mar 26;24(7):6262. doi: 10.3390/ijms24076262.
3
Contact-Assisted Threading in Low-Homology Protein Modeling.
接触辅助线程在低同源性蛋白质建模中的应用。
Methods Mol Biol. 2023;2627:41-59. doi: 10.1007/978-1-0716-2974-1_3.
4
Estimation of model accuracy by a unique set of features and tree-based regressor.通过一组独特的特征和基于树的回归器来估计模型的准确性。
Sci Rep. 2022 Aug 18;12(1):14074. doi: 10.1038/s41598-022-17097-z.
5
Application of an integrated computational antibody engineering platform to design SARS-CoV-2 neutralizers.应用集成计算抗体工程平台设计新型冠状病毒2型中和抗体
Antib Ther. 2021 Jun 24;4(2):109-122. doi: 10.1093/abt/tbab011. eCollection 2021 Apr.
6
Toward the solution of the protein structure prediction problem.朝着解决蛋白质结构预测问题的方向努力。
J Biol Chem. 2021 Jul;297(1):100870. doi: 10.1016/j.jbc.2021.100870. Epub 2021 Jun 11.
7
Virtual Screening of Human Class-A GPCRs Using Ligand Profiles Built on Multiple Ligand-Receptor Interactions.基于多种配体-受体相互作用构建配体特征对人 A 类 GPCR 的虚拟筛选
J Mol Biol. 2020 Aug 7;432(17):4872-4890. doi: 10.1016/j.jmb.2020.07.003. Epub 2020 Jul 9.
8
Dissection of SARS Coronavirus Spike Protein into Discrete Folded Fragments.将严重急性呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白切割成离散的折叠片段。
Tsinghua Sci Technol. 2006 Aug;11(4):490-494. doi: 10.1016/S1007-0214(06)70222-X. Epub 2006 Jul 26.
9
Putative structure and function of ORF3 in SARS coronavirus.严重急性呼吸综合征冠状病毒中开放阅读框3的假定结构与功能
Theochem. 2005 Feb 28;715(1):55-58. doi: 10.1016/j.theochem.2004.10.073. Epub 2004 Dec 18.
10
The 3D structure analysis of SARS-CoV S1 protein reveals a link to influenza virus neuraminidase and implications for drug and antibody discovery.严重急性呼吸综合征冠状病毒S1蛋白的三维结构分析揭示了其与流感病毒神经氨酸酶的联系以及对药物和抗体发现的启示。
Theochem. 2004 Jul 26;681(1):137-141. doi: 10.1016/j.theochem.2004.04.065. Epub 2004 Jul 9.