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使用通用共线性浏览器（GBrowse_syn）。

Using the Generic Synteny Browser (GBrowse_syn).

作者信息

McKay Sheldon J, Vergara Ismael A, Stajich Jason E

机构信息

Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, USA.

出版信息

Curr Protoc Bioinformatics. 2010 Sep;Chapter 9:Unit 9.12. doi: 10.1002/0471250953.bi0912s31.

DOI:10.1002/0471250953.bi0912s31
PMID:20836076
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3162311/
Abstract

Genome Browsers are software that allow the user to view genome annotations in the context of a reference sequence, such as a chromosome, contig, scaffold, etc. The Generic Genome Browser (GBrowse) is an open-source genome browser package developed as part of the Generic Model Database Project (see UNIT ; Stein et al., 2002). The increasing number of sequenced genomes has led to a corresponding growth in the field of comparative genomics, which requires methods to view and compare multiple genomes. Using the same software framework as GBrowse, the Generic Synteny Browser (GBrowse_syn) allows the comparison of colinear regions of multiple genomes using the familiar GBrowse-style Web page. Like GBrowse, GBrowse_syn can be configured to display any organism, and is currently the synteny browser used for model organisms such as C. elegans (WormBase; http://www.wormbase.org; see UNIT 1.8) and Arabidopsis (TAIR; http://www.arabidopsis.org; see UNIT 1.1). GBrowse_syn is part of the GBrowse software package and can be downloaded from the Web and run on any Unix-like operating system, such as Linux, Solaris, or MacOS X. GBrowse_syn is still under active development. This unit will cover installation and configuration as part of the current stable version of GBrowse (v. 1.71).

摘要

基因组浏览器是一种软件，可让用户在参考序列（如染色体、重叠群、支架等）的背景下查看基因组注释。通用基因组浏览器（GBrowse）是作为通用模型数据库项目（见单元 ；Stein 等人，2002 年）的一部分开发的开源基因组浏览器软件包。测序基因组数量的不断增加导致了比较基因组学领域的相应发展，这需要查看和比较多个基因组的方法。通用共线性浏览器（GBrowse_syn）使用与 GBrowse 相同的软件框架，允许使用熟悉的 GBrowse 风格网页比较多个基因组的共线区域。与 GBrowse 一样，GBrowse_syn 可以配置为显示任何生物体，目前是用于秀丽隐杆线虫（WormBase；http://www.wormbase.org；见单元 1.8）和拟南芥（TAIR；http://www.arabidopsis.org；见单元 1.1）等模式生物的共线性浏览器。GBrowse_syn 是 GBrowse 软件包的一部分，可以从网上下载并在任何类 Unix 操作系统（如 Linux、Solaris 或 MacOS X）上运行。GBrowse_syn 仍在积极开发中。本单元将介绍作为当前稳定版本的 GBrowse（v. 1.71）一部分的安装和配置。

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