• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

GraphiteLifeExplorer，轻松进行 DNA 建模，更多功能等你探索。

Easy DNA modeling and more with GraphiteLifeExplorer.

机构信息

Equipe ALICE, Inria Nancy-Grand Est, Villers-lès-Nancy, France.

出版信息

PLoS One. 2013;8(1):e53609. doi: 10.1371/journal.pone.0053609. Epub 2013 Jan 7.

DOI:10.1371/journal.pone.0053609
PMID:23308263
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3538550/
Abstract

The GraphiteLifeExplorer tool enables biologists to reconstruct 3D cellular complexes built from proteins and DNA molecules. Models of DNA molecules can be drawn in an intuitive way and assembled to proteins or others globular structures. Real time navigation and immersion offer a unique view to the reconstructed biological machinery.

摘要

GraphiteLifeExplorer 工具使生物学家能够重建由蛋白质和 DNA 分子构建的 3D 细胞复合物。可以直观地绘制 DNA 分子模型，并将其组装到蛋白质或其他球状结构上。实时导航和沉浸式体验为重建的生物机制提供了独特的视角。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/38e172c2da95/pone.0053609.g013.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/1a364e83c1eb/pone.0053609.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/0aced1f6852c/pone.0053609.g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/f50bac97a05d/pone.0053609.g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/b69226dbada8/pone.0053609.g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/e80e573a3820/pone.0053609.g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/95922c82c08c/pone.0053609.g006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/a572d0c33daf/pone.0053609.g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/edc806cf6b05/pone.0053609.g008.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/2b9b4cb02b32/pone.0053609.g009.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/60df5abda7de/pone.0053609.g010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/dff52594584b/pone.0053609.g011.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/855d0a4b2f41/pone.0053609.g012.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/38e172c2da95/pone.0053609.g013.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/1a364e83c1eb/pone.0053609.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/0aced1f6852c/pone.0053609.g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/f50bac97a05d/pone.0053609.g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/b69226dbada8/pone.0053609.g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/e80e573a3820/pone.0053609.g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/95922c82c08c/pone.0053609.g006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/a572d0c33daf/pone.0053609.g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/edc806cf6b05/pone.0053609.g008.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/2b9b4cb02b32/pone.0053609.g009.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/60df5abda7de/pone.0053609.g010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/dff52594584b/pone.0053609.g011.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/855d0a4b2f41/pone.0053609.g012.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9b58/3538550/38e172c2da95/pone.0053609.g013.jpg

相似文献

1
Easy DNA modeling and more with GraphiteLifeExplorer.GraphiteLifeExplorer，轻松进行 DNA 建模，更多功能等你探索。
PLoS One. 2013;8(1):e53609. doi: 10.1371/journal.pone.0053609. Epub 2013 Jan 7.
2
A User-Friendly DNA Modeling Software for the Interpretation of Cryo-Electron Microscopy Data.一款用于解读冷冻电子显微镜数据的用户友好型DNA建模软件。
Methods Mol Biol. 2017;1624:193-210. doi: 10.1007/978-1-4939-7098-8_15.
3
Spatial organization of Dps and DNA-Dps complexes.Dps 与 DNA-Dps 复合物的空间组织。
J Mol Biol. 2021 May 14;433(10):166930. doi: 10.1016/j.jmb.2021.166930. Epub 2021 Mar 11.
4
Architecture of the Escherichia coli nucleoid.大肠杆菌核区的结构。
PLoS Genet. 2019 Dec 12;15(12):e1008456. doi: 10.1371/journal.pgen.1008456. eCollection 2019 Dec.
5
Engineering teams up with computer-simulation and visualization tools to probe biomolecular mechanisms.工程团队与计算机模拟和可视化工具合作，以探究生物分子机制。
Biophys J. 2003 Jul;85(1):1-4. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74448-8.
6
First-principles calculation of DNA looping in tethered particle experiments.束缚粒子实验中DNA环化的第一性原理计算
Phys Biol. 2009 Jul 1;6(2):025001. doi: 10.1088/1478-3975/6/2/025001.
7
Dynamics of the Interaction of RecG Protein with Stalled Replication Forks.RecG蛋白与停滞复制叉相互作用的动力学
Biochemistry. 2018 Apr 3;57(13):1967-1976. doi: 10.1021/acs.biochem.7b01235. Epub 2018 Mar 2.
8
Biochemistry. Completing the view of transcriptional regulation.生物化学。完善转录调控的观点。
Science. 2004 Jul 16;305(5682):350-2. doi: 10.1126/science.1101270.
9
Probing the mechanical stability of bridged DNA-H-NS protein complexes by single-molecule AFM pulling.单分子 AFM 拉伸法探测桥连 DNA-H-NS 蛋白复合物的机械稳定性。
Sci Rep. 2017 Nov 10;7(1):15275. doi: 10.1038/s41598-017-15477-4.
10
Modeling of the full-length Escherichia coli SeqA protein, in complex with DNA.与DNA结合的全长大肠杆菌SeqA蛋白的建模。
Pathol Biol (Paris). 2009 May;57(3):e61-6. doi: 10.1016/j.patbio.2008.03.013. Epub 2008 Oct 11.

引用本文的文献

1
SIP2 is the master transcription factor of merozoite formation.SIP2是裂殖子形成的主要转录因子。
Sci Adv. 2025 Mar 21;11(12):eads5458. doi: 10.1126/sciadv.ads5458.
2
Molecular basis for transposase activation by a dedicated AAA+ ATPase.通过专用 AAA+ ATP 酶激活转座酶的分子基础。
Nature. 2024 Jun;630(8018):1003-1011. doi: 10.1038/s41586-024-07550-6. Epub 2024 Jun 26.
3
Angle between DNA linker and nucleosome core particle regulates array compaction revealed by individual-particle cryo-electron tomography.DNA 连接子与核小体核心颗粒之间的角度通过单颗粒冷冻电镜断层成像揭示了其对阵列紧缩的调控。

本文引用的文献

1
Long-range chromosome organization in E. coli: a site-specific system isolates the Ter macrodomain.大肠杆菌中长距离染色体组织：一种特定于位点的系统将 Ter 宏域分离出来。
PLoS Genet. 2012;8(4):e1002672. doi: 10.1371/journal.pgen.1002672. Epub 2012 Apr 19.
2
Putting the pieces together: integrative modeling platform software for structure determination of macromolecular assemblies.将各部分组合在一起：用于确定大分子组装结构的综合建模平台软件。
PLoS Biol. 2012 Jan;10(1):e1001244. doi: 10.1371/journal.pbio.1001244. Epub 2012 Jan 17.
3
Chemical trapping of the dynamic MutS-MutL complex formed in DNA mismatch repair in Escherichia coli.
Nat Commun. 2024 May 23;15(1):4395. doi: 10.1038/s41467-024-48305-1.
4
IS21 family transposase cleaved donor complex traps two right-handed superhelical crossings.IS21 家族转座酶切割供体复合物捕获两个右手超螺旋交叉。
Nat Commun. 2023 Apr 22;14(1):2335. doi: 10.1038/s41467-023-38071-x.
5
Beyond a platform protein for the degradosome assembly: The Apoptosis-Inducing Factor as an efficient nuclease involved in chromatinolysis.除了作为降解体组装的平台蛋白之外：凋亡诱导因子作为一种参与染色质溶解的高效核酸酶。
PNAS Nexus. 2022 Dec 26;2(2):pgac312. doi: 10.1093/pnasnexus/pgac312. eCollection 2023 Feb.
6
New damage model for simulating radiation-induced direct damage to biomolecular systems and experimental validation using pBR322 plasmid.用于模拟辐射诱导的生物分子系统直接损伤的新损伤模型及使用 pBR322 质粒的实验验证。
Sci Rep. 2022 Jul 5;12(1):11345. doi: 10.1038/s41598-022-15521-y.
7
CellPAINT: Interactive Illustration of Dynamic Mesoscale Cellular Environments.细胞绘制：动态中尺度细胞环境的交互式图示
IEEE Comput Graph Appl. 2018 Nov-Dec;38(6):51-66. doi: 10.1109/MCG.2018.2877076.
8
Crystal Structure of an Unusual Single-Stranded DNA-Binding Protein Encoded by Staphylococcal Cassette Chromosome Elements.葡萄球菌盒式染色体元件编码的一种不寻常单链 DNA 结合蛋白的晶体结构。
Structure. 2018 Aug 7;26(8):1144-1150.e3. doi: 10.1016/j.str.2018.05.016. Epub 2018 Jul 12.
9
From Atoms to Cells: Using Mesoscale Landscapes to Construct Visual Narratives.从原子到细胞：利用介观景观构建视觉叙事。
J Mol Biol. 2018 Oct 19;430(21):3954-3968. doi: 10.1016/j.jmb.2018.06.009. Epub 2018 Jun 7.
10
cellVIEW: a Tool for Illustrative and Multi-Scale Rendering of Large Biomolecular Datasets.细胞视图：一种用于大型生物分子数据集的可视化和多尺度渲染的工具。
Eurographics Workshop Vis Comput Biomed. 2015;2015:61-70. doi: 10.2312/vcbm.20151209.
在大肠杆菌 DNA 错配修复中形成的动态 MutS-MutL 复合物的化学捕获。
J Biol Chem. 2011 May 13;286(19):17326-37. doi: 10.1074/jbc.M110.187641. Epub 2011 Mar 15.
4
ePMV embeds molecular modeling into professional animation software environments.电子预测模型软件将分子建模嵌入专业动画软件环境中。
Structure. 2011 Mar 9;19(3):293-303. doi: 10.1016/j.str.2010.12.023.
5
The beginning of a beautiful friendship: cross-linking/mass spectrometry and modelling of proteins and multi-protein complexes.美丽友谊的开端：蛋白质和多蛋白复合物的交联/质谱分析和建模。
J Struct Biol. 2011 Mar;173(3):530-40. doi: 10.1016/j.jsb.2010.10.014. Epub 2010 Oct 26.
6
An inventory of the bacterial macromolecular components and their spatial organization.细菌大分子成分及其空间组织的清单。
FEMS Microbiol Rev. 2011 Mar;35(2):395-414. doi: 10.1111/j.1574-6976.2010.00254.x. Epub 2010 Oct 22.
7
Visualization of image data from cells to organisms.从细胞到生物体的图像数据可视化。
Nat Methods. 2010 Mar;7(3 Suppl):S26-41. doi: 10.1038/nmeth.1431.
8
ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.ESBTL：高效的 PDB 解析器和数据结构，用于生物大分子的结构和几何分析。
Bioinformatics. 2010 Apr 15;26(8):1127-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btq083. Epub 2010 Feb 24.
9
Spatial and topological organization of DNA chains induced by gene co-localization.基因共定位诱导的 DNA 链的空间和拓扑组织。
PLoS Comput Biol. 2010 Feb 12;6(2):e1000678. doi: 10.1371/journal.pcbi.1000678.
10
Web 3DNA--a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.Web 3DNA——一个用于三维核酸结构分析、重建和可视化的网络服务器。
Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W240-6. doi: 10.1093/nar/gkp358. Epub 2009 May 27.