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BioGraph：一个用于查询和分析生物信息学资源的网络应用程序和图形数据库。

BioGraph: a web application and a graph database for querying and analyzing bioinformatics resources.

作者信息

Messina Antonio, Fiannaca Antonino, La Paglia Laura, La Rosa Massimo, Urso Alfonso

机构信息

CNR-ICAR, National Research Council of Italy, Via Ugo La Malfa, 153, Palermo, Italy.

出版信息

BMC Syst Biol. 2018 Nov 20;12(Suppl 5):98. doi: 10.1186/s12918-018-0616-4.

DOI:10.1186/s12918-018-0616-4
PMID:30458802
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6245492/
Abstract

BACKGROUND

Several online databases provide a large amount of biomedical data of different biological entities. These resources are typically stored in systems implementing their own data model, user interface and query language. On the other hand, in many bioinformatics scenarios there is often the need to use more than one resource. The availability of a single bioinformatics platform that integrates many biological resources and services is, for those reasons a fundamental issue.

DESCRIPTION

Here, we present BioGraph, a web application that allows to query, visualize and analyze biological data belonging to several online available sources. BioGraph is built upon our previously developed graph database called BioGraphDB, that integrates and stores heterogeneous biological resources and make them available by means of a common structure and a unique query language. BioGraph implements state-of-the-art technologies and provides pre-compiled bioinformatics scenarios, as well as the possibility to perform custom queries and obtaining an interactive and dynamic visualization of results.

CONCLUSION

We present a case study about functional analysis of microRNA in breast cancer in order to demonstrate the functionalities of the system. BioGraph is freely available at http://biograph.pa.icar.cnr.it . Source files are available on GitHub at https://github.com/IcarPA-TBlab/BioGraph.

摘要

背景

多个在线数据库提供了大量不同生物实体的生物医学数据。这些资源通常存储在实施其自身数据模型、用户界面和查询语言的系统中。另一方面，在许多生物信息学场景中，通常需要使用多个资源。因此，一个集成了许多生物资源和服务的单一生物信息学平台的可用性是一个基本问题。

描述

在此，我们展示了BioGraph，一个允许查询、可视化和分析属于多个在线可用来源的生物数据的网络应用程序。BioGraph基于我们之前开发的名为BioGraphDB的图形数据库构建，该数据库集成并存储异构生物资源，并通过通用结构和独特查询语言使其可用。BioGraph实现了最先进的技术，并提供预编译的生物信息学场景，以及执行自定义查询并获得结果的交互式动态可视化的可能性。

结论

我们展示了一个关于乳腺癌中微小RNA功能分析的案例研究，以证明该系统的功能。BioGraph可在http://biograph.pa.icar.cnr.it免费获取。源文件可在GitHub上的https://github.com/IcarPA-TBlab/BioGraph获取。

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