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用于单细胞RNA测序的组织处理与解离

Tissue Handling and Dissociation for Single-Cell RNA-Seq.

作者信息

Vieira Braga Felipe A, Miragaia Ricardo J

机构信息

Wellcome Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK.

出版信息

Methods Mol Biol. 2019;1979:9-21. doi: 10.1007/978-1-4939-9240-9_2.

DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_2
PMID:31028629
Abstract

The starting material for all single-cell protocols is a cell suspension. The particular functions and spatial distribution of immune cells generally make them easy to isolate them from the tissues where they dwell. Here we describe tissue dissociation protocols that have been used to obtain human immune cells from lymphoid and nonlymphoid tissues to be then used as input to single-cell methods. We highlight the main factors that can influence the final quality of single-cell data, namely the stress signatures that can bias its interpretation.

摘要

所有单细胞实验方案的起始材料都是细胞悬液。免疫细胞的特定功能和空间分布通常使它们易于从其所在组织中分离出来。在这里,我们描述了一些组织解离实验方案,这些方案已被用于从淋巴组织和非淋巴组织中获取人类免疫细胞,然后用作单细胞方法的输入材料。我们强调了可能影响单细胞数据最终质量的主要因素,即可能使其解读产生偏差的应激特征。

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