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先前的分离分析及检测连锁的效能

Prior segregation analysis and the power to detect linkage.

作者信息

Atwood L D, Slifer S H

机构信息

Division of Epidemiology, School of Public Health, University of Minnesota, Minneapolis 55454-1015, USA.

出版信息

Genet Epidemiol. 1997;14(6):755-60. doi: 10.1002/(SICI)1098-2272(1997)14:6<755::AID-GEPI32>3.0.CO;2-N.

DOI:10.1002/(SICI)1098-2272(1997)14:6<755::AID-GEPI32>3.0.CO;2-N
PMID:9433573
Abstract

Complex parametric segregation and linkage analysis was performed on the simulated quantitative trait Q1 for all 200 replicates of the nuclear families data set. The segregation analysis inferred a major gene in 46% of the replicates. Among all replicates, including those that rejected a major gene, the power to detect suggestive linkage to any of three loci affecting Q1 was 0.600 and the false positive rate was 0.002. Among the replicates where a major gene was found, the power to detect suggestive linkage was 0.652 and the false positive rate was also 0.002. Thus, for purposes of linkage to this complex trait, a prior segregation then linkage analysis approach located a gene in 30% of all replicates, whereas a linkage only approach located a gene in 60% of all replicates.

摘要

对核心家系数据集的所有200次重复模拟定量性状Q1进行了复杂的参数分离和连锁分析。分离分析在46%的重复中推断出一个主基因。在所有重复中,包括那些拒绝主基因的重复,检测与影响Q1的三个位点中任何一个的暗示性连锁的能力为0.600,假阳性率为0.002。在发现主基因的重复中,检测暗示性连锁的能力为0.652,假阳性率也为0.002。因此,对于与这种复杂性状的连锁分析,先进行分离然后进行连锁分析的方法在所有重复的30%中定位到了一个基因,而仅进行连锁分析的方法在所有重复的60%中定位到了一个基因。

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