NIH 路线图表观基因组学计划数据资源。
The NIH Roadmap Epigenomics Program data resource.
机构信息
Division of Extramural Research & Training, National Institute of Environmental Health Sciences, 530 Davis Drive, Morrisville, NC 27709, USA.
出版信息
Epigenomics. 2012 Jun;4(3):317-24. doi: 10.2217/epi.12.18.
Abstract
The NIH Roadmap Reference Epigenome Mapping Consortium is developing a community resource of genome-wide epigenetic maps in a broad range of human primary cells and tissues. There are large amounts of data already available, and a number of different options for viewing and analyzing the data. This report will describe key features of the websites where users will find data, protocols and analysis tools developed by the consortium, and provide a perspective on how this unique resource will facilitate and inform human disease research, both immediately and in the future.
摘要
美国国立卫生研究院（NIH）路线图参考表观基因组图谱联盟正在开发一个广泛的人类原代细胞和组织的全基因组表观基因组图谱的社区资源。已经有大量的数据可用，并且有许多不同的选项来查看和分析这些数据。本报告将描述用户将在网站上找到的数据集、联盟开发的协议和分析工具的关键特征，并提供一个视角，说明这个独特的资源将如何立即和在未来促进和告知人类疾病研究。
相似文献
1
The NIH Roadmap Epigenomics Program data resource.NIH 路线图表观基因组学计划数据资源。
Epigenomics. 2012 Jun;4(3):317-24. doi: 10.2217/epi.12.18.
2
The NIH Common Fund/Roadmap Epigenomics Program: Successes of a comprehensive consortium.NIH 共同基金/路线图表观基因组学计划：综合联盟的成功。
Sci Adv. 2019 Jul 10;5(7):eaaw6507. doi: 10.1126/sciadv.aaw6507. eCollection 2019 Jul.
3
The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium.美国国立卫生研究院（NIH）路线图表观基因组学图谱联盟。
Nat Biotechnol. 2010 Oct;28(10):1045-8. doi: 10.1038/nbt1010-1045.
4
Community resources and technologies developed through the NIH Roadmap Epigenomics Program.通过美国国立卫生研究院路线图表观基因组学计划开发的社区资源和技术。
Methods Mol Biol. 2015;1238:27-49. doi: 10.1007/978-1-4939-1804-1_2.
5
The International Human Epigenome Consortium Data Portal.国际人类表观基因组联合会数据门户。
Cell Syst. 2016 Nov 23;3(5):496-499.e2. doi: 10.1016/j.cels.2016.10.019. Epub 2016 Nov 15.
6
Epigenomics in stress tolerance of plants under the climate change.植物在气候变化下的应激耐受中的表观基因组学。
Mol Biol Rep. 2023 Jul;50(7):6201-6216. doi: 10.1007/s11033-023-08539-6. Epub 2023 Jun 9.
7
Accurate and reproducible functional maps in 127 human cell types via 2D genome segmentation.通过二维基因组分割在127种人类细胞类型中生成准确且可重复的功能图谱。
Nucleic Acids Res. 2017 Sep 29;45(17):9823-9836. doi: 10.1093/nar/gkx659.
8
NCBI Epigenomics: a new public resource for exploring epigenomic data sets.美国国立生物技术信息中心表观基因组学：探索表观基因组数据集的新公共资源。
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D908-12. doi: 10.1093/nar/gkq1146. Epub 2010 Nov 12.
9
DBCAT: database of CpG islands and analytical tools for identifying comprehensive methylation profiles in cancer cells.DBCAT：CpG岛数据库及用于识别癌细胞中全面甲基化图谱的分析工具。
J Comput Biol. 2011 Aug;18(8):1013-7. doi: 10.1089/cmb.2010.0038. Epub 2011 Jan 8.
10
Epigenome data release: a participant-centered approach to privacy protection.表观基因组数据发布：一种以参与者为中心的隐私保护方法。
Genome Biol. 2015 Jul 17;16(1):142. doi: 10.1186/s13059-015-0723-0.
引用本文的文献
1
Epigenetic Mechanisms in Heart Diseases.心脏病中的表观遗传机制
Rev Cardiovasc Med. 2025 Jul 30;26(7):38696. doi: 10.31083/RCM38696. eCollection 2025 Jul.
2
From aging to Alzheimer's disease: concordant brain DNA methylation changes in late life.从衰老到阿尔茨海默病：晚年大脑中一致的DNA甲基化变化
medRxiv. 2025 Jun 18:2025.06.17.25329345. doi: 10.1101/2025.06.17.25329345.
3
Advances in Integrated Multi-omics Analysis for Drug-Target Identification.整合多组学分析在药物靶点识别中的进展。
Biomolecules. 2024 Jun 14;14(6):692. doi: 10.3390/biom14060692.
4
Identification of drug responsive enhancers by predicting chromatin accessibility change from perturbed gene expression profiles.通过预测受扰动基因表达谱的染色质可及性变化来识别药物反应性增强子。
NPJ Syst Biol Appl. 2024 May 30;10(1):62. doi: 10.1038/s41540-024-00388-8.
5
Overview: Research on the Genetic Architecture of the Developing Cerebral Cortex in Norms and Diseases.概述：正常和疾病情况下大脑皮层发育的遗传结构研究。
Methods Mol Biol. 2024;2794:1-12. doi: 10.1007/978-1-0716-3810-1_1.
6
Expanding adverse outcome pathways towards one health models for nanosafety.拓展纳米安全性的不良结局途径，迈向“同一健康”模式
Front Toxicol. 2023 Aug 25;5:1176745. doi: 10.3389/ftox.2023.1176745. eCollection 2023.
7
DeepITEH: a deep learning framework for identifying tissue-specific eRNAs from the human genome.DeepITEH：一种从人类基因组中识别组织特异性 eRNA 的深度学习框架。
Bioinformatics. 2023 Jun 1;39(6). doi: 10.1093/bioinformatics/btad375.
8
Integration of multimodal data in the developing tooth reveals candidate regulatory loci driving human odontogenic phenotypes.发育中牙齿的多模态数据整合揭示了驱动人类牙源性表型的候选调控位点。
Front Dent Med. 2022;3. doi: 10.3389/fdmed.2022.1009264. Epub 2022 Nov 30.
9
Epigenomic signatures reveal mechanistic clues and predictive markers for autism spectrum disorder.表观基因组特征揭示了自闭症谱系障碍的机制线索和预测标志物。
Mol Psychiatry. 2023 May;28(5):1890-1901. doi: 10.1038/s41380-022-01917-9. Epub 2023 Jan 17.
10
The Role of DNA Methylation and DNA Methyltransferases in Cancer.DNA甲基化与DNA甲基转移酶在癌症中的作用
Adv Exp Med Biol. 2022;1389:317-348. doi: 10.1007/978-3-031-11454-0_13.
本文引用的文献
1
The Human Epigenome Browser at Washington University.华盛顿大学的人类表观基因组浏览器。
Nat Methods. 2011 Nov 29;8(12):989-90. doi: 10.1038/nmeth.1772.
2
Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types.绘制和分析九种人类细胞类型中的染色质状态动态。
Nature. 2011 May 5;473(7345):43-9. doi: 10.1038/nature09906. Epub 2011 Mar 23.
3
NCBI Epigenomics: a new public resource for exploring epigenomic data sets.美国国立生物技术信息中心表观基因组学：探索表观基因组数据集的新公共资源。
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D908-12. doi: 10.1093/nar/gkq1146. Epub 2010 Nov 12.
4
The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium.美国国立卫生研究院（NIH）路线图表观基因组学图谱联盟。
Nat Biotechnol. 2010 Oct;28(10):1045-8. doi: 10.1038/nbt1010-1045.
5
Quantitative comparison of genome-wide DNA methylation mapping technologies.全基因组 DNA 甲基化图谱技术的定量比较。
Nat Biotechnol. 2010 Oct;28(10):1106-14. doi: 10.1038/nbt.1681. Epub 2010 Sep 19.
6
Discovery and characterization of chromatin states for systematic annotation of the human genome.发现和描述染色质状态，用于系统注释人类基因组。
Nat Biotechnol. 2010 Aug;28(8):817-25. doi: 10.1038/nbt.1662. Epub 2010 Jul 25.
7
Conserved role of intragenic DNA methylation in regulating alternative promoters.基因内 DNA 甲基化在调控替代启动子中的保守作用。
Nature. 2010 Jul 8;466(7303):253-7. doi: 10.1038/nature09165.
8
ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser.在 UCSC 基因组浏览器中对全基因组数据进行编码。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D620-5. doi: 10.1093/nar/gkp961. Epub 2009 Nov 17.
9
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences.碱基分辨率下的人类DNA甲基化组显示出广泛的表观基因组差异。
Nature. 2009 Nov 19;462(7271):315-22. doi: 10.1038/nature08514. Epub 2009 Oct 14.
10
Global mapping of protein-DNA interactions in vivo by digital genomic footprinting.通过数字基因组足迹法对体内蛋白质-DNA相互作用进行全球图谱绘制。
Nat Methods. 2009 Apr;6(4):283-9. doi: 10.1038/nmeth.1313. Epub 2009 Mar 22.
Zotero 插件