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UCSC 基因组浏览器数据库:2022 年更新。

The UCSC Genome Browser database: 2022 update.

机构信息

Genomics Institute, University of California Santa Cruz, Santa Cruz, CA 95064, USA.

Medical Genetics Center (Medizinisch Genetisches Zentrum), Munich 80335, Germany.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D1115-D1122. doi: 10.1093/nar/gkab959.

Abstract

The UCSC Genome Browser, https://genome.ucsc.edu, is a graphical viewer for exploring genome annotations. The website provides integrated tools for visualizing, comparing, analyzing, and sharing both publicly available and user-generated genomic datasets. Data highlights this year include a collection of easily accessible public hub assemblies on new organisms, now featuring BLAT alignment and PCR capabilities, and new and updated clinical tracks (gnomAD, DECIPHER, CADD, REVEL). We introduced a new Track Sets feature and enhanced variant displays to aid in the interpretation of clinical data. We also added a tool to rapidly place new SARS-CoV-2 genomes in a global phylogenetic tree enabling researchers to view the context of emerging mutations in our SARS-CoV-2 Genome Browser. Other new software focuses on usability features, including more informative mouseover displays and new fonts.

摘要

UCSC 基因组浏览器,网址是 https://genome.ucsc.edu,是一个用于浏览基因组注释的图形化查看器。该网站提供了集成的工具,用于可视化、比较、分析和共享公共可用和用户生成的基因组数据集。今年的数据亮点包括一系列易于访问的新生物体公共中心组装体,现在具有 BLAT 比对和 PCR 功能,以及新的和更新的临床轨道(gnomAD、DECIPHER、CADD、REVEL)。我们引入了新的“Track Sets”功能,并增强了变异显示,以帮助解释临床数据。我们还添加了一个工具,可将新的 SARS-CoV-2 基因组快速放置在全球系统发育树中,使研究人员能够在我们的 SARS-CoV-2 基因组浏览器中查看新出现突变的上下文。其他新软件专注于可用性功能,包括更具信息量的鼠标悬停显示和新字体。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e9eb/8728131/552c38b95548/gkab959fig1.jpg

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